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- PDB-5aa7: Structural and functional characterization of a chitin-active 15.... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5aa7
タイトルStructural and functional characterization of a chitin-active 15.5 kDa lytic polysaccharide monooxygenase domain from a modular chitinase from Jonesia denitrificans
要素CHITINASE
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


endochitinase activity / chitinase / chitin catabolic process / chitin binding / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
chitin-binding protein cbp21 / Cellulose/chitin-binding protein, N-terminal / Lytic polysaccharide mono-oxygenase, cellulose-degrading / Carbohydrate-binding module family 5/12 / Chitin-binding domain type 3 / Carbohydrate-binding module family 5/12 / Carbohydrate-binding module superfamily 5/12 / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site signature. ...chitin-binding protein cbp21 / Cellulose/chitin-binding protein, N-terminal / Lytic polysaccharide mono-oxygenase, cellulose-degrading / Carbohydrate-binding module family 5/12 / Chitin-binding domain type 3 / Carbohydrate-binding module family 5/12 / Carbohydrate-binding module superfamily 5/12 / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site signature. / : / Chitinase insertion domain superfamily / Chitinase II / Glyco_18 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) domain profile. / Glycosyl hydrolases family 18 / Glycoside hydrolase family 18, catalytic domain / Distorted Sandwich / Immunoglobulin E-set / Glycoside hydrolase superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (I) ION / chitinase
類似検索 - 構成要素
生物種JONESIA DENITRIFICANS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Mekasha, S. / Forsberg, Z. / Dalhus, B. / Choudhary, S. / Schmidt-Dannert, C. / Vaaje-Kolstad, G. / Eijsink, V.
引用ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2016
タイトル: Structural and Functional Characterization of a Small Chitin-Active Lytic Polysaccharide Monooxygenase Domain of a Multi-Modular Chitinase from Jonesia Denitrificans.
著者: Mekasha, S. / Forsberg, Z. / Dalhus, B. / Bacik, J. / Choudhary, S. / Schmidt-Dannert, C. / Vaaje-Kolstad, G. / Eijsink, V.G.H.
履歴
登録2015年7月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月27日Group: Database references
改定 1.22016年4月6日Group: Database references
改定 1.32017年9月27日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.type
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CHITINASE
B: CHITINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2134
ポリマ－31,0862
非ポリマー1272
水5,909328
1
A: CHITINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6062
ポリマ－15,5431
非ポリマー641
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: CHITINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6062
ポリマ－15,5431
非ポリマー641
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)31.760, 74.330, 119.230
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 CHITINASE / 3LPMOA


分子量: 15542.896 Da / 分子数: 2
断片: 15.5 KDA LYTIC POLYSACCHARIDE MONOOXYGENASE, RESIDUES 32-17 DOMAIN
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) JONESIA DENITRIFICANS (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: C7R4I0, chitinase
#2: 化合物 ChemComp-CU1 / COPPER (I) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 328 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.66 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.37778
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.37778 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→46.51 Å / Num. obs: 45097 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11 % / Biso Wilson estimate: 11.3 Å2 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 30.3
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 4.9 % / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / Rsym value: 0.25 / % possible all: 79.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
SHELXE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.55→37.165 Å / SU ML: 0.09 / σ(F): 0 / 位相誤差: 14.42 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1743 2033 4.9 %
Rwork0.1498 --
obs0.151 41687 99.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→37.165 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2188 0 2 328 2518
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062323
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0743207
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.613823
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073358
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005428
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.55-1.58610.16581070.15322460X-RAY DIFFRACTION92
1.5861-1.62570.17791360.14762520X-RAY DIFFRACTION98
1.6257-1.66970.17731290.14552635X-RAY DIFFRACTION100
1.6697-1.71880.16311340.14422603X-RAY DIFFRACTION100
1.7188-1.77430.19631450.15032631X-RAY DIFFRACTION100
1.7743-1.83770.18631380.1532606X-RAY DIFFRACTION100
1.8377-1.91130.17491240.14552625X-RAY DIFFRACTION100
1.9113-1.99830.14361580.14892632X-RAY DIFFRACTION100
1.9983-2.10360.16121280.1462648X-RAY DIFFRACTION100
2.1036-2.23540.17011380.14652646X-RAY DIFFRACTION100
2.2354-2.4080.17471500.1582647X-RAY DIFFRACTION100
2.408-2.65020.21031340.16932709X-RAY DIFFRACTION100
2.6502-3.03360.21561360.1662657X-RAY DIFFRACTION100
3.0336-3.82130.16841380.13892740X-RAY DIFFRACTION100
3.8213-37.17570.1451380.14042895X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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