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- PDB-5a8j: Crystal structure of the ArnB paralog VWA2 from Sulfolobus acidoc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5a8j
タイトルCrystal structure of the ArnB paralog VWA2 from Sulfolobus acidocaldarius
要素VWA2
キーワードTRANSCRIPTION / VON WILLEBRAND / PHOSPHORYLATION
機能・相同性Archaellum regulatory network B, C-terminal / Archaellum regulatory network B, C-terminal domain / von Willebrand factor type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type A domain / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / CITRIC ACID / Conserved protein
機能・相同性情報
生物種SULFOLOBUS ACIDOCALDARIUS (好気性・好酸性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.46 Å
データ登録者Hoffmann, L. / Anders, K. / Reimann, J. / Linne, U. / Essen, L.-O. / Albers, S.-V.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Phosphorylation-Dependent Interaction between an Archaeal Von Willebrand and Fha Domain Recruits Arna-Arnb Complex to DNA for Repression of Motility
著者: Hoffmann, L. / Anders, K. / Reimann, J. / Linne, U. / Essen, L.-O. / Albers, S.-V.
履歴
登録2015年7月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VWA2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,52310
ポリマ－41,7721
非ポリマー7509
水5,819323
1
A: VWA2
ヘテロ分子

A: VWA2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,04620
ポリマ－83,5452
非ポリマー1,50118
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area6540 Å2
ΔGint-90.1 kcal/mol
Surface area28470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.640, 74.280, 145.550
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2185-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 VWA2


分子量: 41772.461 Da / 分子数: 1 / 断片: VON WILLEBRAND DOMAIN, RESIDUES 2-360 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SULFOLOBUS ACIDOCALDARIUS (好気性・好酸性)
株: DSM639 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA-PLYSS / 参照: UniProt: Q4J9H5

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非ポリマー , 6種, 332分子

#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 323 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.46 % / 解説: NONE
結晶化詳細: RESERVOIR BUFFER: 0.1 M SODIUMCITRATE PH 5.5; 2.5 M AMMONIUMSULFATE; PROTEIN BUFFER: 20 MM HEPES PH 7.0; 100 MM KCL, 2.7 MG/ML PROTEIN IN PROTEIN BUFFER; MIX RESERVOIR AND PROTEIN 1:1

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.70847
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年6月10日
放射モノクロメーター: SI(311) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.70847 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.46→41.66 Å / Num. obs: 65094 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 16.79 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 17.5
反射 シェル解像度: 1.46→1.54 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 97.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.46→41.658 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 21.96 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: RESIDUES A2 - G366 OF VWA2 CAN BE SEEN IN THE STRUCTURE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2013 1340 2.1 %
Rwork0.1651 --
obs0.1659 65082 99.08 %
溶媒の処理減衰半径: 1.1 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.46→41.658 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2847 0 45 323 3215
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0113071
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.344201
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6041213
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077504
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007536
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4602-1.51240.29081340.22016129X-RAY DIFFRACTION97
1.5124-1.5730.24851220.21346367X-RAY DIFFRACTION100
1.573-1.64460.26831160.20216402X-RAY DIFFRACTION100
1.6446-1.73130.26671420.20096342X-RAY DIFFRACTION100
1.7313-1.83970.22891320.18886355X-RAY DIFFRACTION100
1.8397-1.98180.23951440.16246371X-RAY DIFFRACTION99
1.9818-2.18120.20121220.15536357X-RAY DIFFRACTION99
2.1812-2.49680.19541540.14856360X-RAY DIFFRACTION99
2.4968-3.14560.20441380.15336393X-RAY DIFFRACTION98
3.1456-41.67450.15721360.15896666X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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