PDB-5a3u: HIF prolyl hydroxylase 2 (PHD2/EGLN1) in complex with 6-(5-oxo-4-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5a3u

タイトル

HIF prolyl hydroxylase 2 (PHD2/EGLN1) in complex with 6-(5-oxo-4-(1H- 1,2,3-triazol-1-yl)-2,5-dihydro-1H-pyrazol-1-yl)nicotinic acid

要素

EGL NINE HOMOLOG 1

キーワード

OXIDOREDUCTASE / NON-HEME / IRON / 2-OXOGLUTARATE / DIOXYGENASE / HYPOXIA-INDUCIBLE FACTOR / HIF / HIF PROLYL HYDROXYLASE DOMAIN 2 / PHD2 / EGLN / OXYGENASE / HYPOXIA / DNA-BINDING / METAL-BINDING / TRANSCRIPTION / HELIX-LOOP-HELIX-BETA / DSBH / FACIAL TRIAD / ASPARAGINYL/ ASPARTYL HYDROXYLASE / TRANSCRIPTION AND EPIGENETIC REGULATION / SIGNALING / DEVELOPMENT / CELL STRUCTURE / ANKYRIN REPEAT DOMAIN / ARD / BETA-HYDROXYLATION / TRANSCRIPTION ACTIVATOR/INHIBITOR / PHOSPHORYLATION / S-NITROSYLATION

機能・相同性

機能・相同性情報

hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase activity / hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase / peptidyl-proline 4-dioxygenase activity / peptidyl-proline dioxygenase activity / peptidyl-proline hydroxylation to 4-hydroxy-L-proline / negative regulation of cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / regulation protein catabolic process at postsynapse / intracellular oxygen homeostasis / labyrinthine layer development / cardiac muscle tissue morphogenesis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.3 Å

データ登録者

Chowdhury, R. / Gomez-Perez, V. / Schofield, C.J.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2015
タイトル: Potent and Selective Triazole-Based Inhibitors of the Hypoxia-Inducible Factor Prolyl-Hydroxylases with Activity in the Murine Brain.
著者: Chan, M.C. / Atasoylu, O. / Hodson, E. / Tumber, A. / Leung, I.K.H. / Chowdhury, R. / Gomez-Perez, V. / Demetriades, M. / Rydzik, A.M. / Holt-Martyn, J. / Tian, Y. / Bishop, T. / Claridge, T. ...

履歴

登録	2015年6月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年6月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年7月22日	Group: Database references
改定 1.2	2019年3月6日	Group: Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.3	2019年5月8日	Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.4	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5a3u.cif.gz	253.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5a3u.ent.gz	206.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5a3u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5a3u_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5a3u_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	5a3u_validation.xml.gz	24 KB	表示
CIF形式データ	5a3u_validation.cif.gz	31 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a3/5a3u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a3/5a3u	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4bqyS 2g19 2g1m 4bqw 4bqx S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6zbo-d 6zbn-d 4tv6-1 2gk3-d 6nbk-d 2ef4-1 4dib-2 3ids-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (12)

登録構造単位

A: EGL NINE HOMOLOG 1

B: EGL NINE HOMOLOG 1

C: EGL NINE HOMOLOG 1

ヘテロ分子

85.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: EGL NINE HOMOLOG 1

B: EGL NINE HOMOLOG 1

C: EGL NINE HOMOLOG 1

ヘテロ分子

A: EGL NINE HOMOLOG 1

B: EGL NINE HOMOLOG 1

C: EGL NINE HOMOLOG 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
171 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	154.939, 154.939, 85.401
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	153
Space group name H-M	P3₂12

#1: タンパク質	EGL NINE HOMOLOG 1 / HYPOXIA-INDUCIBLE FACTOR PROLYL HYDROXYLASE 2 / HIF-PH2 / HIF-PROLYL HYDROXYLASE 2 / HPH-2 / PROLYL ...HYPOXIA-INDUCIBLE FACTOR PROLYL HYDROXYLASE 2 / HIF-PH2 / HIF-PROLYL HYDROXYLASE 2 / HPH-2 / PROLYL HYDROXYLASE DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2 / PHD2 / SM-20 / HYPOXIA-INDUCIBLE FACTOR PROLYL HYDROXYLASE 2 分子量: 28096.941 Da / 分子数: 3 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 181-426 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q9GZT9, procollagen-proline 4-dioxygenase, hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; ...参照: UniProt: Q9GZT9, procollagen-proline 4-dioxygenase, hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-R8J / 6-(5-oxo-4-(1H-1,2,3-triazol-1-yl)-2,5-dihydro-1H-pyrazol-1-yl)nicotinic acid 分子量: 272.220 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₈N₆O₃

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.96 % / 解説: NONE
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1.6 M SODIUM CITRATE/CITRIC ACID PH 6.5, SITTING DROP, 293K

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年10月7日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.3→44.73 Å / Num. obs: 17598 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.1 % / B_iso Wilson estimate: 71.57 Å² / R_merge(I) obs: 0.22 / Net I/σ(I): 6.7
反射シェル	解像度: 3.3→3.48 Å / 冗長度: 5.8 % / R_merge(I) obs: 0.88 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4BQY

4bqy

解像度: 3.3→44.727 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.14 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2266	894	5.1 %
R_work	0.2023	-	-
obs	0.1916	17566	99.1 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 57.0108 Å² / k_sol: 0.34 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 63.5 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	8.25 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	8.25 Å²	0 Å²
3-	-	-	-16.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.3→44.727 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4697	0	63	0	4760

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	4876
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.975	6638
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.024	1724
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.032	709
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	871

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.3001-3.5068	0.3083	162	0.2813	2747	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5068-3.7774	0.2708	156	0.2447	2790	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7774-4.1573	0.2684	154	0.205	2761	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1573-4.7583	0.1861	154	0.1589	2786	X-RAY DIFFRACTION	99
4.7583-5.9927	0.1854	129	0.1667	2736	X-RAY DIFFRACTION	97
5.9927-44.7311	0.1901	139	0.1643	2852	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0126	0.0018	-0.0007	0.014	0.012	0.0092	0.0979	-0.1075	-0.2263	0.179	0.0917	0.084	-0.081	0.0266	-0.0004	0.4125	0.1067	-0.0212	0.7593	0.0263	0.3991	3.9225	26.9309	8.9969
2	0.0353	-0.0164	-0.0317	0.0107	0.0109	0.0253	0.0496	-0.0688	-0.0727	0.0927	-0.1563	-0.1929	-0.0915	0.2264	0.0001	0.2149	0.0461	0.0117	0.511	0.0003	0.4037	-6.1821	25.3325	12.0689
3	0.0635	0.0334	-0.0022	0.0206	-0.012	0.02	0.0794	0.076	0.2821	-0.3629	-0.0341	-0.0908	-0.2697	0.2467	0.0002	0.7216	-0.0645	0.0473	0.8185	0.2353	0.6899	-9.2943	40.2932	-5.8325
4	0.0324	-0.0045	0.0155	0.0297	0.0481	0.0803	0.1228	0.1938	0.0185	0.032	0.119	-0.0031	-0.2037	0.1765	-0	0.2958	0.0542	0.0889	0.6197	0.0139	0.4743	-6.0443	25.4139	-0.919
5	0.008	-0.016	0.011	0.0215	0.0034	0.0423	-0.0017	0.0266	0.033	0.0223	0.0896	0.009	-0.1324	-0.0915	0.0001	0.349	0.0978	0.0048	0.5164	0.0819	0.3879	-20.283	27.8875	3.5303
6	0.0656	-0.0034	-0.0398	0.0124	-0.0399	0.1021	-0.0679	-0.3382	0.2456	0.0399	0.1168	0.0915	-0.2195	-0.0418	0.0001	0.4092	0.0163	0.0409	0.5514	0.0488	0.5975	-17.9844	33.8144	14.1647
7	0.1094	0.0488	-0.0441	0.0661	-0.0704	0.0577	0.1295	0.157	-0.0495	-0.0269	-0.0065	0.0117	-0.0931	0.0027	0	0.2855	0.0992	0.0395	0.5705	0.0332	0.3875	-15.9856	26.8045	4.5004
8	0.1894	0.2597	-0.0689	0.4736	-0.2167	0.1869	-0.0699	-0.0442	0.1882	-0.0629	0.2569	-0.1171	0.0653	-0.0571	0.0307	0.3416	0.1541	0.0427	0.4635	-0.0699	0.3147	-29.6689	14.5172	-22.6288
9	3.4809	0.1732	2.8866	4.5487	2.304	3.4218	-0.6799	-0.3678	0.5455	1.1476	0.3896	1.7882	0.1471	0.137	0.2728	1.1786	-0.2389	-0.1854	1.0504	-0.0903	1.0781	-41.6884	4.1552	-34.8513
10	0.1529	0.0176	0.006	0.0044	0.0001	0.0009	0.0702	0.3885	-0.0713	-0.0546	0.0421	0.0271	-0.1732	0.0828	0.0093	0.7674	0.255	0.0793	0.577	0.2343	0.6285	-41.9456	50.7647	-0.6755
11	0.0084	-0.0076	-0.0114	0.0214	0.014	0.0128	-0.1135	-0.1066	0.0382	-0.1188	-0.1963	-0.0348	-0.1167	-0.0812	0.001	1.3333	0.4152	0.0107	0.9728	-0.0877	1.2728	-46.4009	59.7113	22.2474
12	0.0202	0.0189	-0.0114	0.0156	-0.01	0.0061	0.0085	-0.0912	0.0546	-0.0152	-0.1903	0.1909	-0.1263	-0.077	0.0003	0.968	0.4443	0.1611	1.0292	0.1521	1.045	-55.2279	51.0864	22.6197
13	0.2088	0.0878	0.063	0.077	0.0115	0.0521	-0.023	-0.1322	0.0319	0.0643	0.1016	0.1799	-0.4446	-0.4817	0.0197	0.6218	0.4133	0.0621	0.6062	0.2027	0.6691	-49.616	45.2686	10.3623
14	0.0731	-0.0423	-0.0296	0.04	-0.039	0.1422	0.2468	-0.0121	-0.2055	0.1652	0.0043	-0.0122	-0.1628	0.2658	0.0003	0.5481	0.2247	0.0477	0.7199	0.092	0.5118	-34.1091	43.1502	13.7165
15	0.5326	-0.1655	-0.2229	0.1697	0.0381	0.1003	-0.1451	-0.2054	0.3213	-0.0115	0.1907	-0.0022	0.0249	-0.0994	0.1098	0.5444	0.3471	0.0349	0.5058	0.2431	0.5117	-41.7768	43.6114	12.4636
16	0.0294	0.0129	0.008	0.0125	-0.0043	0.0083	-0.1478	0.005	0.0408	-0.0439	-0.1425	-0.0559	0.072	-0.1741	0.0013	0.717	0.4066	-0.0688	1.0414	0.2066	0.8927	-64.3674	33.2131	7.3076
17	0.0353	-0.0536	0.0511	0.2062	-0.0916	0.0786	0.1231	0.0246	0.2171	-0.1013	-0.0055	0.1323	-0.0335	-0.1147	0.1313	0.3711	0.291	0.073	0.7805	0.0328	0.4237	-49.7555	17.6002	-18.3532
18	0.1351	0.0429	-0.1497	0.0823	0.0125	0.2344	0.2242	-0.1362	-0.3111	-0.0593	-0.0449	0.1748	0.4002	-0.3908	0.0247	0.4829	0.0853	-0.023	0.5549	0.0793	0.4418	-36.6454	-0.0413	-15.3972
19	0.0415	0.0179	0.024	0.0094	0.016	0.031	0.4034	0.2018	-0.2341	-0.2722	0.1853	-0.05	-0.0485	0.0332	0.001	0.3594	0.1073	-0.0355	0.5101	0.0298	0.434	-38.4895	8.4228	-23.2344
20	0.0256	0.0295	-0.0185	0.0421	-0.0213	0.0122	0.2891	-0.328	0.0551	-0.0395	0.013	-0.0766	-0.3055	0.0713	0.001	0.3271	0.1715	0.0211	0.4194	0.031	0.4109	-35.782	20.2647	-18.8316
21	0.2104	-0.0551	-0.0108	0.0138	0.0149	0.0589	-0.0268	-0.2361	0.0866	0.2261	0.1179	-0.0138	0.1207	0.0888	0.0665	0.0388	0.4932	0.2442	0.263	-0.0778	0.1847	-33.6792	9.0864	-5.1653
22	0.0112	-0.0097	-0.0022	0.0073	0.0026	0.001	-0.0633	-0.0793	0.0918	0.2091	-0.0072	0.2551	0.0137	0.0561	-0.0001	0.8725	0.0367	0.0654	0.5863	0.2287	0.6647	-45.3304	-2.8181	-2.9378
23	0.0812	-0.0788	-0.0024	0.1274	-0.1075	0.1948	-0.035	-0.3143	-0.005	0.2438	0.272	0.0298	-0.0051	-0.4358	0.0086	0.3122	0.1128	0.0323	0.5101	0.0334	0.3874	-42.5794	11.248	-2.6192
24	0.0487	-0.0325	-0.0316	0.0205	0.0214	0.0619	-0.1405	-0.092	-0.0327	0.0864	-0.0617	0.1743	0.0435	0.0371	-0.048	0.2591	0.2582	0.0258	0.3148	0.0683	0.3194	-34.1724	8.8651	-12.1013
25	0.0022	0.0049	0.0047	0.0138	0.0041	0.0171	0.2231	0.0252	0.0482	-0.006	0.3608	0.1732	0.041	0.2204	-0.0002	0.5376	0.0619	0.0364	0.6379	0.0399	0.5997	-21.0112	24.9934	-13.7118

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 184 THROUGH 197 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 198 THROUGH 214 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 215 THROUGH 266 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 267 THROUGH 303 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'A' AND (RESID 304 THROUGH 329 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'A' AND (RESID 330 THROUGH 353 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'A' AND (RESID 354 THROUGH 402 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'A' AND (RESID 403 THROUGH 418 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'A' AND (RESID 419 THROUGH 419 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'B' AND (RESID 188 THROUGH 215 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN 'B' AND (RESID 216 THROUGH 232 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN 'B' AND (RESID 233 THROUGH 266 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN 'B' AND (RESID 267 THROUGH 329 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN 'B' AND (RESID 330 THROUGH 352 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN 'B' AND (RESID 353 THROUGH 392 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN 'B' AND (RESID 393 THROUGH 404 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	CHAIN 'C' AND (RESID 188 THROUGH 204 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	CHAIN 'C' AND (RESID 205 THROUGH 266 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	CHAIN 'C' AND (RESID 267 THROUGH 282 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	CHAIN 'C' AND (RESID 283 THROUGH 297 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	CHAIN 'C' AND (RESID 298 THROUGH 329 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	CHAIN 'C' AND (RESID 330 THROUGH 342 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	CHAIN 'C' AND (RESID 343 THROUGH 382 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	CHAIN 'C' AND (RESID 383 THROUGH 392 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	CHAIN 'C' AND (RESID 393 THROUGH 405 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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