PDB-5a68: Crystal structure of the AtTTM3 product complex with two orthopho...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5a68

タイトル

Crystal structure of the AtTTM3 product complex with two orthophosphates and manganese ions (form B)

要素

TRIPHOSPHATE TUNEL METALLOENZYME 3

キーワード

HYDROLASE / INORGANIC POLYPHOSPHATE / TRIPOLYPHOSPHATE / TRIPHOSPHATE TUNNEL METALLOENZYME

機能・相同性

機能・相同性情報

triphosphatase / inorganic triphosphate phosphatase activity / root development / anaphase-promoting complex / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / ATP hydrolysis activity / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.67 Å

データ登録者

Martinez, J. / Truffault, V. / Hothorn, M.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Structural Determinants for Substrate Binding and Catalysis in Triphosphate Tunnel Metalloenzymes.
著者: Martinez, J. / Truffault, V. / Hothorn, M.

履歴

登録	2015年6月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年8月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年8月12日	Group: Database references
改定 1.2	2015年10月7日	Group: Database references
改定 1.3	2017年8月23日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.type
改定 1.4	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_sheet / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5a68.cif.gz	104.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5a68.ent.gz	80.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5a68.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5a68_validation.pdf.gz	434.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5a68_full_validation.pdf.gz	434.4 KB	表示
XML形式データ	5a68_validation.xml.gz	10.7 KB	表示
CIF形式データ	5a68_validation.cif.gz	14.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a6/5a68 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a6/5a68	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5a5yC 5a60C 5a61C 5a64C 5a65C 5a66C 5a67C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2het-4 6fxg-2 6ml9-d 4k8n-3 6mla-d 7jo7-1 4f72-1 3sid-2 5bvi-2 4ocf-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (1)

登録構造単位

A: TRIPHOSPHATE TUNEL METALLOENZYME 3

ヘテロ分子

24.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.331, 33.811, 71.812
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.40, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	TRIPHOSPHATE TUNEL METALLOENZYME 3 / ADENOSINETRIPHOSPHATASE / ATPASE / TRIPHOSPHATASE / PPPASE / INORGANIC TRIPHOSPHATASE 分子量: 24323.764 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ) 株: COL0 / プラスミド: PETM11 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): RIL 参照: UniProt: Q9SIY3, adenosinetriphosphatase, triphosphatase
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.96 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7 / 詳細: 0.1 M BIS TRIS PH 7.0, 20 % PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99998
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99998 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.67→43.2 Å / Num. obs: 23035 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 9.5
反射シェル	解像度: 1.67→1.77 Å / 冗長度: 2.95 % / R_merge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 1.75 / % possible all: 76.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0123	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 1.67→43.2 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 6.345 / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.177 / ESU R Free: 0.111 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22223	1097	4.8 %	RANDOM
R_work	0.17915	-	-	-
obs	0.18117	21931	94.4 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.197 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.93 Å²	0 Å²	0.52 Å²
2-	-	-0.55 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.45 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.67→43.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1650	0	13	136	1799

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	1713
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1633
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.436	1.976	2317
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.871	3	3775
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.284	5	211
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.597	23.765	85
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.733	15	317
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.072	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	256
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1906
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	391
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.86	1.431	820
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.86	1.431	819
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.137	2.142	1024
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.947	1.593	893
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	0.765	3	3346
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	18.861	5	38
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	3.981	5	3413

LS精密化シェル

解像度: 1.671→1.715 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.287	48	-
R_work	0.277	835	-
obs	-	-	49.92 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.962	1.1262	0.4699	9.8454	-0.093	1.5496	0.003	-0.0186	0.0489	-0.0488	-0.1807	0.4548	0.0236	-0.1029	0.1776	0.1015	-0.0034	-0.0103	0.0109	-0.0211	0.0446	-10.677	-2.892	-28.187
2	1.9148	-1.7965	-2.9935	2.2585	2.4473	4.9822	-0.1377	-0.0937	-0.0084	0.1485	0.08	-0.0679	0.285	0.1129	0.0577	0.1409	-0.0212	-0.0238	0.0303	-0.0057	0.0205	-5.107	-5.445	-19.861
3	13.2038	-8.4571	-0.8978	10.792	0.2938	4.4691	-0.1492	0.0587	0.4867	0.162	0.0306	-0.4194	0.1955	0.0517	0.1186	0.1724	-0.0391	-0.0288	0.0127	0.0101	0.0299	-9.311	2.322	-10.045
4	1.6264	-0.8272	2.685	1.599	-1.3815	8.1404	-0.0725	-0.0086	0.1376	0.158	-0.0344	-0.2216	-0.1003	0.0928	0.1069	0.0908	-0.0062	-0.0535	0.0131	0.0007	0.0483	-8.365	7.376	-14.709
5	2.0503	-0.7551	-2.3394	2.5725	2.0711	4.6626	-0.0752	-0.2922	0.0892	0.4986	-0.0527	0.058	0.1226	0.0553	0.128	0.1959	-0.0049	-0.0432	0.0831	-0.0386	0.046	-10.421	5.049	-4.519
6	12.6247	5.8513	-8.7565	6.7317	-4.6098	10.1716	-0.0431	0.0911	-0.2173	0.1871	-0.0686	0.009	0.0908	-0.2817	0.1117	0.1454	0.0078	-0.0266	0.02	-0.0079	0.0148	-8.287	-5.36	-25.343
7	2.5021	1.1409	1.6727	9.8563	6.5002	7.6668	-0.0129	0.2644	0.2101	-0.65	0.0043	-0.0189	-0.407	-0.0152	0.0086	0.1283	0.0082	-0.0037	0.0566	0.0362	0.0264	-6.607	3.923	-36.117
8	4.2628	-2.2931	-4.102	4.9732	3.316	13.636	0.118	0.0458	-0.0061	-0.0941	-0.058	0.1552	-0.0432	-0.5893	-0.06	0.1145	-0.0427	-0.0537	0.0588	0.0084	0.0487	-16.659	-3.53	-26.88

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-1 - 17
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	18 - 40
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	41 - 70
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	71 - 98
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	99 - 146
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	147 - 169
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	170 - 187
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	188 - 207

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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