PDB-4a1s: Crystallographic structure of the Pins:Insc complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4a1s

タイトル

Crystallographic structure of the Pins:Insc complex

要素

PARTNER OF INSCUTEABLE
RE60102P

キーワード

CELL CYCLE / LGN / MITOTIC SPINDLE ORIENTATION / ASYMMETRIC CELL DIVISIONS

機能・相同性

機能・相同性情報

raps-insc complex / G alpha (i) signalling events / Malpighian tubule tip cell differentiation / regulation of nervous system development / establishment of spindle orientation / basal protein localization / asymmetric protein localization involved in cell fate determination / somatic muscle development / neuroblast fate determination / regulation of asymmetric cell division ...
類似検索 - 分子機能

生物種

DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Culurgioni, S. / Alfieri, A. / Pendolino, V. / Laddomada, F. / Mapelli, M.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Inscuteable and Numa Proteins Bind Competitively to Leu-Gly- Asn Repeat-Enriched Protein (Lgn) During Asymmetric Cell Divisions.
著者: Culurgioni, S. / Alfieri, A. / Pendolino, V. / Laddomada, F. / Mapelli, M.

履歴

登録	2011年9月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年3月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年11月7日	Group: Database references
改定 1.2	2019年10月16日	Group: Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_status ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_status / reflns / reflns_shell Item: _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp ..._exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.status_code_sf / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns_shell.Rmerge_I_obs
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4a1s.cif.gz	307.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4a1s.ent.gz	253.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4a1s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a1/4a1s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a1/4a1s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6vi1-6 4wne-d 4g2v-d 5iq9-2 4xgz-2 2j4w-d 5nyg-4 4fq2-d 6xmi-1 6o3j-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (5) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (4) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (2)

登録構造単位

A: PARTNER OF INSCUTEABLE

B: PARTNER OF INSCUTEABLE

C: RE60102P

E: RE60102P

96.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: PARTNER OF INSCUTEABLE

E: RE60102P

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: PARTNER OF INSCUTEABLE

C: RE60102P

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	160.200, 64.232, 107.599
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 117.90, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
1	2
2	2

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	CHAIN A AND (RESSEQ 39:368 OR RESSEQ 375:386 )
2	1	1	CHAIN B AND (RESSEQ 39:368 OR RESSEQ 375:386 )
1	1	2	CHAIN C AND (RESSEQ 7:34 )
2	1	2	CHAIN E AND (RESSEQ 7:34 )

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	PARTNER OF INSCUTEABLE / PINS 分子量: 43777.938 Da / 分子数: 2 / 断片: TPR-REGION, RESIDUES 1-406 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: RESIDUES 369-386 ARE BUILT AS POLYALANINE 由来: (組換発現) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: Q9NH88, UniProt: Q9VB22*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド	RE60102P / INSC 分子量: 4662.351 Da / 分子数: 2 / 断片: PINS-BINDING PEPTIDE, RESIDUES 301-340 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: Q5BIH3, UniProt: Q9W2R4*PLUS
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 485 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	RESIDUE 369-386 ARE BUILT AS POLYALANINE. THE SEQUENCE OF THIS REGION IS ...RESIDUE 369-386 ARE BUILT AS POLYALANINE. THE SEQUENCE OF THIS REGION IS KELHDPVGESTARVNISDLRKLLGMPDSEPSPTEEEAR

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49 % / 解説: NONE
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M MAGNESIUM CLORIDE, 15% PEG 4000, 0.1 M TRIS-HCL PH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 287 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.979
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→25 Å / Num. obs: 56295 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.2 % / B_iso Wilson estimate: 35.31 Å² / R_merge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 12.5
反射シェル	解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.224 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 96.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHELX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.1→23.132 Å / SU ML: 0.81 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.35 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2559	2270	4.2 %
R_work	0.2081	-	-
obs	0.2101	54632	96.47 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 59.536 Å² / k_sol: 0.4 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.9158 Å²	0 Å²	4.9348 Å²
2-	-	-2.2706 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.3548 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→23.132 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5755	0	0	485	6240

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.019	5854
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.589	7877
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.01	2126
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.113	826
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1056

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	2636	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	2636	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.207
2	1	C	224	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
2	2	E	224	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.096

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.1456	0.3925	141	0.3205	2999	X-RAY DIFFRACTION	89
2.1456-2.1955	0.3059	142	0.2912	3147	X-RAY DIFFRACTION	94
2.1955-2.2504	0.3584	137	0.2768	3157	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2504-2.3112	0.3055	125	0.2446	3293	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3112-2.3791	0.2596	145	0.2161	3266	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3791-2.4558	0.2415	142	0.2106	3264	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4558-2.5435	0.2838	127	0.2094	3270	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5435-2.6452	0.2839	127	0.2039	3286	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6452-2.7654	0.2717	119	0.2122	3358	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7654-2.9109	0.289	145	0.2012	3321	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9109-3.0929	0.2271	158	0.1931	3325	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0929-3.3311	0.2214	141	0.2075	3343	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3311-3.6651	0.2353	145	0.1975	3392	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6651-4.1927	0.2439	175	0.1854	3366	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1927-5.272	0.2218	154	0.1879	3307	X-RAY DIFFRACTION	97
5.272-23.1336	0.277	147	0.2182	3268	X-RAY DIFFRACTION	93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.5765	-0.9104	-2.248	0.1376	0.2887	2.0914	-0.0437	-0.091	-0.0103	-0.0323	-0.0995	-0.0254	0.0996	0.2266	0.1372	0.3372	0.0169	0.041	0.1787	0.0292	0.2081	58.928	82.7171	-14.7606
2	3.1127	1.9383	-1.1152	4.3891	-2.2601	2.8021	-0.3469	0.2334	-0.0503	-0.2683	0.1992	-0.0035	0.2128	-0.1171	0.1519	0.1862	0.0281	0.0297	0.2546	-0.0191	0.19	74.4513	88.5456	-38.2486
3	3.6108	1.018	-1.0501	3.4106	0.4511	4.0607	0.1489	0.0283	1.5433	0.2479	0.2822	0.1273	-0.7331	-0.1648	-0.3935	0.4456	0.1094	-0.0626	0.3326	0.0511	1.0236	76.8756	116.7091	-40.3059
4	4.9255	-3.053	1.5551	3.2199	-1.309	1.8334	0.0637	0.283	0.0383	-0.2776	-0.156	0.1451	0.1599	0.1232	0.0875	0.2006	-0.0042	-0.0094	0.28	-0.0005	0.1556	28.317	58.6781	-35.3845
5	1.8921	0.9567	-0.3011	5.1685	-2.2727	2.7911	0.1627	-0.0491	0.0953	0.4572	-0.3481	-0.1851	-0.2172	0.2252	0.1837	0.2276	0.0063	-0.0438	0.245	0.0114	0.1618	38.2381	46.5827	-13.5146
6	2.6922	1.4238	1.3999	6.5401	1.0835	2.552	-0.0131	0.1543	-0.6651	0.2217	-0.1734	1.2081	0.3922	-0.6755	0.1598	0.3724	-0.1518	0.1218	0.4765	-0.1834	0.5814	21.269	24.5248	-6.6267
7	6.9261	2.9928	-3.3116	2.0053	-8.7818	2.007	0.3678	-0.433	0.6689	0.6066	-0.0968	0.1918	-0.3978	-0.0579	-0.2881	0.3535	0.0723	-0.0199	0.2925	-0.0718	0.2952	83.6229	103.5636	-33.7548
8	2.0001	2.0002	-3.51	2.0001	-3.51	5.7263	0.2855	0.1369	0.5778	-0.0892	0.1163	0.1178	-0.68	-0.0277	-0.397	0.4318	-0.0834	0.116	0.28	-0.0601	0.2899	70.5931	90.7616	-32.2897
9	3.4693	3.4276	-2.4957	8.0357	-8.9178	2.0001	0.0619	0.8664	-0.1726	-0.5581	-0.0008	-0.0433	-0.0265	-0.3954	-0.0624	0.5404	0.1838	0.2014	0.6096	0.1211	0.5056	60.9136	84.1916	-25.8006
10	2.001	8.3085	-8.7283	7.4635	-6.8007	6.3011	-0.4707	2.3882	-1.1532	-0.5785	0.3207	-0.1567	0.4894	-0.509	0.129	0.514	0.0166	0.1166	0.4419	-0.0846	0.3483	49.872	77.8155	-18.4313
11	0.7747	-1.6308	1.3643	3.8034	-3.5341	3.3368	-0.1396	0.2209	0.097	0.2819	0.2109	0.0936	-0.0355	-0.2871	-0.0808	0.2012	0.0019	-0.0016	0.374	-0.0013	0.2258	30.5869	42.6219	-20.2392

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 44:186)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 187:315)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESSEQ 316:391)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN B AND (RESSEQ 44:186)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN B AND (RESSEQ 187:295)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN B AND (RESSEQ 296:391)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN C AND (RESSEQ 6:19)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN C AND (RESSEQ 20:24)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN C AND (RESSEQ 25:29)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN C AND (RESSEQ 30:35)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN E

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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