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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5a2w | ||||||
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タイトル | Crystal structure of mtPAP in complex with ATPgammaS | ||||||
![]() | MITOCHONDRIAL PROTEIN | ||||||
![]() | UNKNOWN FUNCTION | ||||||
機能・相同性 | ![]() mitochondrial RNA 3'-end processing / histone mRNA catabolic process / poly(A) RNA polymerase activity / UTP binding / : / manganese ion binding / GTP binding / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / mitochondrion ...mitochondrial RNA 3'-end processing / histone mRNA catabolic process / poly(A) RNA polymerase activity / UTP binding / : / manganese ion binding / GTP binding / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lapkouski, M. / Hallberg, B.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of Mitochondrial Poly(A) RNA Polymerase Reveals the Structural Basis for Dimerization, ATP Selectivity and the Spax4 Disease Phenotype. 著者: Lapkouski, M. / Hallberg, B.M. | ||||||
履歴 |
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Remark 650 | HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. | ||||||
Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 200.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 155.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 33.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 45.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.4099, 0.8378, -0.3606), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 62954.094 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 37-568 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.97 % 解説: RESOLUTION CUTOFF CRITERIA ACCORDING TO KARPLUS AND DIEDERICHS 2012 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 287 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→40 Å / Num. obs: 40683 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.2 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 13.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 1.87 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / CC1/2: 0.5 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 75.264 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→38.07 Å
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拘束条件 |
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