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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5adi | ||||||
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タイトル | Structure of human nNOS R354A G357D mutant heme domain in complex with 7-(((5-((Methylamino)methyl)pyridin-3-yl)oxy)methyl)quinolin-2- amine | ||||||
要素 | NITRIC OXIDE SYNTHASE, BRAIN | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / NITRIC OXIDE SYNTHASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of membrane repolarization during ventricular cardiac muscle cell action potential / negative regulation of calcium ion transport into cytosol / Nitric oxide stimulates guanylate cyclase / myoblast fusion / ROS and RNS production in phagocytes / negative regulation of hydrolase activity / regulation of cardiac muscle contraction by calcium ion signaling / tetrahydrobiopterin binding / arginine binding / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel ...positive regulation of membrane repolarization during ventricular cardiac muscle cell action potential / negative regulation of calcium ion transport into cytosol / Nitric oxide stimulates guanylate cyclase / myoblast fusion / ROS and RNS production in phagocytes / negative regulation of hydrolase activity / regulation of cardiac muscle contraction by calcium ion signaling / tetrahydrobiopterin binding / arginine binding / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / positive regulation of sodium ion transmembrane transport / positive regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / peptidyl-cysteine S-nitrosylation / cadmium ion binding / positive regulation of the force of heart contraction / negative regulation of potassium ion transport / negative regulation of calcium ion transport / regulation of cardiac muscle contraction / negative regulation of serotonin uptake / calcium channel regulator activity / regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / nitric-oxide synthase (NADPH) / multicellular organismal response to stress / sodium channel regulator activity / nitric oxide mediated signal transduction / nitric-oxide synthase activity / xenobiotic catabolic process / arginine catabolic process / striated muscle contraction / Ion homeostasis / regulation of sodium ion transport / nitric oxide biosynthetic process / negative regulation of blood pressure / photoreceptor inner segment / response to hormone / cell redox homeostasis / sarcoplasmic reticulum / cell periphery / cellular response to growth factor stimulus / sarcolemma / vasodilation / calcium-dependent protein binding / FMN binding / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / flavin adenine dinucleotide binding / NADP binding / response to heat / scaffold protein binding / transmembrane transporter binding / response to lipopolysaccharide / dendritic spine / postsynaptic density / cytoskeleton / response to hypoxia / calmodulin binding / membrane raft / heme binding / synapse / perinuclear region of cytoplasm / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Li, H. / Poulos, T.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015 タイトル: Phenyl Ether- and Aniline-Containing 2-Aminoquinolines as Potent and Selective Inhibitors of Neuronal Nitric Oxide Synthase. 著者: Cinelli, M.A. / Li, H. / Pensa, A.V. / Kang, S. / Roman, L.J. / Martasek, P. / Poulos, T.L. / Silverman, R.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5adi.cif.gz | 357.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5adi.ent.gz | 293.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5adi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5adi_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5adi_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5adi_validation.xml.gz | 35.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5adi_validation.cif.gz | 50.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ad/5adi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ad/5adi | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 5ad4C 5ad5C 5ad6C 5ad7C 5ad8C 5ad9C 5adaC 5adbC 5adcC 5addC 5adeC 5adfC 5adgC 5adjC 5adkC 5adlC 5admC 5adnC 5fj2C 5fj3C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 48784.496 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 302-721 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P29475 |
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-非ポリマー , 5種, 401分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-ZN / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % 解説: OVERALL RMERGE 0.132 RPIM 0.099 CC ONE HALF 0.989 HIGHEST RESOLUTION SHELL RMERGE 1.695 RPIM 1.298 CC ONE HALF 0.301 |
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結晶化 | pH: 6.2 詳細: 8-9% PED3350 40MM CITRIC ACID 60MM BISTRISPROPANE 10% GLYCEROL 5MM TCEP, pH 6.2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月9日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 54717 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 36.98 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 8.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 1.5 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→68.309 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 0 / 位相誤差: 26.72 / 立体化学のターゲット値: ML 詳細: RESIDUES 344 TO 351 IN CHAIN A AND 344 TO 353 IN CHAIN B ARE DISORDERED
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→68.309 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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