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- PDB-5a3v: Crystal structure of the chloroplastic gamma-ketol reductase from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5a3v
タイトルCrystal structure of the chloroplastic gamma-ketol reductase from Arabidopsis thaliana
要素PUTATIVE QUINONE-OXIDOREDUCTASE HOMOLOG, CHLOROPLASTIC
キーワードOXIDOREDUCTASE / GAMMA-KETOL REDUCTASE / ARABIDOPSIS THALIANA / CHLOROPLAST / OXYDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


chloroplast inner membrane / 酸化還元酵素; CH-CH結合に対し酸化酵素として働く; NADまたはNADPを用いる / chloroplast envelope / plant-type vacuole / chloroplast thylakoid membrane / chloroplast / oxidoreductase activity / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Zinc-binding dehydrogenase / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain ...: / Zinc-binding dehydrogenase / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chloroplast envelope quinone oxidoreductase homolog
類似検索 - 構成要素
生物種ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.34 Å
データ登録者Mas-y-mas, S. / Curien, G. / Giustini, C. / Rolland, N. / Ferrer, J.L. / Cobessi, D.
引用ジャーナル: Front Plant Sci / 年: 2017
タイトル: Crystal Structure of the Chloroplastic Oxoene Reductase ceQORH from Arabidopsis thaliana.
著者: Mas Y Mas, S. / Curien, G. / Giustini, C. / Rolland, N. / Ferrer, J.L. / Cobessi, D.
履歴
登録2015年6月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月22日Group: Database references
改定 1.22017年4月5日Group: Database references
改定 1.32017年8月9日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.type
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PUTATIVE QUINONE-OXIDOREDUCTASE HOMOLOG, CHLOROPLASTIC
B: PUTATIVE QUINONE-OXIDOREDUCTASE HOMOLOG, CHLOROPLASTIC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,9622
ポリマ－68,9622
非ポリマー00
水6,972387
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2410 Å2
ΔGint-27.2 kcal/mol
Surface area27130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.720, 142.650, 209.890
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN A AND (RESSEQ 4:97 OR RESSEQ 104:150 OR RESSEQ 157:328)
211CHAIN B AND (RESSEQ 4:97 OR RESSEQ 104:150 OR RESSEQ 157:328)

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.1251, -0.5079, -0.8523), (-0.4998, -0.7744, 0.388), (-0.8571, 0.3774, -0.3507)
ベクター: -41.39, -31.2, -36.24)

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要素

#1: タンパク質 PUTATIVE QUINONE-OXIDOREDUCTASE HOMOLOG, CHLOROPLASTIC / GAMMA-KETOL REDUCTASE


分子量: 34481.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)
組織: CHLOROPLAST / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9SV68, 酸化還元酵素
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 387 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.63 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.2 M SODIUM ACETATE, 0.1 M TRIS-HCL PH 8.5, 32% PEG4000 (V/V)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.98
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE SI 1 1 1 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.34→42.267 Å / Num. obs: 28266 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.64 % / Biso Wilson estimate: 21.85 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.134 / Net I/σ(I): 13.24
反射 シェル解像度: 2.34→2.49 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.471 / Mean I/σ(I) obs: 2.69 / % possible all: 87.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.34→42.267 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.75 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2505 1412 5 %
Rwork0.1814 --
obs0.1849 28266 97.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.34→42.267 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4804 0 0 387 5191
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0114998
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.356806
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5231863
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047798
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006876
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A2247X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B2247X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.085
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3402-2.42380.32921190.22192262X-RAY DIFFRACTION85
2.4238-2.52080.26361360.21152580X-RAY DIFFRACTION95
2.5208-2.63550.28351420.2042703X-RAY DIFFRACTION99
2.6355-2.77450.33171400.21842679X-RAY DIFFRACTION99
2.7745-2.94820.30571430.21542717X-RAY DIFFRACTION100
2.9482-3.17580.27261440.19792738X-RAY DIFFRACTION100
3.1758-3.49530.24851440.19362737X-RAY DIFFRACTION100
3.4953-4.00070.25021430.18092738X-RAY DIFFRACTION99
4.0007-5.03920.18791470.13142795X-RAY DIFFRACTION100
5.0392-42.27360.19791540.14792905X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.0687-0.76120.23251.6435-0.31011.9462-0.01610.126-0.1887-0.10120.03390.12760.1887-0.1874-0.02340.1174-0.03070.03330.11-0.00050.1264-6.2130.3073-41.9066
23.60220.47310.6191.0609-0.41243.0526-0.0326-0.30840.02690.11120.02060.2612-0.0419-0.51210.00150.14740.01010.04550.1966-0.00020.1524-16.09658.1125-33.6611
31.0853-0.33910.72963.4563-0.67821.9752-0.0435-0.1512-0.06740.36010.0322-0.1064-0.17540.04550.0150.1523-0.0070.02390.15370.01450.1157-3.6558-6.8947-14.8221
41.49330.7626-1.10524.47080.35636.496-0.00040.06880.20440.06510.0848-0.34240.01670.3657-0.03950.0498-0.02430.00210.1338-0.00270.14913.88186.705-33.0506
52.27280.2796-1.33141.632-0.10033.1029-0.0432-0.1383-0.02220.08920.0106-0.24620.04420.20540.02960.1141-0.0086-0.0220.0962-0.00560.1347-6.4041-44.8572-15.4581
63.3344-0.62121.20953.72671.02784.4054-0.0398-0.22320.40410.13220.0570.226-0.2644-0.2131-0.03530.1269-0.01240.04410.15060.02720.1243-18.4628-42.2244-7.0521
72.11541.07410.38942.5207-0.50281.6362-0.16080.34730.0345-0.27370.1420.1054-0.17060.04070.00940.1293-0.01540.00620.15320.01620.1443-25.8285-29.8726-30.0776
85.447-0.2017-0.31563.7383-0.20081.93770.02390.4281-0.2269-0.1914-0.09580.07670.2383-0.1159-0.02950.17220.0094-0.04880.127-0.00510.1223-16.0259-51.1172-25.0133
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 4:80)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 81:131)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 132:299)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 300:329)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN B AND RESID 3:80)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN B AND RESID 81:131)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN B AND RESID 132:299)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN B AND RESID 300:329)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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