PDB-5aeb: Crystal structure of the class B3 di-zinc metallo-beta-lactamase ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5aeb

タイトル

Crystal structure of the class B3 di-zinc metallo-beta-lactamase LRA- 12 from an Alaskan soil metagenome.

要素

LRA-12

キーワード

HYDROLASE / MBL / CARBAPENEMASE / METAGENOMICS / CARBAPENEM-RESISTANCE / ENVIRONMENTAL RESISTOME

機能・相同性

機能・相同性情報

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

UNCULTURED BACTERIUM BLR12 (環境試料)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Power, P. / Herman, R. / Kerff, F. / Bouillenne, F. / Rodriguez, M.M. / Galleni, M. / Handelsman, J. / Gutkind, G. / Charlier, P. / Sauvage, E.

引用

ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2017
タイトル: Crystal structure and kinetic analysis of the class B3 di-zinc metallo-beta-lactamase LRA-12 from an Alaskan soil metagenome.
著者: Rodriguez, M.M. / Herman, R. / Ghiglione, B. / Kerff, F. / D'Amico Gonzalez, G. / Bouillenne, F. / Galleni, M. / Handelsman, J. / Charlier, P. / Gutkind, G. / Sauvage, E. / Power, P.

履歴

登録	2015年8月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年9月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年8月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5aeb.cif.gz	220.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5aeb.ent.gz	178.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5aeb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5aeb_validation.pdf.gz	450.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5aeb_full_validation.pdf.gz	455.6 KB	表示
XML形式データ	5aeb_validation.xml.gz	23 KB	表示
CIF形式データ	5aeb_validation.cif.gz	33 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ae/5aeb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ae/5aeb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1jt1S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6gfk-3 6k07-d 1znc-2 3ipy-2 6xyc-d 5ipz-3 3qsd-d 1zin-d 1csb-2 1zio-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (3) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: LRA-12

B: LRA-12

ヘテロ分子

61.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: LRA-12

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: LRA-12

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.148, 80.616, 78.288
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.83, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	LRA-12 / METALLO-BETA-LACTAMASE 分子量: 30410.639 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 26-293 / 由来タイプ: 天然詳細: METAGENOMIC-DERIVED BETA-LACTAMASE FROM ALASKAN SOIL 由来: (天然) UNCULTURED BACTERIUM BLR12 (環境試料) / 参照: UniProt: B5L5V5, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-CO / COBALT (II) ION 分子量: 58.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.8 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 25% PEG 3350, 0.1M TRIS (PH 8.5), 0.2 M AMMONIUM SULFATE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→46.59 Å / Num. obs: 33531 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 30.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 7.2
反射シェル	解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.6.0117	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1JT1

1jt1

解像度: 2.1→42.93 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.904 / SU B: 7.897 / SU ML: 0.128 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.222 / ESU R Free: 0.188 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT. U VALUES WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2349	1697	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18448	-	-	-
obs	0.18707	31806	98.76 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.509 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.01 Å²	0 Å²	0.01 Å²
2-	-	0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	0 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→42.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4160	0	30	232	4422

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.02	4274
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.471	1.959	5765
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.164	5	528
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.205	24.645	183
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.904	15	762
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	28.662	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.102	0.2	629
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	3160
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.298	123	-
R_work	0.245	2275	-
obs	-	-	97.96 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2032	0.5201	0.0458	0.8124	-0.1866	1.1076	-0.0172	-0.0375	0.0266	-0.0837	-0.0579	-0.0948	0.2644	0.0501	0.0751	0.2621	0.0115	0.0138	0.1896	-0.004	0.2036	11.0161	-15.0392	21.2329
2	0.0428	-0.1664	0.0453	1.2405	-0.1425	0.7757	0.0064	0.0777	0.0012	-0.1228	-0.079	0.0071	0.2189	0.0182	0.0726	0.2168	-0.0018	0.0143	0.2519	-0.0355	0.2114	9.2404	-10.6639	14.9968
3	0.3081	0.0705	-0.3016	1.227	0.1436	1.9679	-0.0257	0.0487	0.111	-0.0355	-0.0815	-0.046	-0.1893	0.1354	0.1072	0.2116	-0.0107	0.0114	0.1975	0.0375	0.2098	12.8469	2.566	16.6055
4	2.4032	0.9468	0.6317	0.9051	0.1761	1.6371	-0.0431	0.0411	0.0561	0.1285	-0.031	-0.0267	-0.0844	-0.009	0.0741	0.2282	0.0057	0.0017	0.187	0.0059	0.2024	9.5296	-0.2841	30.7326
5	0.8272	-0.1293	-0.3265	0.5554	-0.7242	1.6984	-0.0312	-0.0327	-0.0577	-0.0031	0.0368	-0.0396	0.2899	-0.104	-0.0056	0.2765	-0.0293	0.012	0.2038	0.0166	0.1943	6.5613	-14.4251	34.403
6	10.6832	6.8329	-1.3447	6.2768	-2.4176	1.61	0.1447	-0.2789	-0.0488	0.4977	-0.3217	-0.1819	-0.1395	0.2708	0.177	0.3911	0.0526	-0.0261	0.2661	0.0473	0.1225	19.6923	-2.2482	41.5764
7	1.1301	-0.0113	0.3778	0.5854	0.0734	1.3975	-0.0379	-0.005	0.0213	0.0396	0.0136	-0.0504	-0.1067	-0.1791	0.0243	0.1876	0.0072	0.0343	0.2107	0.0012	0.2245	-14.4161	31.8939	19.4314
8	1.0928	-0.2191	0.0523	0.3353	-0.1844	0.8339	-0.037	-0.062	-0.0608	0.0477	0.0215	-0.0127	0.0535	-0.0397	0.0156	0.2116	-0.0031	0.0118	0.1866	-0.0042	0.2038	-7.9726	23.557	23.9179
9	2.0638	0.3854	0.5825	1.112	0.4073	0.9341	0.0634	0.1291	-0.1347	-0.0344	-0.104	0.0421	0.1505	-0.1571	0.0407	0.2328	0.0102	0.0347	0.2099	-0.017	0.2143	-6.4045	22.2162	9.0025
10	4.4277	0.4129	2.275	0.594	0.5462	2.9544	-0.0348	-0.0773	0.2198	-0.0281	-0.0493	-0.0454	-0.1175	0.1527	0.084	0.1975	0.0032	0.0336	0.1793	0.021	0.2161	6.3459	32.1591	13.6671
11	1.2426	0.3302	0.0871	0.8447	-0.4667	1.307	0.022	0.148	0.1261	-0.0586	0.004	0.0448	-0.1265	-0.1766	-0.026	0.2152	0.0086	0.0044	0.2078	0.0197	0.2027	-10.5592	34.9753	5.0571
12	19.7879	1.8523	13.668	6.5969	-3.086	12.4182	-0.0951	0.4225	1.0173	0.5775	-0.4679	0.0979	-0.4442	0.5737	0.5631	0.3924	-0.1004	0.2121	0.0931	0.0736	0.3692	8.9832	41.7757	10.661

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	28 - 78
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	79 - 127
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	128 - 181
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	182 - 249
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	250 - 290
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	291 - 306
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	26 - 78
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	79 - 183
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	184 - 212
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	213 - 251
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	252 - 294
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	295 - 306

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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実験情報

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実験

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試料調製

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データ収集

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解析

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)