PDB-5a7d: Tetrameric assembly of LGN with Inscuteable

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5a7d

タイトル

Tetrameric assembly of LGN with Inscuteable

要素

INSCUTEABLE
PINS

キーワード

CELL CYCLE / LGN / INSCUTEABLE / ASYMMETRIC CELL DIVISION

機能・相同性

機能・相同性情報

raps-insc complex / G alpha (i) signalling events / Malpighian tubule tip cell differentiation / regulation of nervous system development / establishment of spindle orientation / basal protein localization / asymmetric protein localization involved in cell fate determination / somatic muscle development / neuroblast fate determination / regulation of asymmetric cell division ...
類似検索 - 分子機能

生物種

DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.4 Å

データ登録者

Culurgioni, S. / Mari, S. / Bonetto, G. / Gallini, S. / Brennich, M. / Round, A. / Mapelli, M.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The Structure of the Insc:Lgn Tetramer Reveals a New Function of Lgn in Promoting Asymmetric Cell Divisions
著者: Culurgioni, S. / Mari, S. / Bonetto, G. / Gallini, S. / Brennich, M. / Round, A. / Mapelli, M.

履歴

登録	2015年7月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年8月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年5月23日	Group: Data collection / Derived calculations カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5a7d.cif.gz	942.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5a7d.ent.gz	782.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5a7d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a7/5a7d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a7/5a7d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4a1sS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4j7u-d 7ciz-d 4j7x-d 3aqn-d 5mak-d 3aql-d 5ety-d 1ozg-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (5) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (4) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (2)

登録構造単位

B: PINS

C: PINS

D: PINS

E: PINS

F: PINS

G: PINS

H: PINS

I: PINS

L: INSCUTEABLE

M: INSCUTEABLE

N: INSCUTEABLE

O: INSCUTEABLE

P: INSCUTEABLE

Q: INSCUTEABLE

R: INSCUTEABLE

S: INSCUTEABLE

643 kDa, 16 ポリマー
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1

B: PINS

H: PINS

L: INSCUTEABLE

R: INSCUTEABLE

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
161 kDa, 4 ポリマー
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2

E: PINS

G: PINS

O: INSCUTEABLE

Q: INSCUTEABLE

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
161 kDa, 4 ポリマー
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3

C: PINS

F: PINS

M: INSCUTEABLE

P: INSCUTEABLE

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
161 kDa, 4 ポリマー
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4

D: PINS

I: PINS

N: INSCUTEABLE

S: INSCUTEABLE

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
161 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	128.190, 212.580, 280.730
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	PINS 分子量: 42217.906 Da / 分子数: 8 / 断片: TPR DOMAIN, RESIDUES 25-406 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ) プラスミド: PGEX-6PI / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: Q9VB22
#2: タンパク質	INSCUTEABLE 分子量: 38182.758 Da / 分子数: 8 / 断片: ASYMMETRIC DOMAIN, RESIDUES 283-623 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ) プラスミド: PGEX-6PI / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: Q24367
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.3 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.8 詳細: 13% PEG 3350, 0.1 M TRIS PH 7.8, 0.2 M K-THYOCIANATE, 2.5% 1-PROPANOL, 2.5% TACSIMATE PH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 287 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 1.00767
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00767 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.4→75.6 Å / Num. obs: 105973 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 14.9 % / B_iso Wilson estimate: 84.49 Å² / R_merge(I) obs: 0.23 / Net I/σ(I): 12.7
反射シェル	解像度: 3.4→3.52 Å / 冗長度: 14.1 % / R_merge(I) obs: 1.42 / Mean I/σ(I) obs: 2.15 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4A1S

4a1s

解像度: 3.4→75.581 Å / SU ML: 0.42 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.6 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2497	5218	4.9 %
R_work	0.2088	-	-
obs	0.2108	105843	99.83 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.4→75.581 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	38976	0	0	4	38980

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	39540
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.533	53392
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.038	14410
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.021	6044
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	7037

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.4-3.4386	0.3622	158	0.3038	3319	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4386-3.4791	0.3258	166	0.294	3330	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4791-3.5215	0.3534	184	0.2841	3295	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5215-3.5661	0.3254	181	0.2782	3319	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5661-3.613	0.3352	181	0.2628	3291	X-RAY DIFFRACTION	100
3.613-3.6625	0.3271	156	0.2624	3380	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6625-3.7148	0.2747	171	0.2545	3265	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7148-3.7703	0.3081	194	0.2421	3343	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7703-3.8292	0.2648	176	0.2376	3311	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8292-3.892	0.2918	154	0.2315	3368	X-RAY DIFFRACTION	100
3.892-3.9591	0.2514	176	0.2219	3300	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9591-4.0311	0.244	160	0.2125	3346	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0311-4.1086	0.2381	172	0.2067	3336	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1086-4.1925	0.2701	172	0.2059	3311	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1925-4.2836	0.2713	165	0.2096	3359	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2836-4.3832	0.2349	180	0.1987	3316	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3832-4.4929	0.2374	173	0.1876	3330	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4929-4.6143	0.2133	157	0.1892	3374	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6143-4.7501	0.2037	192	0.1849	3358	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7501-4.9034	0.275	159	0.1891	3336	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9034-5.0786	0.2377	175	0.1958	3342	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0786-5.2819	0.2388	172	0.2117	3393	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2819-5.5222	0.2963	181	0.2255	3342	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5222-5.8132	0.2623	162	0.2351	3388	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8132-6.1773	0.2476	189	0.2243	3367	X-RAY DIFFRACTION	100
6.1773-6.654	0.2547	191	0.2041	3379	X-RAY DIFFRACTION	100
6.654-7.3231	0.2395	175	0.1923	3405	X-RAY DIFFRACTION	100
7.3231-8.3816	0.2046	180	0.173	3421	X-RAY DIFFRACTION	100
8.3816-10.5553	0.1535	176	0.1307	3459	X-RAY DIFFRACTION	100
10.5553-75.5999	0.253	190	0.215	3542	X-RAY DIFFRACTION	98

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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