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万見
- PDB-5abs: CRYSTAL STRUCTURE OF THE C-TERMINAL COILED-COIL DOMAIN OF CIN85 I... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5abs
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE C-TERMINAL COILED-COIL DOMAIN OF CIN85 IN SPACE GROUP P321
要素SH3 DOMAIN-CONTAINING KINASE-BINDING PROTEIN 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / CBL-INTERACTING PROTEIN OF 85 KDA / ADAPTER PROTEIN / COILED-COIL DOMAIN / B-CELL ANTIGEN RECEPTOR SIGNALING
機能・相同性
機能・相同性情報


Reelin signalling pathway / positive regulation of B cell activation / endocytic vesicle / cytoskeleton organization / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / cytoplasmic vesicle membrane / actin filament organization / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / EGFR downregulation / Negative regulation of MET activity ...Reelin signalling pathway / positive regulation of B cell activation / endocytic vesicle / cytoskeleton organization / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / cytoplasmic vesicle membrane / actin filament organization / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / EGFR downregulation / Negative regulation of MET activity / GABA-ergic synapse / SH3 domain binding / endocytosis / cell-cell junction / cell migration / cell-cell signaling / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / regulation of cell shape / Clathrin-mediated endocytosis / Potential therapeutics for SARS / cytoskeleton / neuron projection / postsynaptic density / focal adhesion / apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / glutamatergic synapse / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
SH3 domain-containing kinase-binding protein 1, first SH3 domain / SH3 domain-containing kinase-binding protein 1, second SH3 domain / SH3 domain-containing kinase-binding protein 1, third SH3 domain / : / Variant SH3 domain / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain
類似検索 - ドメイン・相同性
SH3 domain-containing kinase-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.74 Å
データ登録者Wong, L. / Habeck, M. / Griesinger, C. / Becker, S.
引用ジャーナル: Sci.Signal. / 年: 2016
タイトル: The Adaptor Protein Cin85 Assembles Intracellular Signaling Clusters for B Cell Activation.
著者: Kuhn, J. / Wong, L.E. / Pirkuliyeva, S. / Schulz, K. / Schwiegk, C. / Funfgeld, K.G. / Keppler, S. / Batista, F.D. / Urlaub, H. / Habeck, M. / Becker, S. / Griesinger, C. / Wienands, J.
履歴
登録2015年8月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月30日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.22019年2月6日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SH3 DOMAIN-CONTAINING KINASE-BINDING PROTEIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,1475
ポリマ－7,8861
非ポリマー2624
水25214
1
A: SH3 DOMAIN-CONTAINING KINASE-BINDING PROTEIN 1
ヘテロ分子

A: SH3 DOMAIN-CONTAINING KINASE-BINDING PROTEIN 1
ヘテロ分子

A: SH3 DOMAIN-CONTAINING KINASE-BINDING PROTEIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,44215
ポリマ－23,6573
非ポリマー78512
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
Buried area7060 Å2
ΔGint-168.3 kcal/mol
Surface area12870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.968, 40.968, 90.036
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1003-

ZN

21A-1004-

ZN

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要素

#1: タンパク質 SH3 DOMAIN-CONTAINING KINASE-BINDING PROTEIN 1 / CD2-BINDING PROTEIN 3 / CD2BP3 / CBL-INTERACTING PROTEIN OF 85 KDA / HUMAN SRC FAMILY KINASE- ...CD2-BINDING PROTEIN 3 / CD2BP3 / CBL-INTERACTING PROTEIN OF 85 KDA / HUMAN SRC FAMILY KINASE-BINDING PROTEIN 1 / HSB-1


分子量: 7885.649 Da / 分子数: 1 / 断片: COILED-COIL DOMAIN, RESIDUES 599-662 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q96B97
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE N-TERMINAL GH IS DUE TO CLONING

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.4 % / 解説: NONE
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.05M ZN ACETATE, 20% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.214
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.214 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.74→45.02 Å / Num. obs: 9541 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 17.9 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 15.48
反射 シェル解像度: 1.74→1.83 Å / 冗長度: 16.88 % / Rmerge(I) obs: 0.92 / Mean I/σ(I) obs: 1.09 / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0124精密化
XDSデータ削減
SADABSデータスケーリング
SHELXCDE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.74→45.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 3.897 / SU ML: 0.116 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.13 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28327 993 10.4 %RANDOM
Rwork0.24397 ---
obs0.24796 8537 99.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 43.917 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.68 Å20.84 Å20 Å2
2--1.68 Å20 Å2
3----5.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.74→45.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数520 0 4 14 538
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.019539
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02549
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9262.031723
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.04831262
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.697569
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.19524.825
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.92415106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.755156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.285
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02608
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02108
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.4473.909273
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.4463.9272
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.3685.818343
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.5584.772266
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.738→1.83 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.364 76 -
Rwork0.472 603 -
obs--98.84 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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