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万見
- PDB-5a7g: Comparison of the structure and activity of glycosylated and agly... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5a7g
タイトルComparison of the structure and activity of glycosylated and aglycosylated Human Carboxylesterase 1
要素LIVER CARBOXYLESTERASE 1
キーワードHYDROLASE / ESTERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


cholesterol ester hydrolysis involved in cholesterol transport / methylumbelliferyl-acetate deacetylase / methylumbelliferyl-acetate deacetylase activity / regulation of bile acid secretion / sterol esterase / sterol ester esterase activity / medium-chain fatty acid metabolic process / carboxylesterase / Physiological factors / carboxylesterase activity ...cholesterol ester hydrolysis involved in cholesterol transport / methylumbelliferyl-acetate deacetylase / methylumbelliferyl-acetate deacetylase activity / regulation of bile acid secretion / sterol esterase / sterol ester esterase activity / medium-chain fatty acid metabolic process / carboxylesterase / Physiological factors / carboxylesterase activity / regulation of bile acid biosynthetic process / cellular response to cholesterol / positive regulation of cholesterol metabolic process / reverse cholesterol transport / Phase I - Functionalization of compounds / carboxylic ester hydrolase activity / cholesterol biosynthetic process / negative regulation of cholesterol storage / Aspirin ADME / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / positive regulation of cholesterol efflux / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / lipid catabolic process / lipid droplet / epithelial cell differentiation / cholesterol metabolic process / cholesterol homeostasis / response to toxic substance / endoplasmic reticulum lumen / endoplasmic reticulum / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Carboxylesterase type B, active site / Carboxylesterases type-B serine active site. / Carboxylesterase type B, conserved site / Carboxylesterases type-B signature 2. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold ...: / Carboxylesterase type B, active site / Carboxylesterases type-B serine active site. / Carboxylesterase type B, conserved site / Carboxylesterases type-B signature 2. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Liver carboxylesterase 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.48 Å
データ登録者Arena de Souza, V. / Scott, D.J. / Charlton, M. / Walsh, M.A. / Owen, R.J.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2015
タイトル: Comparison of the Structure and Activity of Glycosylated and Aglycosylated Human Carboxylesterase 1.
著者: Arena De Souza, V. / Scott, D.J. / Nettleship, J.E. / Rahman, N. / Charlton, M.H. / Walsh, M.A. / Owens, R.J.
履歴
登録2015年7月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月15日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LIVER CARBOXYLESTERASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,8772
ポリマ－58,6561
非ポリマー2211
水12,520695
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.390, 115.390, 128.140
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2695-

HOH

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要素

#1: タンパク質 LIVER CARBOXYLESTERASE 1 / ACYL-COENZYME A- CHOLESTEROL ACYLTRANSFERASE / ACAT / BRAIN CARBOXYLESTERASE HBR1 / ...ACYL-COENZYME A- CHOLESTEROL ACYLTRANSFERASE / ACAT / BRAIN CARBOXYLESTERASE HBR1 / CARBOXYLESTERASE 1 / CE-1 / HCE-1 / COCAINE CARBOXYLESTERASE / EGASYN / HMSE / METHYLUMBELLIFERYL-ACETATE DEACETYLASE 1 / MONOCYTE/MACROPHAGE SERINE ESTERASE / RETINYL ESTER HYDROLASE / REH / SERINE ESTERASE 1 / TRIACYLGLYCEROL HYDROLASE / TGH / CARBOXYLESTERASE 1


分子量: 58656.227 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 21-552 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株: HEK 323 / 器官: LIVER / プラスミド: POPINTTG / 細胞株 (発現宿主): HEK 323 / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト)
参照: UniProt: P23141, carboxylesterase, methylumbelliferyl-acetate deacetylase
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 695 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細SITE MUTATION S221A DISORDERED RESIDUES 315-317

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.8 % / 解説: NONE
結晶化温度: 277 K / pH: 8.5
詳細: CRYSTALS WERE GROWN AT 4C IN 0.1 M BICINE/TRIZMA BASE, PH 8.5, CONTAINING 0.03 M EACH OF DIETHYLENE GLYCOL, TRIETHYLENE GLYCOL, TETRAETHYLENE GLYCOL, PENTAETHYLENE GLYCOL, 10 % (W/V) PEG 4000, 20 % (V/V) GLYCEROL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月18日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.48→53.94 Å / Num. obs: 104388 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 1.48→1.52 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 91.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 5A7F

5a7f


解像度: 1.48→46.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.984 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.974 / SU B: 3.316 / SU ML: 0.052 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.062 / ESU R Free: 0.061 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17277 4985 5.1 %RANDOM
Rwork0.12916 ---
obs0.13137 93337 92.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.014 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.16 Å20.16 Å20 Å2
2--0.16 Å20 Å2
3----0.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.48→46.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4107 0 14 695 4816
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0194242
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024083
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.511.9745764
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9243.0019430
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.5685531
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.30124.74173
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.85315717
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.8971515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2641
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0214749
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02924
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.3672.6692118
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.3652.6672117
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.1134.0232645
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.1134.0242646
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.2983.0512124
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.2993.0512124
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.9584.4143118
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.4424.4435461
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.63322.7525058
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.58938325
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free65.495186
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded24.36158725
LS精密化 シェル解像度: 1.48→1.518 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.292 286 -
Rwork0.234 5418 -
obs--72.49 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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