PDB-5a0x: Substrate peptide-bound structure of metalloprotease Zmp1 variant...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5a0x

タイトル

Substrate peptide-bound structure of metalloprotease Zmp1 variant E143AY178F from Clostridium difficile

要素

SUBSTRATE PEPTIDE
ZINC METALLOPROTEASE ZMP1

キーワード

HYDROLASE / METALLOPROTEASE / PROLINE SPECIFICITY

機能・相同性

機能・相同性情報

Pro-Pro endopeptidase / metallopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

CLOSTRIDIUM DIFFICILE (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Schacherl, M. / Pichlo, C. / Neundorf, I. / Baumann, U.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: Structural Basis of Proline-Proline Peptide Bond Specificity of the Metalloprotease Zmp1 Implicated in Motility of Clostridium Difficile.
著者: Schacherl, M. / Pichlo, C. / Neundorf, I. / Baumann, U.

履歴

登録	2015年4月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年8月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年9月16日	Group: Database references
改定 1.2	2019年3月6日	Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.0	2019年10月23日	Group: Atomic model / Data collection / Other / カテゴリ: atom_site / pdbx_database_status Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 2.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.2	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5a0x.cif.gz	242.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5a0x.ent.gz	199.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5a0x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5a0x_validation.pdf.gz	435.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5a0x_full_validation.pdf.gz	435.8 KB	表示
XML形式データ	5a0x_validation.xml.gz	20.4 KB	表示
CIF形式データ	5a0x_validation.cif.gz	30.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/5a0x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/5a0x	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5a0pSC 5a0rC 5a0sC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6r51-2 6r4x-1 6r4w-1 6r51-1 5a0r-2 6r51-3 6r57-1 6r56-2 6r58-4 5a0r-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (3) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (3) #237 - 2019年9月ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ZINC METALLOPROTEASE ZMP1

B: ZINC METALLOPROTEASE ZMP1

C: SUBSTRATE PEPTIDE

D: SUBSTRATE PEPTIDE

ヘテロ分子

45.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ZINC METALLOPROTEASE ZMP1

C: SUBSTRATE PEPTIDE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: ZINC METALLOPROTEASE ZMP1

D: SUBSTRATE PEPTIDE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.435, 42.941, 123.244
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.09, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.8775, -0.0958, -0.47), (-0.0983, 0.995, -0.0191), (0.4694, 0.0294, -0.8825)
ベクター: 104.7987, 8.8916, 522.6555)

#1: タンパク質	ZINC METALLOPROTEASE ZMP1 分子量: 21909.646 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現詳細: WITHOUT SIGNAL PEPTIDE (MISSING AA 1-26), CLEAVED N-TERMINAL HIS-TAG WITH THROMBIN, RESULTING GSH- OVERHANG 由来: (組換発現) CLOSTRIDIUM DIFFICILE (バクテリア) 株: 630 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): STAR 参照: UniProt: Q183R7, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ
#2: タンパク質・ペプチド	SUBSTRATE PEPTIDE 分子量: 774.883 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) CLOSTRIDIUM DIFFICILE (バクテリア)
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 428 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
非ポリマーの詳細	AMIDATION (NH2): AMIDATION AT THE C-TERMINUS OF THE SUBSTRATE PEPTIDE ACETYLATION (ACE): ...AMIDATION (NH2): AMIDATION AT THE C-TERMINUS OF THE SUBSTRATE PEPTIDE ACETYLATION (ACE): ACETYLATION T THE N-TERMINUS OF THE SUBSTRATE PEPTIDE

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.08 % / 解説: NONE
結晶化	温度: 293 K / pH: 9 詳細: 2.25 AMMONIUM PHOSPHATE DIBASIC, 0.1 M TRIS PH 9.0 GROWN AT 293K

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→40.9 Å / Num. obs: 43083 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6 % / B_iso Wilson estimate: 16.49 Å² / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 9.58
反射シェル	解像度: 1.7→1.8 Å / 冗長度: 5.2 % / R_merge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 2.78 / % possible all: 87.8

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER	in	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 5A0P

5a0p

解像度: 1.7→40.85 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 20.01 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2082	2152	5 %
R_work	0.1796	-	-
obs	0.181	43067	99.64 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→40.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3127	0	2	428	3557

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3212
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.932	4352
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.71	1178
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.038	475
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	570

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.7396	0.2499	141	0.2134	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7396-1.7831	0.2641	143	0.211	2735	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7831-1.8313	0.2336	142	0.2069	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8313-1.8852	0.2145	143	0.2086	2722	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8852-1.946	0.2119	142	0.2022	2721	X-RAY DIFFRACTION	100
1.946-2.0156	0.2534	142	0.2026	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0156-2.0963	0.2542	143	0.1911	2724	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0963-2.1916	0.202	144	0.1843	2737	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1916-2.3072	0.2222	141	0.173	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3072-2.4517	0.2125	145	0.1782	2749	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4517-2.641	0.1998	143	0.1785	2722	X-RAY DIFFRACTION	100
2.641-2.9067	0.2	144	0.1838	2728	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9067-3.3271	0.2054	145	0.1853	2755	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3271-4.1912	0.2072	144	0.1597	2760	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1912-40.8615	0.1672	150	0.1581	2832	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.694	-1.2576	-2.0868	7.9628	0.7366	6.8036	0.0636	0.4201	0.3213	-0.4641	-0.0379	-0.7598	0.1325	0.2785	-0.0914	0.2366	-0.0062	0.0632	0.1663	-0.0046	0.163	-16.1066	-1.2653	244.5886
2	1.2896	-0.6828	-0.3521	4.7517	0.4119	1.8651	0.0188	0.1605	0.1051	-0.0503	-0.0355	-0.1416	-0.1335	0.0758	0.0004	0.1335	-0.0132	0.0294	0.1332	0.0193	0.0845	-22.5509	7.9821	253.4372
3	1.1305	1.0279	0.5349	3.1923	2.0281	3.7735	0.1492	0.0884	-0.0846	-0.425	-0.142	-0.0861	0.1735	-0.1282	0.0272	0.1737	-0.0111	0.0171	0.1343	0.0101	0.1051	-26.5716	-4.9608	248.9928
4	6.3239	4.0418	-2.1383	7.6322	-1.2143	3.2155	0.0218	0.2271	0.1661	-0.0905	0.2176	0.1662	-0.3315	-0.1448	-0.1187	0.0924	0.0219	0.004	0.1407	0.0227	0.179	-39.2278	5.5288	260.6143
5	4.0651	-1.2785	0.1827	1.4895	0.7519	3.72	-0.0585	-0.1291	0.1229	0.2978	0.0977	0.1394	-0.1259	-0.0527	0	0.1482	-0.0151	0.0397	0.1781	0.0164	0.1129	-36.5731	-1.0706	272.91
6	1.4798	-0.0943	-0.1884	2.4322	0.2543	1.5642	0.0534	-0.114	0.054	0.0543	-0.0546	-0.0011	-0.0425	0.0314	-0.0173	0.0797	-0.0042	0.0083	0.0901	0.0108	0.0799	-27.4779	-0.6901	262.6846
7	2.2678	0.8124	1.2435	1.8597	-0.4546	5.2579	0.1741	-0.0731	-0.1928	0.2875	-0.0459	-0.0033	0.5103	-0.0693	-0.1599	0.2162	-0.0199	0.0033	0.0884	-0.0115	0.1267	-26.2357	-20.5394	262.9014
8	5.1251	-0.9885	2.7994	2.2575	0.4455	2.4165	-0.1217	-0.0778	-0.0023	0.3768	0.0901	-0.1018	-0.0283	0.0386	0.0384	0.2507	-0.0146	-0.021	0.1479	0.015	0.0895	-24.8214	-12.5136	273.7324
9	2.7682	0.6933	-0.3801	2.0539	-0.2902	1.6305	-0.0362	-0.0182	-0.0582	0.0555	-0.0028	-0.3328	0.3593	0.2122	0.0208	0.1395	0.0347	-0.0081	0.0971	0.0067	0.1317	-16.1894	-13.2564	262.4751
10	2.194	0.1119	0.2777	2.5013	-0.0362	3.4712	0.0123	0.0059	0.0132	0.0421	-0.0037	0.1499	-0.3894	-0.1253	-0.0035	0.0999	0.0222	0.0172	0.1133	0.0062	0.1208	-16.9317	0.1058	299.2455
11	1.2613	0.0442	-0.4785	3.4192	-2.5178	3.3751	0.1684	-0.276	-0.1045	0.2369	-0.2019	0.0651	0.195	0.0985	0.0335	0.0896	0.0021	0.014	0.1203	0.0235	0.099	-11.6861	-9.347	303.5696
12	8.2536	-5.2559	1.0063	7.1313	-1.7994	2.7387	0.1264	-0.2147	0.2586	0.2417	-0.0091	-0.1053	-0.3043	0.4233	-0.1295	0.1678	-0.0626	0.0167	0.1668	-0.0263	0.1368	3.4933	3.0237	299.0087
13	2.0914	0.3251	-0.2113	1.5753	-0.1605	1.0541	0.0246	0.0928	0.0365	-0.0921	-0.0061	-0.0523	-0.0008	0.1467	-0.0103	0.1327	0.0025	0.0187	0.1345	0.0007	0.096	-1.7759	-4.3658	290.8847
14	2.4517	-0.2506	-0.2236	0.9061	-0.6386	1.5163	0.1047	0.091	-0.2377	-0.1225	-0.0766	-0.0407	0.0319	0.0874	-0.0236	0.2248	0.0082	-0.0096	0.1098	-0.0093	0.1398	-4.9775	-19.2387	287.665
15	3.0671	-2.4023	-0.4162	3.5393	2.7177	4.4757	0.1462	0.2507	-0.0288	-0.4286	-0.343	0.2496	-0.1224	-0.2373	0.0783	0.2661	-0.0087	-0.0438	0.1449	-0.0037	0.126	-18.0527	-15.0768	281.6547
16	3.2922	0.3292	-0.8833	2.9949	-0.8102	9.0095	0.0743	-0.1239	-0.3208	0.1956	-0.0907	0.0898	0.2666	-0.2413	0.024	0.2737	-0.0275	-0.0549	0.1109	0.0129	0.1689	-15.2237	-23.8152	289.5464
17	6.1594	0.9019	4.8213	2.7649	0.4566	5.6558	-0.0582	0.194	-0.2806	0.2242	0.2252	0.1523	-0.3269	-0.1382	-0.0843	0.1072	0.0211	0.0339	0.141	0.0127	0.1315	-30.5829	-4.4109	267.3745
18	4.6568	-1.0253	3.0373	3.9474	-5.2475	7.6444	0.0764	-0.0366	-0.0397	-0.2182	0.1024	-0.1568	0.0985	0.2817	-0.0678	0.2792	0.0329	0.0669	0.1156	-0.0057	0.13	0.3257	-7.8124	289.2475

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 27 THROUGH 40 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 41 THROUGH 63 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 64 THROUGH 82 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 83 THROUGH 95 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'A' AND (RESID 96 THROUGH 109 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'A' AND (RESID 110 THROUGH 151 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'A' AND (RESID 152 THROUGH 169 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'A' AND (RESID 170 THROUGH 182 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'A' AND (RESID 183 THROUGH 220 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'B' AND (RESID 30 THROUGH 63 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN 'B' AND (RESID 64 THROUGH 82 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN 'B' AND (RESID 83 THROUGH 95 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN 'B' AND (RESID 96 THROUGH 151 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN 'B' AND (RESID 152 THROUGH 195 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN 'B' AND (RESID 196 THROUGH 207 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN 'B' AND (RESID 208 THROUGH 220 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	CHAIN 'C' AND (RESID 2 THROUGH 8 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	CHAIN 'D' AND (RESID 2 THROUGH 8 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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