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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5a0x | |||||||||
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タイトル | Substrate peptide-bound structure of metalloprotease Zmp1 variant E143AY178F from Clostridium difficile | |||||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE / METALLOPROTEASE / PROLINE SPECIFICITY | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Pro-Pro endopeptidase / metallopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | CLOSTRIDIUM DIFFICILE (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Schacherl, M. / Pichlo, C. / Neundorf, I. / Baumann, U. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2015 タイトル: Structural Basis of Proline-Proline Peptide Bond Specificity of the Metalloprotease Zmp1 Implicated in Motility of Clostridium Difficile. 著者: Schacherl, M. / Pichlo, C. / Neundorf, I. / Baumann, U. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5a0x.cif.gz | 241.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5a0x.ent.gz | 199.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5a0x.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/5a0x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/5a0x | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.8775, -0.0958, -0.47), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21909.646 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 詳細: WITHOUT SIGNAL PEPTIDE (MISSING AA 1-26), CLEAVED N-TERMINAL HIS-TAG WITH THROMBIN, RESULTING GSH- OVERHANG 由来: (組換発現) CLOSTRIDIUM DIFFICILE (バクテリア) 株: 630 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): STAR 参照: UniProt: Q183R7, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 774.883 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) CLOSTRIDIUM DIFFICILE (バクテリア) #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | AMIDATION (NH2): AMIDATION AT THE C-TERMINUS OF THE SUBSTRATE PEPTIDE ACETYLATION (ACE): ...AMIDATION (NH2): AMIDATION AT THE C-TERMINUS OF THE SUBSTRATE PEPTIDE ACETYLATIO | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.08 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 温度: 293 K / pH: 9 詳細: 2.25 AMMONIUM PHOSPHATE DIBASIC, 0.1 M TRIS PH 9.0 GROWN AT 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→40.9 Å / Num. obs: 43083 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 16.49 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 9.58 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.8 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 2.78 / % possible all: 87.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 5A0P 解像度: 1.7→40.85 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 20.01 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.02 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→40.85 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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