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- PDB-5ab8: High resolution X-ray structure of the N-terminal truncated form ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ab8
タイトルHigh resolution X-ray structure of the N-terminal truncated form (residues 1-11) of Mycobacterium tuberculosis HbN
要素GROUP 1 TRUNCATED HEMOGLOBIN GLBN
キーワードOXYGEN TRANSPORT / TRUNCATED HEMOGLOBINS / 2/2 HEMOGLOBINS / GLOBIN DYNAMICS / BACTERIAL GLOBINS / HEME/LIGAND TUNNELING / NO DIOXYGENASE
機能・相同性
機能・相同性情報


detoxification of nitrogen compound / Tolerance by Mtb to nitric oxide produced by macrophages / nitric oxide dioxygenase NAD(P)H activity / nitric oxide catabolic process / thioredoxin peroxidase activity / cell redox homeostasis / oxygen carrier activity / oxygen binding / cellular response to oxidative stress / heme binding ...detoxification of nitrogen compound / Tolerance by Mtb to nitric oxide produced by macrophages / nitric oxide dioxygenase NAD(P)H activity / nitric oxide catabolic process / thioredoxin peroxidase activity / cell redox homeostasis / oxygen carrier activity / oxygen binding / cellular response to oxidative stress / heme binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Truncated hemoglobin, group 1 / Globin, bacterial-like, conserved site / Protozoan/cyanobacterial globins signature. / Truncated hemoglobin / Bacterial-like globin / Globin/Protoglobin / Globins / Globin-like / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / FORMIC ACID / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Group 1 truncated hemoglobin GlbN
類似検索 - 構成要素
生物種MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.53 Å
データ登録者Pesce, A. / Bustamante, J.P. / Bidon-Chanal, A. / Boechi, L. / Estrin, D.A. / Luque, F.J. / Sebilo, A. / Guertin, M. / Bolognesi, M. / Ascenzi, P. / Nardini, M.
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2016
タイトル: The N-Terminal Pre-A Region of Mycobacterium Tuberculosis 2/2Hbn Promotes No-Dioxygenase Activity.
著者: Pesce, A. / Bustamante, J.P. / Bidon-Chanal, A. / Boechi, L. / Estrin, D.A. / Luque, F.J. / Sebilo, A. / Guertin, M. / Bolognesi, M. / Ascenzi, P. / Nardini, M.
履歴
登録2015年8月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月9日Group: Database references
改定 1.22019年3月6日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GROUP 1 TRUNCATED HEMOGLOBIN GLBN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0266
ポリマ－13,1201
非ポリマー9065
水2,666148
1
A: GROUP 1 TRUNCATED HEMOGLOBIN GLBN
ヘテロ分子

A: GROUP 1 TRUNCATED HEMOGLOBIN GLBN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,05112
ポリマ－26,2402
非ポリマー1,81110
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_664-y+1,-x+1,-z-1/61
Buried area6230 Å2
ΔGint-66.3 kcal/mol
Surface area10430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.160, 43.160, 212.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 GROUP 1 TRUNCATED HEMOGLOBIN GLBN / TRUNCATED HEMOGLOBIN / TRHBN / HEMOGLOBIN-LIKE PROTEIN HBN / HBN


分子量: 13119.839 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 12-128 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WN25

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非ポリマー , 5種, 153分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細HEME (HEM): THE HEME VYNIL GROUP IS COVALENTLY MODIFIED AT THE CBB ATOM. THE MODIFICATION HAS NOT ...HEME (HEM): THE HEME VYNIL GROUP IS COVALENTLY MODIFIED AT THE CBB ATOM. THE MODIFICATION HAS NOT BEEN MODELLED IN THE STRUCTURE.
配列の詳細OUR PROTEIN CONSTRUCT START FROM RESIDUE 12. RESIDUES FROM 129 TO 136 WERE NOT LOCATED IN THE ...OUR PROTEIN CONSTRUCT START FROM RESIDUE 12. RESIDUES FROM 129 TO 136 WERE NOT LOCATED IN THE EXPERIMENTAL MAP.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.62 % / 解説: NONE
結晶化温度: 277 K / pH: 4.6 / 詳細: 2.0 M NA-FORMATE, 0.1 M NA-ACETATE PH 4.6, T=277 K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.53→53.23 Å / Num. obs: 18944 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 15.5 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル解像度: 1.53→1.61 Å / 冗長度: 15.9 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1IDR

1idr


解像度: 1.53→33.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 4.09 / SU ML: 0.063 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.081 / ESU R Free: 0.081 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES 129-136 WERE NOT LOCATED IN THE EXPERIMENT THE HEME VINYL GROUP WAS COVALENTLY MODIFIED AT THE CBB ATOM. THE MODIFICATION HAS NOT ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES 129-136 WERE NOT LOCATED IN THE EXPERIMENT THE HEME VINYL GROUP WAS COVALENTLY MODIFIED AT THE CBB ATOM. THE MODIFICATION HAS NOT BEEN MODELED IN THE STRUCTURE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20917 969 5.1 %RANDOM
Rwork0.14044 ---
obs0.14384 17851 99.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.522 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.07 Å20.07 Å20 Å2
2--0.07 Å20 Å2
3----0.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.53→33.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数871 0 62 148 1081
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.019971
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02919
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5082.0271330
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.85632108
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6935120
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.02824.16736
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.29215140
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.784153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.2148
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0211102
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.010.02223
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.9022.473471
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.8342.467471
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.3113.694587
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.2042.721498
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.35331885
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free32.976547
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded12.82951968
LS精密化 シェル解像度: 1.531→1.571 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.354 73 -
Rwork0.284 1257 -
obs--99.33 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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