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万見
- PDB-5a8d: The high resolution structure of a novel alpha-L-arabinofuranosid... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5a8d
タイトルThe high resolution structure of a novel alpha-L-arabinofuranosidase (CtGH43) from Clostridium thermocellum ATCC 27405
要素CARBOHYDRATE BINDING FAMILY 6
キーワードHYDROLASE / GLYCOSIDE HYDROLASE / CTGH43 / ALPHA-L-ARABINOFURANOSIDASE / C. THERMOCELLUM / 5-FOLD-BETA-PROPELLER
機能・相同性
機能・相同性情報


xylan catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Cellulose binding, type IV / Cellulose Binding Domain Type IV / Carbohydrate binding module (family 6) / Glycoside hydrolase, family 43 / Glycosyl hydrolases family 43 / Clostridium cellulosome enzymes repeated domain signature. / CBM6 (carbohydrate binding type-6) domain profile. / Carbohydrate binding module family 6 / Dockerin domain ...: / Cellulose binding, type IV / Cellulose Binding Domain Type IV / Carbohydrate binding module (family 6) / Glycoside hydrolase, family 43 / Glycosyl hydrolases family 43 / Clostridium cellulosome enzymes repeated domain signature. / CBM6 (carbohydrate binding type-6) domain profile. / Carbohydrate binding module family 6 / Dockerin domain / Dockerin domain profile. / Dockerin type I domain / Dockerin type I repeat / Dockerin domain superfamily / Glycosyl hydrolase domain; family 43 / 5 Propeller / Tachylectin-2; Chain A / Glycosyl hydrolase, five-bladed beta-propellor domain superfamily / Galactose-binding-like domain superfamily / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Carbohydrate binding family 6
類似検索 - 構成要素
生物種CLOSTRIDIUM THERMOCELLUM (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Goyal, A. / Ahmed, S. / Sharma, K. / Fontes, C.M.G.A. / Najmudin, S.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2016
タイトル: Molecular determinants of substrate specificity revealed by the structure of Clostridium thermocellum arabinofuranosidase 43A from glycosyl hydrolase family 43 subfamily 16.
著者: Goyal, A. / Ahmed, S. / Sharma, K. / Gupta, V. / Bule, P. / Alves, V.D. / Fontes, C.M. / Najmudin, S.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2014
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Crystallographic Analysis of a Novel Alpha-L-Arabinofuranosidase (Ctgh43) from Clostridium Thermocellum Atcc 27405.
著者: Goyal, A. / Ahmed, S. / Fontes, C.M.G.A. / Najmudin, S.
履歴
登録2015年7月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月7日Group: Database references
改定 1.22017年3月1日Group: Database references
改定 1.32019年9月18日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / reflns / reflns_shell
Item: _exptl_crystal_grow.method / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs ..._exptl_crystal_grow.method / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns.pdbx_Rpim_I_all / _reflns_shell.number_unique_obs / _reflns_shell.pdbx_Rpim_I_all
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CARBOHYDRATE BINDING FAMILY 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,41912
ポリマ－36,4521
非ポリマー96711
水4,179232
1
A: CARBOHYDRATE BINDING FAMILY 6
ヘテロ分子
x 24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)898,060288
ポリマ－874,85824
非ポリマー23,203264
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_775-z+2,-x+2,y1
crystal symmetry operation18_855-x+3,z,y1
crystal symmetry operation12_764-y+2,-z+1,x-11
crystal symmetry operation9_654y+1,z,x-11
crystal symmetry operation3_856-x+3,y,-z+11
crystal symmetry operation20_565x,-z+1,y1
crystal symmetry operation10_757-y+2,z,-x+21
crystal symmetry operation15_675y+1,-x+2,z1
crystal symmetry operation2_865-x+3,-y+1,z1
crystal symmetry operation14_776-y+2,-x+2,-z+11
crystal symmetry operation8_746-z+2,x-1,-y+11
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
crystal symmetry operation22_664z+1,-y+1,x-11
crystal symmetry operation19_866-x+3,-z+1,-y+11
crystal symmetry operation24_767-z+2,-y+1,-x+21
crystal symmetry operation13_646y+1,x-1,-z+11
crystal symmetry operation23_754-z+2,y,x-11
crystal symmetry operation17_556x,z,-y+11
crystal symmetry operation11_667y+1,-z+1,-x+21
crystal symmetry operation6_676z+1,-x+2,-y+11
crystal symmetry operation16_745-y+2,x-1,z1
crystal symmetry operation5_645z+1,x-1,y1
crystal symmetry operation21_657z+1,y,-x+21
Buried area104010 Å2
ΔGint-1563 kcal/mol
Surface area246440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)139.990, 139.990, 139.990
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number207
Space group name H-MP432
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2208-

HOH

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要素

#1: タンパク質 CARBOHYDRATE BINDING FAMILY 6 / ALPHA-L-ARABINOFURANOSIDASE


分子量: 36452.402 Da / 分子数: 1 / 断片: FAMILY 43 GLYCOSIDE HYDROLASE, RESIDUES 30-330 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CLOSTRIDIUM THERMOCELLUM (バクテリア)
プラスミド: PET-28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS
参照: UniProt: A3DEX4, non-reducing end alpha-L-arabinofuranosidase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細SULFATE ION (SO4): FROM THE CRYSTALLISATION BUFFER. GLYCEROL (GOL): FROM THE CRYOPROTECTANT ACETATE ...SULFATE ION (SO4): FROM THE CRYSTALLISATION BUFFER. GLYCEROL (GOL): FROM THE CRYOPROTECTANT ACETATE ION (ACT): FROM THE CRYSTALLISATION BUFFER.
配列の詳細THE N-TERMINAL CONTAINS THE HIS6 TAG.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 120 MG ML-1 PROTEIN IN: 0.1 M SODIUM ACETATE PH 4.5, 2.0 M AMMONIUM SULPHATE CRYOPROTECTANT 30% GLYCEROL ADDED TO ABOVE BUFFER.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年9月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→57.15 Å / Num. obs: 56751 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 20.7 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rpim(I) all: 0.02 / Net I/σ(I): 20
反射 シェル解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 11.7 % / Rmerge(I) obs: 1.15 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 5554 / Rpim(I) all: 0.36 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0123精密化
XDSデータ削減
xia2データスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3C7E

3c7e


解像度: 1.65→139.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 2.998 / SU ML: 0.049 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.072 / ESU R Free: 0.073 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED. FOR 7 SEGMENTS DUE TO THE HIGHLY FLEXIBLE LOOPS BETWEEN RESIDUES 62 AND 72, 261 AND 268 AND 294 AND 303 DISORDERED ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED. FOR 7 SEGMENTS DUE TO THE HIGHLY FLEXIBLE LOOPS BETWEEN RESIDUES 62 AND 72, 261 AND 268 AND 294 AND 303 DISORDERED REGIONS IN THE LOOPS 62 TO 72, 261 TO 268 AND 294 TO 303 WERE MODELED STEREOCHEMICALLY IN THE SPURRIOUS ELECTRON DENSITY USING AUTOBUILD IN PHENIX WITH SIMULATED ANNEALING ON.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19327 2874 5.1 %RANDOM
Rwork0.1693 ---
obs0.17053 53797 99.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.453 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→139.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2389 0 57 232 2678
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.022603
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.022310
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7841.9353559
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1135326
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.7915322
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.82824.341129
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.29615379
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.8231510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1220.2364
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0213011
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02649
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.0792.4371235
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.0582.4271232
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.8513.6461547
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.1252.731362
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 201 -
Rwork0.263 3894 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 159.4072 Å / Origin y: 86.9802 Å / Origin z: 46.961 Å
111213212223313233
T0.0227 Å2-0.0204 Å20.0098 Å2-0.0251 Å2-0.0067 Å2--0.0324 Å2
L1.2324 °2-0.209 °20.099 °2-0.7921 °20.0201 °2--1.0611 °2
S-0.0177 Å °0.0092 Å °-0.0681 Å °0.0069 Å °-0.0151 Å °0.0523 Å °0.0214 Å °-0.0974 Å °0.0329 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A29 - 61
2X-RAY DIFFRACTION1A62 - 72
3X-RAY DIFFRACTION1A73 - 260
4X-RAY DIFFRACTION1A261 - 268
5X-RAY DIFFRACTION1A269 - 293
6X-RAY DIFFRACTION1A294 - 303
7X-RAY DIFFRACTION1A304 - 330

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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