PDB-5a49: Crystal structure of the LOTUS domain (aa 139-222) of Drosophila ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5a49

タイトル

Crystal structure of the LOTUS domain (aa 139-222) of Drosophila Oskar in C222

要素

MATERNAL EFFECT PROTEIN OSKAR

キーワード

PROTEIN BINDING / OST-HTH DOMAIN / DIMER / WINGED HELIX-TURN-HELIX / VASA / PROTEIN BINDING INTERACTION / GERM PLASM

機能・相同性

機能・相同性情報

posterior abdomen determination / pole plasm mRNA localization / regulation of oskar mRNA translation / P granule assembly / pole plasm protein localization / oocyte microtubule cytoskeleton polarization / pole plasm / posterior cell cortex / thermosensory behavior / pole plasm assembly ...
類似検索 - 分子機能

生物種

DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.098 Å

データ登録者

Jeske, M. / Glatt, S. / Ephrussi, A. / Mueller, C.W.

引用

ジャーナル: Cell Rep. / 年: 2015
タイトル: The Crystal Structure of the Drosophila Germline Inducer Oskar Identifies Two Domains with Distinct Vasa Helicase-and RNA-Binding Activities.
著者: Jeske, M. / Bordi, M. / Glatt, S. / Muller, S. / Rybin, V. / Muller, C.W. / Ephrussi, A.

履歴

登録	2015年6月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年7月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年7月29日	Group: Database references
改定 1.2	2015年8月12日	Group: Database references
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb5a49.ent.gz	258.4 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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文書・要旨	5a49_validation.pdf.gz	497.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5a49_full_validation.pdf.gz	502 KB	表示
XML形式データ	5a49_validation.xml.gz	26.6 KB	表示
CIF形式データ	5a49_validation.cif.gz	38.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a4/5a49 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a4/5a49	HTTPS FTP

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関連構造データ

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類似構造データ	5cd7-2 5qmw-2 3zc4-5 137l-2 5cd8-1 2ijy-d 5qoa-2 2b5s-4 2ou8-d 6ulq-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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登録構造単位

A: MATERNAL EFFECT PROTEIN OSKAR

B: MATERNAL EFFECT PROTEIN OSKAR

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D: MATERNAL EFFECT PROTEIN OSKAR

E: MATERNAL EFFECT PROTEIN OSKAR

F: MATERNAL EFFECT PROTEIN OSKAR

G: MATERNAL EFFECT PROTEIN OSKAR

H: MATERNAL EFFECT PROTEIN OSKAR

I: MATERNAL EFFECT PROTEIN OSKAR

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98.4 kDa, 10 ポリマー
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1

H: MATERNAL EFFECT PROTEIN OSKAR

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6

J: MATERNAL EFFECT PROTEIN OSKAR

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19.7 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	134.060, 198.630, 89.120
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	21
Space group name H-M	C222

#1: タンパク質	MATERNAL EFFECT PROTEIN OSKAR / OSKAR 分子量: 9835.063 Da / 分子数: 10 / 断片: LOTUS DOMAIN, RESIDUES 139-222 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P25158
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.22 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.00265
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00265 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 69144 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 1.59 / 冗長度: 4.5 % / B_iso Wilson estimate: 51.65 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 15.1

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: (PHENIX.REFINE) / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.098→41.359 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.54 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THE OCCUPANCY OF SIDE CHAIN ATOMS, FOR WHICH ELECTRON DENSITY WAS POOR, IS SET TO 0.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2148	2295	3.3 %
R_work	0.1938	-	-
obs	0.1945	69144	99.07 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.098→41.359 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5780	0	0	193	5973

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	5880
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.742	7967
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.943	2206
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	939
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1028

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0982-2.1438	0.3375	132	0.2978	3837	X-RAY DIFFRACTION	92
2.1438-2.1937	0.3212	143	0.2776	4169	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1937-2.2485	0.3263	140	0.2706	4123	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2485-2.3093	0.2811	145	0.2663	4200	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3093-2.3773	0.3007	143	0.2369	4143	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3773-2.454	0.3167	143	0.2284	4174	X-RAY DIFFRACTION	100
2.454-2.5417	0.2592	144	0.2188	4194	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5417-2.6434	0.2288	143	0.1988	4148	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6434-2.7637	0.2315	144	0.2163	4206	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7637-2.9094	0.2063	144	0.2077	4191	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9094-3.0916	0.2417	144	0.2052	4191	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0916-3.3302	0.1883	145	0.1937	4217	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3302-3.6652	0.227	145	0.189	4209	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6652-4.1951	0.2107	144	0.1861	4216	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1951-5.2837	0.1911	147	0.1592	4257	X-RAY DIFFRACTION	99
5.2837-41.3665	0.1788	149	0.1843	4374	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.3441	-3.358	0.0166	2.0327	6.4316	3.64	0.2793	-1.177	1.1437	-0.1833	-0.2664	0.3285	-0.3998	-0.5206	0.0768	0.988	0.0993	0.1478	0.7626	-0.2171	0.7267	-33.9242	-17.9748	39.7035
2	6.503	-4.6929	0.1824	2.0298	1.7351	6.7019	0.0611	-1.003	0.0145	-0.139	0.3781	-0.0616	0.4995	0.4399	-0.4456	0.5573	-0.0498	0.0692	0.7034	0.0596	0.3666	-28.0976	-34.3188	41.9596
3	4.4318	-1.0102	-0.721	2.5037	-0.972	2.0944	-0.0603	-0.4341	0.1395	-0.1265	0.288	0.5108	0.5299	-1.2292	-0.2269	0.4524	-0.0469	0.017	0.7395	0.0514	0.4144	-38.0862	-30.4687	38.624
4	7.923	-1.3661	-1.2348	2.1375	7.0578	9.2745	-0.2046	-0.086	0.4297	-0.1272	0.4116	-0.3613	0.504	0.3677	-0.1832	0.417	-0.0027	0.0673	0.4525	0.0563	0.3637	-25.1947	-29.4408	33.0331
5	2.1142	2.5147	3.7993	5.9133	-1.7336	5.2326	-0.0003	0.2779	-1.164	-0.7233	0.2629	-0.5649	1.1334	0.0539	-0.2122	0.6644	0.0342	0.1255	0.5406	0.0047	0.4717	-25.2493	-39.1301	31.3147
6	5.4663	4.0612	1.3487	2.1173	-0.6464	8.8816	0.3335	0.8604	-0.5603	-0.758	0.0489	0.487	2.1242	-1.0229	-0.272	1.0232	-0.0783	-0.0259	0.6101	-0.0594	0.6021	-25.9031	-36.2857	9.8701
7	2.1814	1.3262	8.1953	9.9819	1.9837	2.1438	0.0353	-0.0193	-0.6659	-0.54	-0.1203	-0.384	0.8416	0.7257	0.1744	0.5584	0.1338	0.2235	0.489	0.0187	0.4317	-13.3963	-36.8706	18.0745
8	4.7209	0.4264	-2.3574	8.9934	4.1616	2.1184	0.0467	-0.1499	0.1481	-0.4312	-0.2062	-0.563	-0.2778	0.8583	0.1697	0.3578	0.1236	0.1234	0.3978	0.0942	0.4163	-11.3661	-28.8967	17.951
9	9.8704	-5.5731	-2.5708	8.2489	3.2758	5.1737	0.3466	0.68	0.8172	-0.0772	-0.0823	0.3454	-0.3507	-1.0547	-0.2255	0.5043	0.1707	0.0493	0.5289	0.0511	0.4235	-21.3848	-26.952	11.9921
10	5.3905	0.1291	0.7618	7.4363	2.1179	2.2011	0.2685	-0.4757	0.2598	0.2361	-0.0316	0.1022	0.3995	-0.5476	-0.2971	0.4386	0.0741	0.1234	0.4635	0.0419	0.3429	-22.0288	-34.125	24.1914
11	2.0054	-0.3654	1.9878	2.0091	0.289	2.0043	0.3814	-0.7244	0.7454	0.642	-1.1323	-0.8541	-1.9662	0.7115	0.6921	0.8552	-0.0032	-0.023	0.7694	-0.1293	0.7931	-15.7535	-22.7403	34.37
12	2.1469	4.4663	-3.8424	1.9737	-1.0526	2.077	0.1361	-1.4803	-0.2333	0.3272	0.1702	-0.4116	0.4279	0.3174	-0.357	0.6225	0.1224	0.0256	0.6319	0.0592	0.385	-16.3741	-33.9368	27.8531
13	8.2821	0.171	2.8904	2.0102	-1.4897	7.9746	-0.3493	2.2971	0.6529	-1.919	1.3038	0.155	0.2195	-0.0968	-0.9163	0.9779	-0.1712	-0.0164	1.021	0.0966	0.7019	-32.8332	-5.5898	-27.1586
14	8.7555	0.0965	5.764	7.1514	-5.0259	2.0457	-0.3574	0.9218	0.6368	-0.0832	-0.1795	-0.6662	-0.8555	0.7351	0.4883	0.5467	-0.064	0.0675	0.3962	0.0589	0.53	-27.1625	-1.3947	-15.4376
15	8.5072	-2.0283	4.2763	4.1075	-3.3567	8.7016	-0.5047	-0.5875	-0.1034	1.0331	0.3275	0.5199	-0.0604	-0.5038	0.1693	0.649	-0.0856	0.1147	0.3028	-0.023	0.5729	-32.5156	-4.5104	-9.1161
16	8.6419	0.4607	0.248	6.2508	1.132	2.0553	-0.2817	1.1427	-0.6474	0.1829	0.2783	0.1396	0.1792	0.143	0.0748	0.4709	-0.1217	0.0958	0.453	-0.0683	0.6731	-29.126	-11.1698	-17.0943
17	9.2075	-7.517	1.6415	6.3538	-1.6323	0.6793	0.2709	-0.7003	-0.6712	-0.3604	0.1182	1.6353	0.4779	-0.1302	-0.2886	1.534	-0.0666	0.0039	0.5718	0.1041	0.7918	-25.5053	-18.1297	-0.8229
18	7.1432	-1.0609	2.9446	8.8237	7.9851	9.3632	-1.0969	-0.0795	-0.3409	1.6373	0.8792	-1.4034	0.7646	1.3551	0.1425	0.6364	0.0712	-0.0878	0.5383	0.0705	0.8574	-21.8869	-9.9479	-10.4638
19	1.9987	-7.8113	4.8243	2.1379	-2.6259	7.1158	-0.4878	-1.5407	-1.6607	0.3818	0.6146	1.8347	-0.0671	-1.7727	-0.1898	0.5063	0.0642	0.0665	0.761	0.1644	0.8537	-23.1328	-36.6674	-7.7653
20	2.123	5.3126	-1.6685	2.1739	-1.3352	5.5991	-0.2639	-1.2478	0.1694	0.6729	-0.1282	-0.6927	-0.396	0.5812	0.4109	0.582	0.0631	-0.1301	0.7346	0.0451	0.5869	-11.8565	-27.7026	-8.636
21	2.1008	-1.1008	-1.038	2.4557	-1.2647	2.2351	-0.6762	-0.5633	1.1735	0.6691	0.9985	-1.303	-1.2114	0.388	-0.28	0.699	0.0873	-0.1963	0.4893	-0.102	1.0138	-7.9715	-18.9753	-15.4057
22	2.2206	-5.2093	3.2032	9.1318	-1.9995	5.4527	0.4837	0.769	-0.3795	-0.4743	-0.4399	0.0566	0.0592	-0.0792	-0.0805	0.3253	0.0219	-0.0346	0.5254	0.002	0.3582	-15.4384	-32.9494	-17.6322
23	2.3303	5.4922	-0.7037	2.1708	-0.2915	5.3434	0.3551	0.2011	0.8189	0.9735	-0.3888	0.1388	-0.6309	0.1859	0.0344	0.5017	0.0985	-0.0705	0.4913	-0.0212	0.4833	-20.5727	-21.2481	-11.0123
24	9.7719	2.3429	-5.4927	4.7394	-7.1602	2.0005	0.7839	0.5716	1.9321	-0.4012	0.3069	-1.8335	-1.9865	3.6576	-1.015	0.6968	-0.4717	0.6533	2.5805	1.9395	0.8711	-14.174	-11.7252	-22.6747
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46	X-RAY DIFFRACTION	46	CHAIN 'E' AND (RESID 154 THROUGH 167 )
47	X-RAY DIFFRACTION	47	CHAIN 'E' AND (RESID 168 THROUGH 185 )
48	X-RAY DIFFRACTION	48	CHAIN 'E' AND (RESID 186 THROUGH 209 )
49	X-RAY DIFFRACTION	49	CHAIN 'E' AND (RESID 210 THROUGH 214 )
50	X-RAY DIFFRACTION	50	CHAIN 'E' AND (RESID 215 THROUGH 222 )
51	X-RAY DIFFRACTION	51	CHAIN 'D' AND (RESID 158 THROUGH 180 )
52	X-RAY DIFFRACTION	52	CHAIN 'D' AND (RESID 181 THROUGH 194 )
53	X-RAY DIFFRACTION	53	CHAIN 'D' AND (RESID 195 THROUGH 209 )
54	X-RAY DIFFRACTION	54	CHAIN 'D' AND (RESID 210 THROUGH 220 )
55	X-RAY DIFFRACTION	55	CHAIN 'J' AND (RESID 146 THROUGH 155 )
56	X-RAY DIFFRACTION	56	CHAIN 'J' AND (RESID 156 THROUGH 194 )
57	X-RAY DIFFRACTION	57	CHAIN 'J' AND (RESID 195 THROUGH 209 )
58	X-RAY DIFFRACTION	58	CHAIN 'J' AND (RESID 210 THROUGH 221 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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