+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5a87 | ||||||
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Title | Crystal structure of the metallo-beta-lactamase VIM-5 | ||||||
Components | METALLO-BETA-LACTAMASE VIM-5 | ||||||
Keywords | HYDROLASE / METALLO-BETA-LACTAMASE / ANTIBIOTIC RESITANCE | ||||||
Function / homology | Function and homology information antibiotic catabolic process / beta-lactamase / hydrolase activity / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | KLEBSIELLA PNEUMONIAE (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.5 Å | ||||||
Authors | Brem, J. / Duzgun, A.O. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J. | ||||||
Citation | Journal: Antimicrob. Agents Chemother. / Year: 2015 Title: Comparison of Verona Integron-Borne Metallo-beta-Lactamase (VIM) Variants Reveals Differences in Stability and Inhibition Profiles. Authors: Makena, A. / Duzgun, A.O. / Brem, J. / McDonough, M.A. / Rydzik, A.M. / Abboud, M.I. / Saral, A. / Cicek, A.C. / Sandalli, C. / Schofield, C.J. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5a87.cif.gz | 193.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5a87.ent.gz | 154.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5a87.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5a87_validation.pdf.gz | 446.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5a87_full_validation.pdf.gz | 447.6 KB | Display | |
Data in XML | 5a87_validation.xml.gz | 22.8 KB | Display | |
Data in CIF | 5a87_validation.cif.gz | 33.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a8/5a87 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a8/5a87 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 2wrsS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.9998, -0.0162, -0.01), Vector: |
-Components
#1: Protein | Mass: 26111.984 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP RESIDUES 21-266 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) KLEBSIELLA PNEUMONIAE (bacteria) / Plasmid: PET28-BLAVIM-5 / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: Q4ZE97, UniProt: Q8GKX2*PLUS, beta-lactamase #2: Chemical | ChemComp-GOL / #3: Chemical | ChemComp-ZN / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.15 Å3/Da / Density % sol: 42.7 % / Description: NONE |
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Crystal grow | pH: 7.5 / Details: 0.1 M TRIS (PH 8.5), 25% PEG 3350, 0.2 M NACL |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I04 / Wavelength: 0.91741 |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 21, 2015 / Details: MIRRORS |
Radiation | Monochromator: DOUBLE CRYSTAL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.91741 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.5→39.9 Å / Num. obs: 61767 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): 9.7 / Redundancy: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 14.86 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 9.7 |
Reflection shell | Resolution: 1.5→1.54 Å / Redundancy: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 1.5 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 96.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PBP ENTRY 2WRS Resolution: 1.5→39.9 Å / SU ML: 0.15 / σ(F): 1.34 / Phase error: 18.71 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.5→39.9 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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