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- PDB-5a91: 15K X-ray ligand free: Exploring the Mechanism of beta-Lactam Rin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5a91
タイトル15K X-ray ligand free: Exploring the Mechanism of beta-Lactam Ring Protonation in the Class A beta-lactamase Acylation Mechanism Using Neutron and X-ray Crystallography
要素Beta-lactamase Toho-1
キーワードHYDROLASE / BETA LACTAMASE / NEUTRON CRYSTALLOGRAPHY
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase / beta-lactamase activity / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-lactamase CTX-M-97 / Beta-lactamase Toho-1
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Vandavasi, V.G. / Weiss, K.L. / Cooper, J.B. / Erskine, P.T. / Tomanicek, S.J. / Ostermann, A. / Schrader, T.E. / Ginell, S.L. / Coates, L.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: Exploring the Mechanism of Beta-Lactam Ring Protonation in the Class a Beta-Lactamase Acylation Mechanism Using Neutron and X-Ray Crystallography.
著者: Vandavasi, V.G. / Weiss, K.L. / Cooper, J.B. / Erskine, P.T. / Tomanicek, S.J. / Ostermann, A. / Schrader, T.E. / Ginell, S.L. / Coates, L.
履歴
登録2015年7月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月27日Group: Database references
改定 2.02019年10月9日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: atom_site / exptl_crystal_grow ...atom_site / exptl_crystal_grow / pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / reflns / reflns_shell
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_database_status.status_code_sf / _reflns.d_resolution_low / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns.pdbx_Rpim_I_all
改定 2.12024年5月8日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq_dif.db_mon_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase Toho-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5986
ポリマ－28,1181
非ポリマー4805
水7,963442
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.398, 72.398, 97.198
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2034-

HOH

21A-2036-

HOH

31A-2168-

HOH

41A-2413-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase Toho-1


分子量: 28117.752 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: bla / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
参照: UniProt: Q47066, UniProt: E1ANH6*PLUS, beta-lactamase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 442 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.97 % / 解説: NONE
結晶化温度: 293 K
詳細: 300 ul of a 10 mg/ml protein concentration in a solution containing 2.0 M ammonium sulfate and 0.1 M sodium citrate (pH 6.1) prepared in D 2 O.

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データ収集

回折平均測定温度: 15 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.67
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.67 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→38.41 Å / Num. obs: 86849 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rpim(I) all: 0.029 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 1.2→1.26 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Rpim(I) all: 0.137

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 1.2→36.199 Å / SU ML: 0.07 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 12.57 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1505 4412 5.1 %
Rwork0.1294 --
obs0.1304 86837 93.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→36.199 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1960 0 25 442 2427
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0112103
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4922880
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.906794
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.084338
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009374
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.2-1.21360.18791430.15152810X-RAY DIFFRACTION97
1.2136-1.22790.16791730.14522818X-RAY DIFFRACTION97
1.2279-1.24290.18231310.14972763X-RAY DIFFRACTION97
1.2429-1.25860.1891440.14392777X-RAY DIFFRACTION96
1.2586-1.27520.18591330.14062817X-RAY DIFFRACTION96
1.2752-1.29270.15411520.13372801X-RAY DIFFRACTION96
1.2927-1.31110.15181490.13592763X-RAY DIFFRACTION96
1.3111-1.33070.16271580.13322788X-RAY DIFFRACTION96
1.3307-1.35150.16931520.13722750X-RAY DIFFRACTION96
1.3515-1.37370.1761640.13282763X-RAY DIFFRACTION96
1.3737-1.39730.1561450.13032779X-RAY DIFFRACTION96
1.3973-1.42280.13411570.1252773X-RAY DIFFRACTION95
1.4228-1.45010.14951460.12552769X-RAY DIFFRACTION95
1.4501-1.47970.15571370.12152768X-RAY DIFFRACTION95
1.4797-1.51190.1651390.11762772X-RAY DIFFRACTION95
1.5119-1.54710.12871470.11522732X-RAY DIFFRACTION95
1.5471-1.58580.14521570.11342743X-RAY DIFFRACTION95
1.5858-1.62860.12361350.11662764X-RAY DIFFRACTION94
1.6286-1.67660.14821740.1122716X-RAY DIFFRACTION94
1.6766-1.73070.14461360.1172732X-RAY DIFFRACTION94
1.7307-1.79250.15241560.11872694X-RAY DIFFRACTION93
1.7925-1.86430.13671380.11642762X-RAY DIFFRACTION93
1.8643-1.94910.12711540.11672703X-RAY DIFFRACTION93
1.9491-2.05190.13121400.11712720X-RAY DIFFRACTION93
2.0519-2.18040.13041180.11652734X-RAY DIFFRACTION92
2.1804-2.34870.12641470.11882687X-RAY DIFFRACTION91
2.3487-2.58510.12541430.12282724X-RAY DIFFRACTION91
2.5851-2.9590.17711600.13962651X-RAY DIFFRACTION90
2.959-3.72740.1551400.14012676X-RAY DIFFRACTION89
3.7274-36.21550.16781440.15612676X-RAY DIFFRACTION85

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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