PDB-5a23: SdsA sulfatase triclinic form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5a23

タイトル

SdsA sulfatase triclinic form

要素

SDS HYDROLASE SDSA1

キーワード

HYDROLASE / SDSA SULFATASE / POLYMORPHS

機能・相同性

機能・相同性情報

linear primary-alkylsulfatase / linear primary-alkylsulfatase activity / dodecyl sulfate metabolic process / outer membrane-bounded periplasmic space / protein dimerization activity / identical protein binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.41 Å

データ登録者

De la Mora, E. / Flores-Hernandez, E. / Jakoncik, J. / Stojanoff, V. / Sanchez-Puig, N. / Moreno, A.

引用

ジャーナル: J.Appl.Crystallogr. / 年: 2015
タイトル: Sdsa Polymorph Isolation and Improvement of Their Crystal Quality Using Nonconventional Crystallization Techniques
著者: De La Mora, E. / Flores-Hernandez, E. / Jakoncic, J. / Stojanoff, V. / Siliqi, D. / Sanchez-Puig, N. / Moreno, A.

履歴

登録	2015年5月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年10月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5a23.cif.gz	889.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5a23.ent.gz	744.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5a23.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5a23_validation.pdf.gz	466.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5a23_full_validation.pdf.gz	501.7 KB	表示
XML形式データ	5a23_validation.xml.gz	83.9 KB	表示
CIF形式データ	5a23_validation.cif.gz	113.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a2/5a23 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a2/5a23	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5aijC 5ajlC 2cg3S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ajl-d 5aij-1 2cg3-1 4axh-d 2cg2-1 320 2yhe-3 2cfz-1 2cfu-1 4av7-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (3) #146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (1) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2)

登録構造単位

A: SDS HYDROLASE SDSA1

B: SDS HYDROLASE SDSA1

C: SDS HYDROLASE SDSA1

D: SDS HYDROLASE SDSA1

ヘテロ分子

291 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: SDS HYDROLASE SDSA1

C: SDS HYDROLASE SDSA1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
146 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: SDS HYDROLASE SDSA1

D: SDS HYDROLASE SDSA1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
146 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.900, 86.800, 129.030
Angle α, β, γ (deg.)	107.59, 102.96, 95.59
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.095, -0.995, 0.01), (-0.995, -0.095, 0.035), (-0.034, -0.013, -0.999)	15.52029, 35.0392, -149.76747
2	given	(-0.101, 0.995, -0.004), (0.994, 0.101, -0.03), (-0.029, -0.006, -1)	46.58707, -30.81123, -149.75478
3	given	(-1, -0.001, -0.003), (0.001, -1, -0.007), (-0.003, -0.007, 1)	61.21545, 3.13952, 0.11529

#1: タンパク質	SDS HYDROLASE SDSA1 / SDSA ALKYLSULFATASE 分子量: 72673.031 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: Q9I5I9
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.1 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7 詳細: 10% PEG 4000, 10% ISOPROPANOL, 100MM LICL, 100 MM SODIUM CITRATE PH 6.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9791
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.41→50 Å / Num. obs: 95678 / % possible obs: 71.8 % / Observed criterion σ(I): 1.65 / 冗長度: 2.97 % / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 15.34
反射シェル	解像度: 2.41→2.46 Å / 冗長度: 1.94 % / R_merge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 1.65 / % possible all: 59.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0107	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2CG3

2cg3

解像度: 2.41→118.77 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.901 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.853 / SU B: 27.741 / SU ML: 0.297 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.884 / ESU R Free: 0.392 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.30701	4958	5.2 %	RANDOM
R_work	0.25349	-	-	-
obs	0.25624	90647	71.66 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.865 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.23 Å²	0.12 Å²	-0.35 Å²
2-	-	0.6 Å²	-0.19 Å²
3-	-	-	-1.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.41→118.77 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19624	0	8	0	19632

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.019	20048
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	19048
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.894	1.96	27220
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.111	3	43484
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.792	5	2496
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.006	23.281	1012
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.164	15	3196
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.06	15	204
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	2932
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	23304
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	4892
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.954	4.308	10024
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.954	4.308	10025
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.792	6.452	12512
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.792	6.452	12512
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.493	4.462	10024
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.493	4.462	10025
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.139	6.626	14709
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.318	34.274	22874
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.318	34.277	22875
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.41→2.473 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.38	304	-
R_work	0.334	5513	-
obs	-	-	58.87 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1147	-0.003	0.0002	0.0242	0.014	0.0217	-0.0087	-0.0539	-0.0243	-0.025	-0.0028	-0.0045	-0.0123	-0.0164	0.0114	0.028	0.001	0.0083	0.0589	0.0063	0.0462	14.0327	-4.2545	-46.1032
2	0.0983	-0.0122	-0.0312	0.0638	0.0096	0.0235	0.0195	0.0127	0.0189	-0.0114	-0.0368	-0.0184	-0.0166	-0.0066	0.0174	0.0336	0.0027	-0.0077	0.0223	0.0117	0.056	35.4104	3.8462	-105.0003
3	0.0953	-0.051	-0.016	0.0822	-0.0442	0.0864	-0.0063	0.0157	-0.0401	0.0032	-0.0308	0.0129	0.0184	0.0069	0.0371	0.0324	0.0027	-0.0015	0.0197	-0.0184	0.0494	26.6606	-30.3724	-104.2693
4	0.2012	0.0098	-0.0344	0.0115	-0.0247	0.071	0.005	-0.064	0.0347	-0.0053	-0.0056	-0.0103	0.007	0.0272	0.0005	0.0065	-0.0109	0.0031	0.0503	0.0004	0.0617	47.2914	7.7629	-46.0348

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	20 - 524
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	530 - 615
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	20 - 524
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	530 - 615
5	X-RAY DIFFRACTION	3	C	20 - 524
6	X-RAY DIFFRACTION	3	C	530 - 615
7	X-RAY DIFFRACTION	4	D	20 - 524
8	X-RAY DIFFRACTION	4	D	530 - 615

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