PDB-5a87: Crystal structure of the metallo-beta-lactamase VIM-5

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5a87

タイトル

Crystal structure of the metallo-beta-lactamase VIM-5

要素

METALLO-BETA-LACTAMASE VIM-5

キーワード

HYDROLASE / METALLO-BETA-LACTAMASE / ANTIBIOTIC RESITANCE

機能・相同性

機能・相同性情報

antibiotic catabolic process / beta-lactamase / hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

KLEBSIELLA PNEUMONIAE (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Brem, J. / Duzgun, A.O. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J.

引用

ジャーナル: Antimicrob. Agents Chemother. / 年: 2015
タイトル: Comparison of Verona Integron-Borne Metallo-beta-Lactamase (VIM) Variants Reveals Differences in Stability and Inhibition Profiles.
著者: Makena, A. / Duzgun, A.O. / Brem, J. / McDonough, M.A. / Rydzik, A.M. / Abboud, M.I. / Saral, A. / Cicek, A.C. / Sandalli, C. / Schofield, C.J.

履歴

登録	2015年7月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年12月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年3月22日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5a87.cif.gz	193.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5a87.ent.gz	154.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5a87.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5a87_validation.pdf.gz	446.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5a87_full_validation.pdf.gz	447.6 KB	表示
XML形式データ	5a87_validation.xml.gz	22.8 KB	表示
CIF形式データ	5a87_validation.cif.gz	33.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a8/5a87 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a8/5a87	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2wrsS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6tmc-d 6j8r-d 5nhz-1 4pvt-1 5n5g-d 5xcj-1 4uwr-d 4d1u-d 5k48-1 4ixl-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (3) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2)

登録構造単位

A: METALLO-BETA-LACTAMASE VIM-5

B: METALLO-BETA-LACTAMASE VIM-5

ヘテロ分子

52.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: METALLO-BETA-LACTAMASE VIM-5

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: METALLO-BETA-LACTAMASE VIM-5

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.270, 78.960, 64.030
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.82, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.9998, -0.0162, -0.01), (-0.0162, -0.9999, -0.0002), (-0.01, 0.0004, -1)
ベクター: 0.4279, -24.6432, 30.0623)

#1: タンパク質	METALLO-BETA-LACTAMASE VIM-5 / VIM-5 / BETA-LACTAMASE VIM-5 分子量: 26111.984 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 21-266 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) KLEBSIELLA PNEUMONIAE (肺炎桿菌) / プラスミド: PET28-BLAVIM-5 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q4ZE97, UniProt: Q8GKX2*PLUS, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 408 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.7 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M TRIS (PH 8.5), 25% PEG 3350, 0.2 M NACL

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.91741
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月21日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91741 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→39.9 Å / Num. obs: 61767 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): 9.7 / 冗長度: 7.1 % / B_iso Wilson estimate: 14.86 Å² / R_merge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 9.7
反射シェル	解像度: 1.5→1.54 Å / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 1.5 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 96.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PBP ENTRY 2WRS

2wrs

解像度: 1.5→39.9 Å / SU ML: 0.15 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.71 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1915	2019	3.3 %
R_work	0.154	-	-
obs	0.1552	61764	97.28 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→39.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3424	0	29	408	3861

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	3565
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.166	4894
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.776	1242
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	569
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	645

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.5375	0.2949	134	0.2655	4249	X-RAY DIFFRACTION	97
1.5375-1.5791	0.2773	144	0.2485	4211	X-RAY DIFFRACTION	97
1.5791-1.6256	0.2532	161	0.2387	4232	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6256-1.678	0.2676	126	0.2307	4296	X-RAY DIFFRACTION	97
1.678-1.738	0.2237	146	0.2063	4256	X-RAY DIFFRACTION	98
1.738-1.8076	0.2221	142	0.1791	4290	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8076-1.8899	0.191	146	0.1539	4281	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8899-1.9895	0.1609	152	0.1512	4273	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9895-2.1141	0.1861	132	0.14	3960	X-RAY DIFFRACTION	91
2.1141-2.2774	0.1749	152	0.1381	4361	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2774-2.5065	0.1656	144	0.1335	4340	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5065-2.8691	0.1882	145	0.1387	4381	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8691-3.6144	0.1761	144	0.129	4331	X-RAY DIFFRACTION	98
3.6144-39.9112	0.183	151	0.1426	4284	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0802	0.3078	-0.0311	3.1477	0.8705	4.5706	0.0372	0.0375	-0.0785	-0.005	-0.0053	0.0479	0.0657	-0.1726	0.0021	0.0588	-0.0017	-0.0021	0.0893	0.0059	0.0816	1.2895	-4.9933	28.7459
2	2.1267	-0.684	0.045	0.9097	0.0604	0.7479	0.0006	0.0072	0.1669	-0.0167	-0.0238	-0.0499	-0.0495	0.0214	0.0367	0.1152	-0.0201	-0.0014	0.0964	-0.0055	0.1053	11.1758	4.7043	30.5512
3	3.6631	0.1849	-1.5012	2.6254	-0.247	2.0691	-0.0234	0.0784	-0.1607	-0.0599	0.0506	-0.0095	0.0611	0.0024	-0.0193	0.0988	0.0038	-0.025	0.1022	0.02	0.1133	14.5069	-9.1421	30.7753
4	4.588	-0.0055	-0.2972	1.5098	-0.7608	4.3313	0.0168	-0.3771	-0.2235	0.1414	-0.0167	-0.0534	0.0254	0.181	-0.0051	0.117	0.0007	-0.0187	0.035	0.0015	0.1045	18.0267	-11.5641	35.3285
5	8.4462	-1.962	-4.1979	7.8937	1.768	2.4387	-0.0214	0.1982	-0.2442	-0.2797	0.009	-0.4044	0.1205	0.1089	0.0364	0.1254	0.0017	-0.022	0.119	-0.012	0.1628	20.8994	-17.9657	28.4049
6	2.3375	-0.1626	-0.0657	3.3577	1.3896	4.3395	0.0191	0.0989	0.0746	-0.0396	-0.0354	0.0854	-0.1584	-0.2884	0.0317	0.0788	-0.0059	0.0006	0.16	-0.0179	0.0988	0.8498	-18.9562	0.9655
7	6.5928	0.3185	0.6441	1.1233	0.6804	2.1817	0.0166	-0.0236	-0.0787	0.0536	-0.1043	0.1102	0.0715	-0.2269	0.1133	0.1409	-0.0217	0.004	0.1019	-0.013	0.1043	2.0742	-27.9272	0.9516
8	3.3855	1.1861	0.0483	2.4877	0.4665	1.7725	0.0484	-0.0052	-0.2635	0.1517	-0.0431	-0.0924	0.2554	0.0662	0.0042	0.138	0.0252	-0.0051	0.12	-0.0164	0.1181	15.1399	-30.6373	-1.5456
9	4.4658	-0.5018	0.9054	3.4708	0.8559	1.5642	-0.0332	-0.0868	0.1567	0.1169	0.0391	-0.0194	-0.1095	0.0318	-0.0058	0.1065	0.0001	0.0302	0.1194	0.0255	0.0929	13.85	-15.6578	-0.8955
10	4.9551	-0.8111	0.4059	1.9412	-0.5	4.4886	0.0325	0.2751	0.3734	-0.2253	-0.0163	-0.1632	-0.1544	0.1652	0.0002	0.1442	-0.0167	0.0143	0.059	0.0071	0.1152	17.1548	-13.1489	-5.2842
11	9.6063	1.5334	6.2073	6.0144	1.3934	4.4318	-0.1645	0.1111	0.4126	-0.0413	0.0563	-0.6358	-0.4056	0.4302	0.1434	0.1678	-0.0322	0.0302	0.1668	-0.0171	0.2138	20.2132	-6.8836	1.3274

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 32 THROUGH 88 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 89 THROUGH 183 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 184 THROUGH 215 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 216 THROUGH 245 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'A' AND (RESID 246 THROUGH 261 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'B' AND (RESID 28 THROUGH 88 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'B' AND (RESID 89 THROUGH 122 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'B' AND (RESID 123 THROUGH 183 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'B' AND (RESID 184 THROUGH 215 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'B' AND (RESID 216 THROUGH 245 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN 'B' AND (RESID 246 THROUGH 261 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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