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万見
- PDB-5a4h: Solution structure of the lipid droplet anchoring peptide of CGI-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5a4h
タイトルSolution structure of the lipid droplet anchoring peptide of CGI-58 bound to DPC micelles
要素1-ACYLGLYCEROL-3-PHOSPHATE O-ACYLTRANSFERASE ABHD5
キーワードTRANSFERASE / CGI-58 / ABHD5 / LIPID DROPLET ANCHOR / SOLUTION STRUCTURE
機能・相同性
機能・相同性情報


lipase activator activity / 1-acylglycerol-3-phosphate O-acyltransferase / 1-acylglycerol-3-phosphate O-acyltransferase activity / positive regulation of triglyceride catabolic process / negative regulation of triglyceride storage / phosphatidic acid biosynthetic process / positive regulation of lipid catabolic process / lipid droplet / fatty acid metabolic process / lipid metabolic process ...lipase activator activity / 1-acylglycerol-3-phosphate O-acyltransferase / 1-acylglycerol-3-phosphate O-acyltransferase activity / positive regulation of triglyceride catabolic process / negative regulation of triglyceride storage / phosphatidic acid biosynthetic process / positive regulation of lipid catabolic process / lipid droplet / fatty acid metabolic process / lipid metabolic process / cell differentiation / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
1-acylglycerol-3-phosphate O-acyltransferase ABHD5
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Boeszoermenyi, A. / Arthanari, H. / Wagner, G. / Nagy, H.M. / Zangger, K. / Lindermuth, H. / Oberer, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Structure of a Cgi-58 Motif Provides the Molecular Basis of Lipid Droplet Anchoring.
著者: Boeszoermenyi, A. / Nagy, H.M. / Arthanari, H. / Pillip, C.J. / Lindermuth, H. / Luna, R.E. / Wagner, G. / Zechner, R. / Zangger, K. / Oberer, M.
履歴
登録2015年6月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月25日Group: Database references
改定 1.22015年12月2日Group: Database references / Other
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 1-ACYLGLYCEROL-3-PHOSPHATE O-ACYLTRANSFERASE ABHD5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,9811
ポリマ－3,9811
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100LOWEST ENERGY
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質・ペプチド 1-ACYLGLYCEROL-3-PHOSPHATE O-ACYLTRANSFERASE ABHD5 / ABHYDROLASE DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 5 / LIPID DROPLET-BINDING PROTEIN CGI-58 / PROTEIN CGI-58 / WR10_43


分子量: 3981.318 Da / 分子数: 1 / 断片: N-TERMINAL PEPTIDE, RESIDUES 10-43 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-TERMINAL LD BINDING MOTIF OF CGI-58 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PSUMO / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9DBL9, 1-acylglycerol-3-phosphate O-acyltransferase
配列の詳細N-TERMINAL FRAMGENT (V10-K43). FIRST FIVE RESIDUES ARE ARTIFACTS FROM CLONING AND PROTEASE CLEAVAGE ...N-TERMINAL FRAMGENT (V10-K43). FIRST FIVE RESIDUES ARE ARTIFACTS FROM CLONING AND PROTEASE CLEAVAGE SITE. THEY ARE NOT PART OF NATIVE STRUCTURE.

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111HNCA
121HN(CA)CB
131HN(CA)CO
141HSQC
251HSQC ANOESY
261NOESYHSQC
371H(CCO)NH
481C(CO)NH
491(H)CCH TOCSY
5101TOCSY 90MS
611113CHSQC B900
6121CNOESY B900
7131NOESY 200MS
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY ON THE DOUBLY LABELED PEPTIDE BOUND TO DPC MICELLES. HOMONOCULEAR NOESY AND TOCSY EXPERIMENTS ON A SHORTER UNLABELED PEPTIDE ...Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY ON THE DOUBLY LABELED PEPTIDE BOUND TO DPC MICELLES. HOMONOCULEAR NOESY AND TOCSY EXPERIMENTS ON A SHORTER UNLABELED PEPTIDE ALSO BOUND TO DPC MICELLES AND PARAMAGNETIC RELAXATION EXPERIMENTS TO ORIENT THE PEPTIDE WITH RESPECT TO THE MICELLE.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容
193% H2O/7% D2O
2100% D2O
393% H2O/7% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
17061.0 atm310.0 K
27061.0 atm310.0 K
37061.0 atm310.0 K
47061.0 atm310.0 K
57061.0 atm303.0 K
67061.0 atm310.0 K
77061.0 atm303.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DD2BrukerDD26001
Varian7002
Bruker7503
Varian5004
Bruker9005
Bruker9006
Bruker9007

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANAGUNTERT精密化
NMRDrawANY構造決定
NMRPipeANY構造決定
CcpNmr Analysis2.4構造決定
TALOS1構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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