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- PDB-5a46: FGFR1 in complex with dovitinib -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5a46
タイトルFGFR1 in complex with dovitinib
要素FIBROBLAST GROWTH FACTOR RECEPTOR 1 (FMS-RELATED TYROSINE KINASE 2, PFEIFFER SYNDROME), ISOFORM CRA_B
キーワードTRANSFERASE / KINASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Signaling by FGFR1 amplification mutants / negative regulation of fibroblast growth factor production / positive regulation of mitotic cell cycle DNA replication / regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / Signaling by plasma membrane FGFR1 fusions / diphosphate metabolic process / FGFR1c and Klotho ligand binding and activation / vitamin D3 metabolic process / regulation of phosphate transport / regulation of lateral mesodermal cell fate specification ...Signaling by FGFR1 amplification mutants / negative regulation of fibroblast growth factor production / positive regulation of mitotic cell cycle DNA replication / regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / Signaling by plasma membrane FGFR1 fusions / diphosphate metabolic process / FGFR1c and Klotho ligand binding and activation / vitamin D3 metabolic process / regulation of phosphate transport / regulation of lateral mesodermal cell fate specification / positive regulation of MAPKKK cascade by fibroblast growth factor receptor signaling pathway / cementum mineralization / response to sodium phosphate / regulation of branching involved in salivary gland morphogenesis by mesenchymal-epithelial signaling / receptor-receptor interaction / fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in orbitofrontal cortex development / auditory receptor cell development / ventricular zone neuroblast division / Epithelial-Mesenchymal Transition (EMT) during gastrulation / positive regulation of parathyroid hormone secretion / chordate embryonic development / mesenchymal cell proliferation / paraxial mesoderm development / fibroblast growth factor receptor activity / FGFR1b ligand binding and activation / branching involved in salivary gland morphogenesis / Signaling by activated point mutants of FGFR1 / FGFR1c ligand binding and activation / organ induction / Downstream signaling of activated FGFR1 / Phospholipase C-mediated cascade: FGFR1 / positive regulation of phospholipase activity / lung-associated mesenchyme development / cell projection assembly / cellular response to fibroblast growth factor stimulus / outer ear morphogenesis / middle ear morphogenesis / skeletal system morphogenesis / embryonic limb morphogenesis / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation / positive regulation of mesenchymal cell proliferation / cardiac muscle cell proliferation / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / ureteric bud development / midbrain development / inner ear morphogenesis / fibroblast growth factor binding / positive regulation of stem cell proliferation / Formation of paraxial mesoderm / PI-3K cascade:FGFR1 / regulation of cell differentiation / phosphatidylinositol-mediated signaling / PI3K Cascade / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / epithelial to mesenchymal transition / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / calcium ion homeostasis / chondrocyte differentiation / : / SHC-mediated cascade:FGFR1 / cell maturation / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / FRS-mediated FGFR1 signaling / positive regulation of neuron differentiation / Signaling by FGFR1 in disease / NCAM signaling for neurite out-growth / SH2 domain binding / stem cell proliferation / Signal transduction by L1 / skeletal system development / stem cell differentiation / positive regulation of cell differentiation / sensory perception of sound / Negative regulation of FGFR1 signaling / positive regulation of MAP kinase activity / neuron migration / receptor protein-tyrosine kinase / positive regulation of neuron projection development / peptidyl-tyrosine phosphorylation / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / neuron projection development / MAPK cascade / cell migration / PIP3 activates AKT signaling / heparin binding / gene expression / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / cytoplasmic vesicle / RAF/MAP kinase cascade / protein tyrosine kinase activity / angiogenesis / in utero embryonic development / positive regulation of MAPK cascade / protein autophosphorylation / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / protein phosphorylation / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
Fibroblast growth factor receptor 1, catalytic domain / Fibroblast growth factor receptor family / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain ...Fibroblast growth factor receptor 1, catalytic domain / Fibroblast growth factor receptor family / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-38O / Fibroblast growth factor receptor 1 (Fms-related tyrosine kinase 2, Pfeiffer syndrome), isoform CRA_b / Fibroblast growth factor receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.63 Å
データ登録者Klein, T. / Vajpai, N. / Phillips, J.J. / Davies, G. / Holdgate, G.A. / Phillips, C. / Tucker, J.A. / Norman, R.A. / Scott, A.S. / Higazi, D.R. ...Klein, T. / Vajpai, N. / Phillips, J.J. / Davies, G. / Holdgate, G.A. / Phillips, C. / Tucker, J.A. / Norman, R.A. / Scott, A.S. / Higazi, D.R. / Lowe, D. / Thompson, G.S. / Breeze, A.L.
引用ジャーナル: Nat.Commun. / 年: 2015
タイトル: Structural and Dynamic Insights Into the Energetics of Activation Loop Rearrangement in Fgfr1 Kinase.
著者: Klein, T. / Vajpai, N. / Phillips, J.J. / Davies, G. / Holdgate, G.A. / Phillips, C. / Tucker, J.A. / Norman, R.A. / Scott, A.D. / Higazi, D.R. / Lowe, D. / Thompson, G.S. / Breeze, A.L.
履歴
登録2015年6月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FIBROBLAST GROWTH FACTOR RECEPTOR 1 (FMS-RELATED TYROSINE KINASE 2, PFEIFFER SYNDROME), ISOFORM CRA_B
B: FIBROBLAST GROWTH FACTOR RECEPTOR 1 (FMS-RELATED TYROSINE KINASE 2, PFEIFFER SYNDROME), ISOFORM CRA_B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,56111
ポリマ－87,2402
非ポリマー1,3219
水4,071226
1
A: FIBROBLAST GROWTH FACTOR RECEPTOR 1 (FMS-RELATED TYROSINE KINASE 2, PFEIFFER SYNDROME), ISOFORM CRA_B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,3917
ポリマ－43,6201
非ポリマー7716
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: FIBROBLAST GROWTH FACTOR RECEPTOR 1 (FMS-RELATED TYROSINE KINASE 2, PFEIFFER SYNDROME), ISOFORM CRA_B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1704
ポリマ－43,6201
非ポリマー5513
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)209.800, 56.830, 65.740
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.36, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 FIBROBLAST GROWTH FACTOR RECEPTOR 1 (FMS-RELATED TYROSINE KINASE 2, PFEIFFER SYNDROME), ISOFORM CRA_B / FGFR1


分子量: 43619.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: D3DSX2, UniProt: P11362*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-38O / 4-amino-5-fluoro-3-[5-(4-methylpiperazin-1-yl)-1H-benzimidazol-2-yl]quinolin-2(1H)-one / Dovitinib / ドビチニブ


分子量: 392.429 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H21FN6O
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.63 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 20% PEG8000, 20MM AMMONIUM SULPHATE, 20% ETHYLENE GLYCOL, 100MM PCTP PH6.7.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.92
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.63→62.75 Å / Num. obs: 21568 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 75.04 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 2.63→2.94 Å / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.5精密化
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: OTHER / 解像度: 2.63→62.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9513 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9073 / SU R Cruickshank DPI: 0.683 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.731 / SU Rfree Blow DPI: 0.305 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.306
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2459 1117 5.18 %RANDOM
Rwork0.1784 ---
obs0.1819 21565 96.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 82.63 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.7596 Å20 Å2-1.0341 Å2
2---10.3963 Å20 Å2
3---8.6367 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.411 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.63→62.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4453 0 89 226 4768
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014685HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.146403HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1571SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes103HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes673HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4685HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.77
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.97
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion594SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5298SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.63→2.76 Å / Total num. of bins used: 11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2847 132 4.61 %
Rwork0.208 2732 -
all0.2114 2864 -
obs--96.8 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.59530.0596-0.6970.5574-0.33042.49290.22790.21570.274-0.0878-0.07490.063-0.1230.1129-0.153-0.31390.05830.03030.47340.0434-0.409681.8633-2.411218.1916
24.9132-1.57840.39271.5740.32181.84790.51110.7006-0.5285-0.1126-0.53920.23330.26460.12660.0281-0.32770.1286-0.09370.4856-0.074-0.427634.67141.606314.304

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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