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万見
- PDB-5a65: Crystal structure of mouse thiamine triphosphatase in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5a65
タイトルCrystal structure of mouse thiamine triphosphatase in complex with thiamine diphosphate, orthophosphate and magnesium ions.
要素THIAMINE TRIPHOSPHATASEThiamine-triphosphatase
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / TRIPHOSPHATE TUNNEL METALLOENZYME
機能・相同性
機能・相同性情報


thiamine-triphosphatase / thiamine diphosphate metabolic process / thiamine triphosphate phosphatase activity / Vitamin B1 (thiamin) metabolism / thiamine metabolic process / thiamine diphosphate biosynthetic process / 脱リン酸化 / magnesium ion binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Thiamine triphosphatase, eukaryotes / Thiamine-triphosphatase / Hypothetical Protein Pfu-838710-001 / Hypothetical Protein Pfu-838710-001 / CYTH / CYTH domain / CYTH domain / CYTH domain profile. / CYTH-like domain superfamily / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
リン酸塩 / チアミンピロリン酸 / Thiamine-triphosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Martinez, J. / Truffault, V. / Hothorn, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Structural Determinants for Substrate Binding and Catalysis in Triphosphate Tunnel Metalloenzymes.
著者: Martinez, J. / Truffault, V. / Hothorn, M.
履歴
登録2015年6月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月12日Group: Database references
改定 1.22015年10月7日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: THIAMINE TRIPHOSPHATASE
B: THIAMINE TRIPHOSPHATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,60112
ポリマ－47,3392
非ポリマー1,26210
水2,288127
1
A: THIAMINE TRIPHOSPHATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3016
ポリマ－23,6701
非ポリマー6315
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: THIAMINE TRIPHOSPHATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3016
ポリマ－23,6701
非ポリマー6315
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.483, 105.483, 111.805
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 THIAMINE TRIPHOSPHATASE / Thiamine-triphosphatase / THTPASE


分子量: 23669.666 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PETM11 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: Q8JZL3, thiamine-triphosphatase

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非ポリマー , 5種, 137分子

#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE / 3-[(4-アミノ-2-メチル-5-ピリミジニル)メチル]-4-メチル-5-[2-(ホスホノオキシホスフィナトオキシ)(以下略) / チアミンピロリン酸


分子量: 425.314 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H19N4O7P2S
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.55 % / 解説: NONE
結晶化pH: 9
詳細: 27 % PEG 3350,0.2M NACL, 0.1 M TRIS PH 9.0, 0.2M MGCL2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→49.4 Å / Num. obs: 44247 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 25.6 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 19.66
反射 シェル解像度: 1.98→2.1 Å / 冗長度: 23.85 % / Rmerge(I) obs: 1.5 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0107精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 5A64

5a64


解像度: 1.98→49.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 11.167 / SU ML: 0.131 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.22 / ESU R Free: 0.147 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25818 2155 4.9 %RANDOM
Rwork0.20784 ---
obs0.21027 42091 99.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 51.63 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.89 Å20 Å20 Å2
2--1.89 Å20 Å2
3----3.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.98→49.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3089 0 74 127 3290
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0193249
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023046
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5151.9984431
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.93337012
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.495412
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.3524.37135
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.89315519
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7111519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2507
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213629
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02688
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.7223.7031629
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.7223.71628
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3525.5182028
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0514.0231620
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.70836295
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free37.711539
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded8.91256339
LS精密化 シェル解像度: 1.982→2.034 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.349 160 -
Rwork0.357 2962 -
obs--96.81 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.45990.495-0.68590.6638-0.46841.6005-0.050.0185-0.069-0.0743-0.0654-0.080.001-0.17090.11530.0488-0.04620.00850.1503-0.03480.128227.8274-18.071312.2231
22.0445-0.83591.18791.5645-0.80152.82370.20580.0232-0.08780.5733-0.253-0.06390.2249-0.19840.04720.411-0.1647-0.04330.09810.01880.083932.7465-11.091131.4811
37.8025-2.182-5.60130.96481.39324.8246-0.08640.28980.10840.2012-0.0322-0.08390.0926-0.14550.11860.13370.0044-0.01710.0730.02510.074337.3443-22.015426.1178
49.37171.88223.79540.9058-0.39464.10970.1016-0.3458-0.00350.0696-0.1222-0.00950.0137-0.03090.02060.1813-0.0302-0.00040.05160.02380.01732.7032-17.179243.2638
50.10070.24770.13421.43040.46313.54210.0268-0.0092-0.02820.2575-0.1650.1055-0.0656-0.48840.13830.0729-0.04530.02860.1433-0.02770.10227.4125-12.67725.8507
60.16570.039-0.02311.3572-0.04360.79380.00170.03740.01870.0369-0.1052-0.17210.0409-0.06260.10350.0524-0.0410.00850.0879-0.00390.156537.5937-12.604217.9988
70.2809-0.44330.92740.8698-1.37943.1666-0.0443-0.02550.05050.0794-0.11530.003-0.0706-0.15740.15960.0820.013-0.01910.1645-0.0450.137330.038220.374815.7649
82.11870.0459-1.50061.98330.52294.09870.13650.1376-0.1115-0.7069-0.31930.0531-0.18-0.28760.18270.26780.1161-0.02280.1301-0.01460.037931.263811.1869-1.8429
99.82082.84274.67012.83434.12936.06720.1095-0.18590.0854-0.2123-0.046-0.065-0.2519-0.0657-0.06350.13340.04350.05010.0530.04320.045937.532721.8578-0.9361
1010.14781.4827-5.84651.0835-0.07594.1345-0.22010.166-0.173-0.19760.075-0.0123-0.08220.01020.14510.15950.0054-0.01090.13680.04760.02533.457619.7553-13.1293
110.1597-0.45810.02592.11040.79313.41270.06640.07820.0565-0.3157-0.23670.0885-0.0341-0.36820.17030.07050.0681-0.04110.2064-0.01010.126528.945914.06561.6711
120.16990.10640.05921.80990.4670.8911-0.01980.0286-0.0289-0.0352-0.0767-0.1662-0.0817-0.06780.09650.04710.0339-0.00970.10030.00770.144738.351514.02510.0242
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-1 - 32
2X-RAY DIFFRACTION2A33 - 73
3X-RAY DIFFRACTION3A74 - 83
4X-RAY DIFFRACTION4A84 - 101
5X-RAY DIFFRACTION5A102 - 142
6X-RAY DIFFRACTION6A143 - 214
7X-RAY DIFFRACTION7B-1 - 29
8X-RAY DIFFRACTION8B30 - 62
9X-RAY DIFFRACTION9B63 - 82
10X-RAY DIFFRACTION10B83 - 96
11X-RAY DIFFRACTION11B103 - 141
12X-RAY DIFFRACTION12B142 - 214

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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