PDB-5aa5: Actinobacterial-type NiFe-hydrogenase from Ralstonia eutropha H16...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5aa5

タイトル

Actinobacterial-type NiFe-hydrogenase from Ralstonia eutropha H16 at 2.85 Angstrom resolution

要素

NIFE-HYDROGENASE LARGE SUBUNIT, HOFG
NIFE-HYDROGENASE SMALL SUBUNIT, HOFK

キーワード

OXIDOREDUCTASE / HYDROGENASE / DIHYDROGEN / METALLOENZYME / NICKEL / TROPOSPHERIC HYDROGEN / OXYGEN TOLERANCE

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrogenase (acceptor) / ferredoxin hydrogenase complex / [Ni-Fe] hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase activity / cell envelope / anaerobic respiration / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / nickel cation binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

CUPRIAVIDUS NECATOR (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.497 Å

データ登録者

Schaefer, C. / Bommer, M. / Hennig, S. / Jeoung, J.H. / Dobbek, H. / Lenz, O.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Structure of an Actinobacterial-Type [Nife]-Hydrogenase Reveals Insight Into O2-Tolerant H2 Oxidation.
著者: Schafer, C. / Bommer, M. / Hennig, S.E. / Jeoung, J. / Dobbek, H. / Lenz, O.

履歴

登録	2015年7月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年1月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年3月2日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5aa5.cif.gz	2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5aa5.ent.gz	1.7 MB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5aa5_validation.pdf.gz	602 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5aa5_full_validation.pdf.gz	754.6 KB	表示
XML形式データ	5aa5_validation.xml.gz	194.1 KB	表示
CIF形式データ	5aa5_validation.cif.gz	257.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aa/5aa5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aa/5aa5	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1cc1S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3zyv-d 5csl-d 4wa1-d 2np0-2 4pjo-d 1766 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (11) #144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (3) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: NIFE-HYDROGENASE SMALL SUBUNIT, HOFK

B: NIFE-HYDROGENASE SMALL SUBUNIT, HOFK

C: NIFE-HYDROGENASE LARGE SUBUNIT, HOFG

D: NIFE-HYDROGENASE SMALL SUBUNIT, HOFK

E: NIFE-HYDROGENASE LARGE SUBUNIT, HOFG

F: NIFE-HYDROGENASE SMALL SUBUNIT, HOFK

G: NIFE-HYDROGENASE LARGE SUBUNIT, HOFG

H: NIFE-HYDROGENASE SMALL SUBUNIT, HOFK

I: NIFE-HYDROGENASE LARGE SUBUNIT, HOFG

K: NIFE-HYDROGENASE LARGE SUBUNIT, HOFG

L: NIFE-HYDROGENASE LARGE SUBUNIT, HOFG

M: NIFE-HYDROGENASE SMALL SUBUNIT, HOFK

ヘテロ分子

629 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.780, 267.971, 144.686
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.58, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.988, -0.052, -0.1457), (0.0977, -0.52, 0.8486), (-0.1199, -0.8526, -0.5087)	10.416, 198.7751, 141.7802
2	given	(-0.9842, 0.155, 0.0862), (-0.1589, -0.9865, -0.0401), (0.0788, -0.0532, 0.9955)	24.3794, 281.6915, 5.277
3	given	(0.9947, 0.0994, 0.0244), (0.0708, -0.4961, -0.8654), (-0.0739, 0.8626, -0.5005)	-12.6883, 218.1326, -99.5223
4	given	(-0.9911, -0.0969, 0.0915), (-0.1289, 0.522, -0.8432), (0.0339, -0.8474, -0.5298)	59.1757, 80.4089, 137.2852
5	given	(-0.9936, -0.105, -0.0416), (-0.086, 0.4653, 0.881), (-0.0732, 0.8789, -0.4714)	62.7369, 64.9444, -101.3682
6	given	(0.9893, -0.0596, -0.1329), (0.0829, -0.5195, 0.8505), (-0.1197, -0.8524, -0.509)	10.6333, 198.7086, 141.872
7	given	(-0.9932, -0.0998, -0.0594), (-0.0996, 0.4676, 0.8783), (-0.0599, 0.8783, -0.4744)	62.6829, 64.922, -101.7091
8	given	(-0.9843, 0.1547, 0.085), (-0.1585, -0.9866, -0.0392), (0.0778, -0.052, 0.9956)	24.371, 281.4753, 5.3735
9	given	(-0.9917, -0.0958, 0.0853), (-0.1228, 0.518, -0.8465), (0.0369, -0.85, -0.5254)	58.7964, 80.4275, 137.7739
10	given	(0.9952, 0.095, 0.0255), (0.0696, -0.4966, -0.8652), (-0.0695, 0.8628, -0.5008)	-12.2442, 218.1921, -99.4332

#1: タンパク質	NIFE-HYDROGENASE SMALL SUBUNIT, HOFK 分子量: 37934.523 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GERMAN COLLECTION OF MICROORGANISMS (DSM) 428 / 由来: (天然) CUPRIAVIDUS NECATOR (バクテリア) / 株: H16 / 参照: UniProt: Q7WXQ4, hydrogenase (acceptor)
#2: タンパク質	NIFE-HYDROGENASE LARGE SUBUNIT, HOFG 分子量: 65479.293 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GERMAN COLLECTION OF MICROORGANISMS (DSM) 428 / 由来: (天然) CUPRIAVIDUS NECATOR (バクテリア) / 株: H16 / 参照: UniProt: Q7WXQ3, hydrogenase (acceptor)
#3: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄
#4: 化合物	ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID 分子量: 104.061 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₄O₄
#5: 化合物	ChemComp-NFU / formyl[bis(hydrocyanato-1kappaC)]ironnickel(Fe-Ni) / NI-FE REDUCED ACTIVE CENTER 分子量: 195.591 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃HFeN₂NiO
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.39 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7 詳細: 17.5% PEG 4000, 160 MM IMIDAZOLE- MALONATE, PH 7.0, 15% 2R,3R-BUTANDIOL AS CRYO- PROTECTANT

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 1.485
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月7日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI-111 CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.485 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.497→45.97 Å / Num. obs: 200461 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): 0.5 / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 33.63 Å² / R_merge(I) obs: 0.17 / Net I/σ(I): 7.17
反射シェル	解像度: 2.497→2.586 Å / 冗長度: 2.6 % / R_merge(I) obs: 1.76 / Mean I/σ(I) obs: 0.55 / % possible all: 80.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1CC1

1cc1

解像度: 2.497→45.965 Å / SU ML: 0.4 / σ(F): 2 / 位相誤差: 25.78 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THE RESOLUTION OF THE DATA BY THE I/SIGMA(I)>2 CONVENTION IS 2.85 ANGSTROM. ADDITIONAL DATA TO 2.5 ANGSTROM WERE USED IN REFINEMENT TO IMPROVE THE MODEL (AS SUGGESTED IN KARPLUS AND ...

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.242	10023	5 %
R_work	0.187	-	-
obs	0.1898	200453	97.36 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.497→45.965 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	42631	0	234	0	42865

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	44287
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.89	60388
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.034	16134
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.032	6361
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	7826

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4966-2.525	0.3949	241	0.3512	4588	X-RAY DIFFRACTION	71
2.525-2.5547	0.386	287	0.3516	5445	X-RAY DIFFRACTION	83
2.5547-2.5858	0.3581	297	0.3284	5649	X-RAY DIFFRACTION	87
2.5858-2.6186	0.3656	313	0.3191	5952	X-RAY DIFFRACTION	91
2.6186-2.653	0.3474	322	0.3068	6111	X-RAY DIFFRACTION	94
2.653-2.6893	0.3533	333	0.3002	6327	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6893-2.7278	0.3394	344	0.2953	6549	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7278-2.7685	0.3219	341	0.2917	6475	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7685-2.8117	0.3352	343	0.2795	6518	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8117-2.8578	0.3282	341	0.2529	6472	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8578-2.9071	0.3209	346	0.2551	6566	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9071-2.9599	0.3062	340	0.2554	6474	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9599-3.0169	0.2917	345	0.2396	6554	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0169-3.0784	0.2903	342	0.2329	6497	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0784-3.1454	0.2707	345	0.2186	6543	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1454-3.2185	0.2777	338	0.2161	6435	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2185-3.299	0.2972	345	0.2209	6551	X-RAY DIFFRACTION	100
3.299-3.3881	0.2733	342	0.2041	6491	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3881-3.4878	0.259	343	0.1945	6519	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4878-3.6003	0.2471	342	0.1769	6495	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6003-3.729	0.2139	344	0.1614	6543	X-RAY DIFFRACTION	100
3.729-3.8782	0.22	344	0.1532	6543	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8782-4.0546	0.2013	341	0.1435	6471	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0546-4.2682	0.197	343	0.1316	6517	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2682-4.5354	0.1773	345	0.1276	6565	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5354-4.8852	0.1715	341	0.1246	6477	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8852-5.3762	0.1903	344	0.1258	6525	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3762-6.1526	0.1807	344	0.1301	6537	X-RAY DIFFRACTION	100
6.1526-7.7456	0.1764	344	0.1214	6538	X-RAY DIFFRACTION	100
7.7456-45.9732	0.1545	343	0.1182	6503	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5349	-0.1892	0.0548	1.1071	0.07	0.764	0.0337	0.1385	0.3953	-0.1605	-0.1342	0.1363	-0.1595	-0.1798	0.0923	0.336	0.0826	-0.0118	0.2238	0.0431	0.4296	1.4128	203.2335	12.7897
2	0.4827	-0.6107	0.096	0.9204	-0.1679	0.6555	-0.1124	-0.1483	0.2109	0.117	0.1105	0.054	-0.1327	-0.2252	0.0686	0.1803	0.0595	0.0161	0.2859	-0.0213	0.2816	2.031	189.0935	32.119
3	0.7267	0.4867	-0.1819	1.1051	-0.1542	0.2558	0.0297	0.0296	-0.0376	-0.4507	0.0219	0.4467	0.072	-0.3239	0.0879	0.3875	0.0726	-0.1258	0.3663	0.0636	0.3862	-16.5849	185.8521	9.4651
4	0.6306	-0.4916	0.1407	1.0136	-0.2887	0.8141	-0.1448	-0.0936	0.1884	-0.2669	0.1363	0.3193	-0.1415	-0.3154	0.0734	0.1204	0.1096	0.0221	0.2938	-0.0045	0.2641	-5.9836	191.0217	24.5183
5	0.5762	-0.2606	-0.0418	0.6116	0.211	0.4244	-0.2573	-0.6337	0.2266	0.7889	0.4782	-0.0028	0.0469	-0.2087	0.4487	0.5964	0.4438	0.0992	0.5633	-0.1811	0.0328	17.2894	170.4996	61.44
6	0.1533	0.0509	0.0041	0.095	0.0347	0.0145	-0.0511	-0.2367	-0.0422	0.241	0.089	-0.0219	0.1402	0.073	-0.1174	0.9256	0.4676	-0.2216	0.705	-0.0677	0.284	33.3361	160.1664	75.1988
7	0.7027	-0.6107	0.2614	1.2295	-0.018	0.5096	-0.085	-0.1485	0.0061	0.0707	0.1363	-0.1128	0.1967	-0.0488	0.0003	0.1989	0.0439	0.0543	0.214	0.0038	0.1495	23.2555	159.0225	37.6998
8	0.2635	-0.1151	0.0787	0.2674	0.1846	0.361	0.0637	-0.2741	-0.124	0.5752	0.0377	0.2246	0.3954	-0.3059	0.0571	1.2923	-0.1442	0.2026	0.5379	-0.1163	0.2917	7.1385	108.1651	70.3762
9	0.4512	0.22	-0.1735	0.9268	0.5188	0.5333	-0.0204	-0.0914	-0.0694	0.5952	-0.2801	0.3689	0.3102	-0.5536	-0.0379	0.4967	-0.0747	0.1481	0.4014	-0.1578	0.3711	2.062	110.9342	43.911
10	0.0118	-0.0194	0.0041	0.0627	-0.0259	0.0123	0.0093	-0.178	-0.232	0.4067	0.0379	-0.0213	0.4438	-0.0601	-0.028	1.5906	-0.1976	0.0344	0.4841	0.0766	0.393	13.3237	81.7648	61.7193
11	0.4836	0.0014	0.0462	0.5087	-0.0441	0.5663	0.1128	-0.213	-0.2043	0.7664	-0.1825	0.1021	0.5789	-0.3051	-0.1648	0.8716	-0.1498	0.0958	0.2711	-0.0291	0.2804	10.3406	95.6135	44.834
12	0.4071	0.2187	-0.0911	0.3838	0.2411	0.334	-0.0785	-0.1477	-0.1062	0.5248	-0.251	0.4381	0.1529	-0.4037	-0.1413	0.7333	-0.1837	0.3291	0.729	-0.2492	0.696	-10.043	103.4891	50.8298
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56	0.8288	0.1455	-0.0502	0.5421	0.0427	0.12	0.041	0.242	0.0233	-0.3071	-0.0309	-0.2917	0.0723	0.2346	-0.1971	0.5046	0.1766	0.1676	0.4639	-0.1377	0.2695	40.6586	121.8912	-44.0326
57	0.4995	-0.1644	0.0595	1.0247	0.2443	0.699	0.0151	0.1716	-0.2027	-0.2088	0.0753	-0.0621	0.1853	0.07	-0.0535	0.4314	0.0236	0.012	0.286	-0.0664	0.3041	23.1197	113.4235	-38.2859
58	1.2833	-0.0736	-0.1339	0.8996	0.0992	0.9642	0.0405	0.1245	-0.4715	-0.3079	0.0372	0.1804	0.3621	-0.0123	-0.0594	0.5106	0.0079	-0.0747	0.2297	-0.0418	0.3568	19.1753	103.204	-32.0593
59	0.4147	-0.159	0.329	1.291	0.1075	0.4663	0.1648	-0.0821	-0.275	0.0076	0.0621	0.0051	0.3396	0.1405	-0.0598	0.4507	0.054	-0.0379	0.251	0.0168	0.2269	23.6924	110.1361	-22.4568
60	1.4204	-0.216	-0.3815	1.0987	0.196	0.7088	0.0161	-0.0406	0.0389	-0.1617	0.0215	-0.1286	-0.0044	0.1422	-0.0594	0.3531	0.0215	0.0338	0.2665	-0.0597	0.223	33.4403	121.2805	-27.6949
61	0.6217	-0.2256	0.1337	1.0759	0.0744	0.6373	-0.0349	-0.1766	0.118	0.4473	0.0622	0.0439	0.077	-0.0016	-0.0382	0.361	0.0144	0.0599	0.2658	0.0174	0.1537	16.1396	130.7528	-13.453
62	0.7926	0.1706	0.4704	0.7873	0.1706	0.2853	-0.0274	-0.3318	-0.2508	0.3238	0.0405	0.1471	0.2021	-0.1461	0.019	0.686	0.1328	0.1923	0.4654	0.0055	0.3406	18.316	147.7103	0.7878
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65	1.5209	0.1729	0.5356	1.7037	0.3006	1.5673	0.0712	0.1185	0.205	-0.4888	-0.0725	0.103	-0.2749	-0.0019	0.0394	0.4381	0.0678	0.0422	0.2709	-0.0434	0.2965	19.8587	175.8565	-30.3971
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79	0.2259	-0.0648	0.0532	0.5741	0.1221	0.2077	-0.3044	-0.3812	0.5406	0.524	0.1323	-0.9143	-0.0748	-0.0064	-0.4124	0.3221	0.3377	-0.5412	0.4676	-0.2639	0.9525	45.9729	174.3848	53.9729

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'G' AND (RESID 19 THROUGH 69 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'G' AND (RESID 70 THROUGH 309 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'G' AND (RESID 310 THROUGH 347 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'G' AND (RESID 348 THROUGH 579 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'D' AND (RESID 5 THROUGH 105 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'D' AND (RESID 106 THROUGH 124 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'D' AND (RESID 125 THROUGH 349 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'L' AND (RESID 20 THROUGH 69 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'L' AND (RESID 70 THROUGH 130 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'L' AND (RESID 131 THROUGH 167 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN 'L' AND (RESID 168 THROUGH 255 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN 'L' AND (RESID 256 THROUGH 299 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN 'L' AND (RESID 300 THROUGH 362 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN 'L' AND (RESID 363 THROUGH 424 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN 'L' AND (RESID 425 THROUGH 546 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN 'L' AND (RESID 547 THROUGH 579 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	CHAIN 'C' AND (RESID 19 THROUGH 299 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	CHAIN 'C' AND (RESID 300 THROUGH 358 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	CHAIN 'C' AND (RESID 359 THROUGH 511 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	CHAIN 'C' AND (RESID 512 THROUGH 579 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	CHAIN 'I' AND (RESID 20 THROUGH 54 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	CHAIN 'I' AND (RESID 55 THROUGH 130 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	CHAIN 'I' AND (RESID 131 THROUGH 220 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	CHAIN 'I' AND (RESID 221 THROUGH 322 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	CHAIN 'I' AND (RESID 323 THROUGH 362 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	CHAIN 'I' AND (RESID 363 THROUGH 475 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	CHAIN 'I' AND (RESID 476 THROUGH 511 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	CHAIN 'I' AND (RESID 512 THROUGH 579 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	CHAIN 'K' AND (RESID 19 THROUGH 130 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	CHAIN 'K' AND (RESID 131 THROUGH 220 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	CHAIN 'K' AND (RESID 221 THROUGH 303 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	CHAIN 'K' AND (RESID 304 THROUGH 362 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	CHAIN 'K' AND (RESID 363 THROUGH 511 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	CHAIN 'K' AND (RESID 512 THROUGH 579 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	CHAIN 'A' AND (RESID 5 THROUGH 84 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	CHAIN 'A' AND (RESID 85 THROUGH 106 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	CHAIN 'A' AND (RESID 107 THROUGH 124 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	CHAIN 'A' AND (RESID 125 THROUGH 219 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	CHAIN 'A' AND (RESID 220 THROUGH 269 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	CHAIN 'A' AND (RESID 270 THROUGH 306 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	CHAIN 'A' AND (RESID 307 THROUGH 332 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	CHAIN 'A' AND (RESID 333 THROUGH 349 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	CHAIN 'B' AND (RESID 5 THROUGH 84 )
44	X-RAY DIFFRACTION	44	CHAIN 'B' AND (RESID 85 THROUGH 124 )
45	X-RAY DIFFRACTION	45	CHAIN 'B' AND (RESID 125 THROUGH 219 )
46	X-RAY DIFFRACTION	46	CHAIN 'B' AND (RESID 220 THROUGH 294 )
47	X-RAY DIFFRACTION	47	CHAIN 'B' AND (RESID 295 THROUGH 317 )
48	X-RAY DIFFRACTION	48	CHAIN 'B' AND (RESID 318 THROUGH 333 )
49	X-RAY DIFFRACTION	49	CHAIN 'B' AND (RESID 334 THROUGH 349 )
50	X-RAY DIFFRACTION	50	CHAIN 'F' AND (RESID 5 THROUGH 84 )
51	X-RAY DIFFRACTION	51	CHAIN 'F' AND (RESID 85 THROUGH 142 )
52	X-RAY DIFFRACTION	52	CHAIN 'F' AND (RESID 143 THROUGH 219 )
53	X-RAY DIFFRACTION	53	CHAIN 'F' AND (RESID 220 THROUGH 305 )
54	X-RAY DIFFRACTION	54	CHAIN 'F' AND (RESID 306 THROUGH 332 )
55	X-RAY DIFFRACTION	55	CHAIN 'F' AND (RESID 333 THROUGH 349 )
56	X-RAY DIFFRACTION	56	CHAIN 'M' AND (RESID 5 THROUGH 26 )
57	X-RAY DIFFRACTION	57	CHAIN 'M' AND (RESID 27 THROUGH 106 )
58	X-RAY DIFFRACTION	58	CHAIN 'M' AND (RESID 107 THROUGH 152 )
59	X-RAY DIFFRACTION	59	CHAIN 'M' AND (RESID 153 THROUGH 189 )
60	X-RAY DIFFRACTION	60	CHAIN 'M' AND (RESID 190 THROUGH 219 )
61	X-RAY DIFFRACTION	61	CHAIN 'M' AND (RESID 220 THROUGH 306 )
62	X-RAY DIFFRACTION	62	CHAIN 'M' AND (RESID 307 THROUGH 332 )
63	X-RAY DIFFRACTION	63	CHAIN 'M' AND (RESID 333 THROUGH 349 )
64	X-RAY DIFFRACTION	64	CHAIN 'H' AND (RESID 5 THROUGH 85 )
65	X-RAY DIFFRACTION	65	CHAIN 'H' AND (RESID 86 THROUGH 105 )
66	X-RAY DIFFRACTION	66	CHAIN 'H' AND (RESID 106 THROUGH 135 )
67	X-RAY DIFFRACTION	67	CHAIN 'H' AND (RESID 136 THROUGH 219 )
68	X-RAY DIFFRACTION	68	CHAIN 'H' AND (RESID 220 THROUGH 243 )
69	X-RAY DIFFRACTION	69	CHAIN 'H' AND (RESID 244 THROUGH 304 )
70	X-RAY DIFFRACTION	70	CHAIN 'H' AND (RESID 305 THROUGH 332 )
71	X-RAY DIFFRACTION	71	CHAIN 'H' AND (RESID 333 THROUGH 349 )
72	X-RAY DIFFRACTION	72	CHAIN 'E' AND (RESID 21 THROUGH 84 )
73	X-RAY DIFFRACTION	73	CHAIN 'E' AND (RESID 85 THROUGH 167 )
74	X-RAY DIFFRACTION	74	CHAIN 'E' AND (RESID 168 THROUGH 255 )
75	X-RAY DIFFRACTION	75	CHAIN 'E' AND (RESID 256 THROUGH 322 )
76	X-RAY DIFFRACTION	76	CHAIN 'E' AND (RESID 323 THROUGH 374 )
77	X-RAY DIFFRACTION	77	CHAIN 'E' AND (RESID 375 THROUGH 405 )
78	X-RAY DIFFRACTION	78	CHAIN 'E' AND (RESID 406 THROUGH 444 )
79	X-RAY DIFFRACTION	79	CHAIN 'E' AND (RESID 445 THROUGH 579 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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