PDB-5af1: Crystal structure of Candida albicans Mep2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5af1

タイトル

Crystal structure of Candida albicans Mep2

要素

MEP2

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN / AMMONIUM TRANSPORTER

機能・相同性

機能・相同性情報

filamentous growth of a population of unicellular organisms in response to starvation / ammonium transmembrane transport / ammonium channel activity / filamentous growth / cellular response to nitrogen starvation / cellular response to starvation / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

CANDIDA ALBICANS (酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.639 Å

データ登録者

Rutherford, J.C. / Chembath, A. / van den Berg, B.

引用

ジャーナル: Nat.Commun. / 年: 2016
タイトル: Structural Basis for Mep2 Ammonium Transceptor Activation by Phosphorylation.
著者: Van Den Berg, B. / Chembath, A. / Jefferies, D. / Basle, A. / Khalid, S. / Rutherford, J.

履歴

登録	2015年1月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年1月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年5月4日	Group: Database references / Other
改定 1.2	2016年5月11日	Group: Database references / Other
改定 1.3	2018年10月24日	Group: Advisory / Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id
改定 1.4	2024年1月10日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5af1.cif.gz	357.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5af1.ent.gz	296.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5af1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5af1_validation.pdf.gz	430.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5af1_full_validation.pdf.gz	436.6 KB	表示
XML形式データ	5af1_validation.xml.gz	36.1 KB	表示
CIF形式データ	5af1_validation.cif.gz	53.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/af/5af1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/af/5af1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5aexSC 5aezC 5ah3C 5aidC 5fufC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5aex-1 5aex-2 5aez-1 6ej6-1 6tfo-d 5ah3-1 6tfd-d 5aex-3 6ejh-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: MEP2

B: MEP2

98.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: MEP2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
147 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: MEP2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
147 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.151, 100.151, 109.990
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	143
Space group name H-M	P3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2042- HOH
2	1	B-2050- HOH

#1: タンパク質	MEP2 分子量: 49033.496 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) CANDIDA ALBICANS (酵母) / 発現宿主: SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株 (発現宿主): DELTA PEP4 / 参照: UniProt: Q59UP8
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 536 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 61 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6 / 詳細: 0.1 M MES PH 6 0.2 M LITHIUM SULPHATE 20% PEG400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9796
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.64→29.6 Å / Num. obs: 151150 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.6 % / B_iso Wilson estimate: 22.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 20
反射シェル	解像度: 1.64→1.68 Å / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 97

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 5AEX

5aex

解像度: 1.639→29.582 Å / SU ML: 0.14 / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 16.02 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1591	1997	1.3 %
R_work	0.1364	-	-
obs	0.1367	151123	99.74 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.639→29.582 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6904	0	0	536	7440

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	7152
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.009	9769
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.505	2384
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	1063
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1213

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6389-1.6799	0.2391	141	0.2299	10338	X-RAY DIFFRACTION	97
1.6799-1.7253	0.22	142	0.2023	10715	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7253-1.7761	0.2283	142	0.1827	10607	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7761-1.8334	0.2015	144	0.169	10735	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8334-1.8989	0.1607	146	0.1548	10666	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8989-1.975	0.1521	140	0.1504	10673	X-RAY DIFFRACTION	100
1.975-2.0648	0.1738	144	0.1391	10687	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0648-2.1736	0.1392	145	0.131	10672	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1736-2.3098	0.1715	136	0.1286	10646	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3098-2.488	0.1481	148	0.1283	10675	X-RAY DIFFRACTION	100
2.488-2.7383	0.134	138	0.1261	10693	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7383-3.1341	0.1623	144	0.1289	10686	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1341-3.9472	0.1578	150	0.1267	10679	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9472-29.5868	0.1514	137	0.1328	10654	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2383	0.1155	0.0933	0.9681	-0.1015	0.9584	-0.022	-0.1392	0.0998	0.1218	-0.0476	-0.099	-0.1312	0.1832	0.0793	0.1721	-0.0174	-0.026	0.1344	-0.0193	0.1759	108.5527	11.1288	-33.6839
2	6.0123	-4.1633	0.7031	5.9277	-0.5012	0.9432	-0.4227	-0.8337	0.5154	0.6913	0.4206	-0.5217	-0.473	0.1869	-0.0627	0.4149	-0.0543	-0.0943	0.3156	-0.0634	0.2834	115.0757	24.7241	-26.7889
3	1.5967	0.1342	0.6228	1.4155	-0.2745	3.0379	-0.0868	-0.2082	0.1936	0.2508	-0.0492	-0.1302	-0.4501	0.1129	0.1473	0.2344	-0.0252	-0.0572	0.1538	-0.0306	0.1909	108.4113	15.5629	-29.1941
4	1.8832	0.3059	-0.1531	1.5146	-0.5681	0.4725	-0.0212	-0.1875	0.2711	0.1817	-0.0593	-0.0468	-0.254	0.1272	0.0699	0.325	-0.035	-0.0637	0.17	-0.0141	0.2615	106.9748	25.3485	-37.5938
5	1.7129	1.1524	-0.5663	3.1588	-0.6991	1.5242	-0.0807	0.2186	0.2267	-0.2416	0.0387	0.0904	-0.3485	-0.0083	0.0721	0.2894	0.0323	-0.0541	0.1617	0.026	0.2599	97.6081	25.2076	-54.5244
6	0.8667	0.0895	0.0033	0.9445	-0.0966	1.0577	-0.0419	-0.0512	0.2353	0.0552	-0.0236	0.1301	-0.3354	-0.1582	0.0399	0.2379	0.0446	-0.029	0.1464	-0.0335	0.2238	90.0927	20.5673	-38.7461
7	0.8429	-0.4859	-0.2633	2.6462	0.2624	3.7192	0.1028	0.2842	0.1143	-1.0906	-0.017	-0.5112	-0.2393	0.2398	-0.0583	0.5413	-0.0402	0.0696	0.4081	0.099	0.3637	116.1091	18.6059	-64.5249
8	0.7888	-0.1099	0.0257	0.9639	0.3079	1.4926	0.0232	0.0027	-0.0535	-0.0125	-0.0062	0.198	0.0825	-0.2777	0.0039	0.1511	-0.0195	-0.0089	0.1877	0.0188	0.2287	83.9195	51.3179	23.1947
9	1.2874	-0.1433	0.1455	1.3273	0.2701	1.221	0.0228	0.0082	-0.1593	-0.0149	-0.0701	0.2212	0.1669	-0.2515	-0.0204	0.2248	-0.0749	-0.0375	0.2542	-0.0115	0.2982	79.9437	41.0049	16.9236
10	2.1416	0.0225	-0.5094	1.1703	0.3927	2.0341	0.0181	0.3305	-0.2604	-0.4025	0.0025	0.1649	0.2529	-0.2011	0.0104	0.4075	-0.0491	-0.0745	0.2698	-0.0711	0.2853	87.5377	35.5275	0.0448
11	0.7499	-0.0343	0.048	0.8227	0.1348	1.1062	0.0273	0.0889	-0.2438	-0.1049	0.0098	0.0438	0.3666	-0.0629	-0.0422	0.2653	-0.0208	-0.0277	0.1371	-0.0246	0.2404	96.3939	35.2474	15.6497
12	1.0338	0.8552	-0.5611	2.8526	-0.1978	2.2268	0.0313	0.4988	0.0181	-0.8525	0.1675	0.4004	0.086	-0.2891	-0.1683	0.5555	-0.0303	-0.18	0.6289	-0.0194	0.3933	76.5985	51.6517	-9.9276

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 4 THROUGH 78 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 79 THROUGH 101 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 102 THROUGH 137 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 138 THROUGH 183 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'A' AND (RESID 184 THROUGH 221 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'A' AND (RESID 222 THROUGH 408 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'A' AND (RESID 409 THROUGH 453 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'B' AND (RESID 3 THROUGH 137 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'B' AND (RESID 138 THROUGH 183 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'B' AND (RESID 184 THROUGH 221 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN 'B' AND (RESID 222 THROUGH 408 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN 'B' AND (RESID 409 THROUGH 453 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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