+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5a9k | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structural basis for DNA strand separation by a hexameric replicative helicase | ||||||
![]() | REPLICATION PROTEIN E1 | ||||||
![]() | HYDROLASE / DNA REPLICATION FORK | ||||||
機能・相同性 | ![]() DNA helicase activity / DNA replication / DNA helicase / host cell nucleus / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 19 Å | ||||||
![]() | Chaban, Y. / Stead, J.A. / Ryzhenkova, K. / Whelan, F. / Lamber, K. / Antson, F. / Sanders, C.M. / Orlova, E.V. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis for DNA strand separation by a hexameric replicative helicase. 著者: Yuriy Chaban / Jonathan A Stead / Ksenia Ryzhenkova / Fiona Whelan / Ekaterina P Lamber / Alfred Antson / Cyril M Sanders / Elena V Orlova / ![]() 要旨: Hexameric helicases are processive DNA unwinding machines but how they engage with a replication fork during unwinding is unknown. Using electron microscopy and single particle analysis we determined ...Hexameric helicases are processive DNA unwinding machines but how they engage with a replication fork during unwinding is unknown. Using electron microscopy and single particle analysis we determined structures of the intact hexameric helicase E1 from papillomavirus and two complexes of E1 bound to a DNA replication fork end-labelled with protein tags. By labelling a DNA replication fork with streptavidin (dsDNA end) and Fab (5' ssDNA) we located the positions of these labels on the helicase surface, showing that at least 10 bp of dsDNA enter the E1 helicase via a side tunnel. In the currently accepted 'steric exclusion' model for dsDNA unwinding, the active 3' ssDNA strand is pulled through a central tunnel of the helicase motor domain as the dsDNA strands are wedged apart outside the protein assembly. Our structural observations together with nuclease footprinting assays indicate otherwise: strand separation is taking place inside E1 in a chamber above the helicase domain and the 5' passive ssDNA strands exits the assembly through a separate tunnel opposite to the dsDNA entry point. Our data therefore suggest an alternative to the current general model for DNA unwinding by hexameric helicases. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
ムービー |
![]() |
---|---|
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 321.7 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 260 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 749 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 771.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 47.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 70.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3087MC ![]() 3088C ![]() 3089C ![]() 3090C ![]() 3091C ![]() 5a9l ![]() 5a9m ![]() 5a9n ![]() 5a9o M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
|
---|---|
1 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34645.016 Da / 分子数: 6 / 断片: HELICASE DOMAIN, RESIDUES 301-605 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 器官: NUCLEUS / プラスミド: PET11C / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-PO4 / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-
試料調製
構成要素 | 名称: HELICASE DOMAIN OF THE FULL-LENGTH E1 HELICASE FROM BOVINE PAPILLOMAVIRUS タイプ: VIRUS |
---|---|
緩衝液 | 名称: 10 MM TRIS-CL PH 8.0, 225 MM NACL, 2 MM DTT, 0.1 MM PMSF, 0.1 MM EDTA pH: 8 詳細: 10 MM TRIS-CL PH 8.0, 225 MM NACL, 2 MM DTT, 0.1 MM PMSF, 0.1 MM EDTA |
試料 | 濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: YES / 凍結: NO |
染色 | タイプ: NEGATIVE / 染色剤: uranyl acetate |
試料支持 | 詳細: CARBON |
-
電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI F20 / 日付: 2010年2月18日 |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 62000 X / 倍率(補正後): 67000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / Cs: 2.1 mm |
試料ホルダ | 温度: 293 K |
撮影 | 電子線照射量: 20 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) |
画像スキャン | デジタル画像の数: 30 |
放射波長 | 相対比: 1 |
-
解析
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | 詳細: FRAMES | ||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C6 (6回回転対称) | ||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 手法: FILTERED BACK PROJECTION / 解像度: 19 Å / 粒子像の数: 8265 / ピクセルサイズ(実測値): 1.6 Å 倍率補正: CROSS- -CORRELATION DENSITIES WITHIN SPHERICAL SHELL 詳細: SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-3087. (DEPOSITION ID: 13536). 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient 詳細: METHOD--LOCAL CORRELATION REFINEMENT PROTOCOL--X-RAY | ||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 2V9P Accession code: 2V9P / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 19 Å | ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 19 Å
|