[日本語] English
万見
- PDB-5a6p: Heavy metal associated domain of NLR-type immune receptor Pikp1 f... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5a6p
タイトルHeavy metal associated domain of NLR-type immune receptor Pikp1 from rice (Oryza sativa)
要素RESISTANCE PROTEIN PIKP-1
キーワードIMMUNE SYSTEM / HEAVY METAL ASSOCIATED DOMAIN / NLR IMMUNE RECEPTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response to other organism / ADP binding / ATP hydrolysis activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Rx, N-terminal / Rx N-terminal domain / Disease resistance protein, plants / NB-ARC / NB-ARC domain / Heavy-metal-associated domain profile. / Heavy metal-associated domain, HMA / Alpha-Beta Plaits - #100 / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily ...Rx, N-terminal / Rx N-terminal domain / Disease resistance protein, plants / NB-ARC / NB-ARC domain / Heavy-metal-associated domain profile. / Heavy metal-associated domain, HMA / Alpha-Beta Plaits - #100 / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Resistance protein Pikp-1
類似検索 - 構成要素
生物種ORYZA SATIVA (イネ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Maqbool, A. / Saitoh, H. / Franceschetti, M. / Stevenson, C.E. / Uemura, A. / Kanzaki, H. / Kamoun, S. / Terauchi, R. / Banfield, M.J.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2015
タイトル: Structural basis of pathogen recognition by an integrated HMA domain in a plant NLR immune receptor.
著者: Maqbool, A. / Saitoh, H. / Franceschetti, M. / Stevenson, C.E. / Uemura, A. / Kanzaki, H. / Kamoun, S. / Terauchi, R. / Banfield, M.J.
履歴
登録2015年6月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月9日Group: Database references
改定 1.22017年3月22日Group: Database references
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: RESISTANCE PROTEIN PIKP-1
B: RESISTANCE PROTEIN PIKP-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6322
ポリマ－15,6322
非ポリマー00
水79344
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area990 Å2
ΔGint-3.3 kcal/mol
Surface area7820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.650, 54.650, 235.220
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

-
要素

#1: タンパク質 RESISTANCE PROTEIN PIKP-1 / NLR IMMUNE RECEPTOR


分子量: 7816.232 Da / 分子数: 2 / 断片: HEAVY METAL ASSOCIATED DOMAIN, UNP RESIDUES 186-258 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ORYZA SATIVA (イネ) / 株: K60 / プラスミド: POPINS3C / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: E9KPB5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 % / 解説: NONE
結晶化詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLLIZED WITH 0.1M MIB BUFFER, PH 5.0 AND 25% PEG 1500

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 1.2
検出器タイプ: DECTRIS PIXEL / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→47.33 Å / Num. obs: 12356 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 45 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 32.3
反射 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 46.8 % / Rmerge(I) obs: 1.17 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
AutoSolwizard in位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.1→47.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 8.299 / SU ML: 0.108 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.161 / ESU R Free: 0.147 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES. ASPARAGINE 200 IS DISORDERED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22904 691 5.3 %RANDOM
Rwork0.20201 ---
obs0.20354 12356 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 54.756 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.28 Å20.14 Å20 Å2
2--0.28 Å20 Å2
3----0.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→47.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1063 0 0 44 1107
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0191064
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021152
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7922.0211422
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.81532653
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0345142
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.08325.33330
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.1415218
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.846156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2179
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021147
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02183
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3042.738580
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.3062.738579
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.4014.064718
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.8393.256484
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.19 44 -
Rwork0.206 861 -
obs--99.89 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.64920.9237-0.72484.57250.31672.7164-0.08540.2262-0.3944-0.1075-0.10520.37190.1499-0.06970.19060.36060.1698-0.00590.1602-0.13580.239521.246924.3992100.7793
22.9264-0.2869-1.0633.27931.23425.06730.0261-0.1278-0.28590.4423-0.03130.29030.39770.16580.00520.34810.07290.02160.0617-0.03350.098618.143637.1636114.7029
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A186 - 258
2X-RAY DIFFRACTION2B184 - 258

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る