PDB-5a0r: Product peptide-bound structure of metalloprotease Zmp1 variant E...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5a0r

タイトル

Product peptide-bound structure of metalloprotease Zmp1 variant E143A from Clostridium difficile

要素

PRODUCT PEPTIDE
ZINC METALLOPROTEASE ZMP1

キーワード

HYDROLASE / METALLOPROTEASE / ZMP1 / PROLINE SPECIFICITY

機能・相同性

機能・相同性情報

Pro-Pro endopeptidase / metallopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

CLOSTRIDIUM DIFFICILE (バクテリア)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.251 Å

データ登録者

Schacherl, M. / Pichlo, C. / Neundorf, I. / Baumann, U.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: Structural Basis of Proline-Proline Peptide Bond Specificity of the Metalloprotease Zmp1 Implicated in Motility of Clostridium Difficile.
著者: Schacherl, M. / Pichlo, C. / Neundorf, I. / Baumann, U.

履歴

登録	2015年4月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年8月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年9月16日	Group: Database references
改定 1.2	2019年3月6日	Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.0	2019年10月23日	Group: Atomic model / Data collection / Other / カテゴリ: atom_site / pdbx_database_status Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 2.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.2	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5a0r.cif.gz	244.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5a0r.ent.gz	202.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5a0r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5a0r_validation.pdf.gz	439.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5a0r_full_validation.pdf.gz	440.3 KB	表示
XML形式データ	5a0r_validation.xml.gz	20.8 KB	表示
CIF形式データ	5a0r_validation.cif.gz	31.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/5a0r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/5a0r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5a0pSC 5a0sC 5a0xC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6r59-1 6r59-2 6r51-1 6r58-2 6r5b-1 6r5c-2 5a0x-2 6r57-1 6dp0-d 3rxl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (3) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (3) #237 - 2019年9月ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ZINC METALLOPROTEASE ZMP1

B: ZINC METALLOPROTEASE ZMP1

D: PRODUCT PEPTIDE

E: PRODUCT PEPTIDE

ヘテロ分子

45.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ZINC METALLOPROTEASE ZMP1

D: PRODUCT PEPTIDE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: ZINC METALLOPROTEASE ZMP1

E: PRODUCT PEPTIDE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.060, 42.960, 119.210
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.54, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	2

/ NCSアンサンブル:

ID
1
2

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.864, 0.1518, -0.4801), (0.1323, -0.9884, -0.0744), (-0.4858, 0.0008, -0.8741)
ベクター: 124.5911, 9.1758, 483.6919)

#1: タンパク質	ZINC METALLOPROTEASE ZMP1 / ZMP1 分子量: 21925.646 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現詳細: WITHOUT SIGNAL PEPTIDE (MISSING AA 1-26), CLEAVED N-TERMINAL HIS-TAG WITH THROMBIN, RESULTING GSH- OVERHANG 由来: (組換発現) CLOSTRIDIUM DIFFICILE (バクテリア) 株: 630 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): STAR 参照: UniProt: Q183R7, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ
#2: タンパク質・ペプチド	PRODUCT PEPTIDE 分子量: 483.515 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 454 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
非ポリマーの詳細	ACETYLATION (ACE): ACETYLATION AT THE N-TERMINUS OF PRODUCT PEPTIDE GLYCEROL (GOL): ORIGINATES FROM ...ACETYLATION (ACE): ACETYLATION AT THE N-TERMINUS OF PRODUCT PEPTIDE GLYCEROL (GOL): ORIGINATES FROM CRYO-SOLUTION

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.14 % / 解説: NONE
結晶化	温度: 293 K / pH: 7 詳細: 1.8 M AMMONIUM PHOSPHATE DIBASIC, 0.1 M TRIS PH 8.5 GROWN AT 293 K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.25→40.4 Å / Num. obs: 102218 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4 % / B_iso Wilson estimate: 12.32 Å² / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 15.82
反射シェル	解像度: 1.25→1.33 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 2.67 / % possible all: 93.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER	in	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 5A0P

5a0p

解像度: 1.251→40.411 Å / SU ML: 0.1 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 15.3 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.162	5111	5 %
R_work	0.1415	-	-
obs	0.1425	102215	98.55 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.251→40.411 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3080	0	26	454	3560

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.015	3237
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.489	4387
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.825	1191
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	476
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	574

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.2508-1.265	0.2657	143	0.2428	2726	X-RAY DIFFRACTION	81
1.265-1.2799	0.2375	165	0.2179	3127	X-RAY DIFFRACTION	97
1.2799-1.2955	0.2111	164	0.2185	3131	X-RAY DIFFRACTION	96
1.2955-1.3119	0.2201	166	0.2047	3147	X-RAY DIFFRACTION	97
1.3119-1.3292	0.215	168	0.2021	3197	X-RAY DIFFRACTION	98
1.3292-1.3474	0.1868	169	0.1886	3203	X-RAY DIFFRACTION	98
1.3474-1.3667	0.2206	170	0.1884	3229	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3667-1.3871	0.2009	173	0.1845	3292	X-RAY DIFFRACTION	99
1.3871-1.4087	0.1949	168	0.1802	3194	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4087-1.4318	0.2127	176	0.1711	3340	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4318-1.4565	0.1707	169	0.1671	3217	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4565-1.483	0.1754	174	0.1614	3289	X-RAY DIFFRACTION	100
1.483-1.5115	0.1598	168	0.1545	3200	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5115-1.5424	0.1644	175	0.146	3317	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5424-1.5759	0.1694	169	0.1451	3230	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5759-1.6126	0.166	174	0.1416	3302	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6126-1.6529	0.1556	171	0.1433	3238	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6529-1.6976	0.159	171	0.1466	3248	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6976-1.7476	0.165	171	0.1482	3255	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7476-1.804	0.1825	171	0.1418	3250	X-RAY DIFFRACTION	99
1.804-1.8684	0.164	173	0.141	3292	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8684-1.9432	0.1515	172	0.1381	3258	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9432-2.0317	0.1539	172	0.1327	3264	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0317-2.1388	0.1252	171	0.1267	3255	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1388-2.2728	0.13	173	0.1244	3282	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2728-2.4482	0.1374	173	0.1252	3286	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4482-2.6946	0.1622	174	0.1314	3313	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6946-3.0844	0.1647	174	0.1352	3307	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0844-3.8855	0.1577	173	0.126	3291	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8855-40.4322	0.1583	181	0.1326	3424	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.909	0.43	0.273	3.2948	1.0164	1.5215	-0.0402	0.0965	-0.0269	-0.244	0.0196	-0.09	-0.0536	0.0508	0.0211	0.1176	-0.0089	0.022	0.0706	0.0082	0.0633	-44.064	-1.8462	242.7659
2	7.7592	4.5164	-2.4986	2.6752	-1.2194	2.7351	-0.0278	0.1041	0.4427	-0.0543	0.1581	0.3292	-0.2427	-0.252	-0.0998	0.1161	0.0326	-0.0052	0.1374	0.0095	0.1965	-60.3077	2.3506	253.8047
3	7.05	-0.564	2.1032	5.5859	-0.3075	7.0672	-0.1787	-0.7098	0.1178	0.5479	0.0561	0.0253	-0.196	-0.0337	0.1363	0.1397	0.0384	0.0293	0.274	0.0041	0.1328	-57.8572	-4.7919	265.9928
4	1.6196	0.1144	0.3606	1.9472	-0.0921	1.8226	-0.0555	-0.0954	0.0505	0.0254	-0.0124	0.016	-0.0773	-0.0482	0.0631	0.0823	0.0053	0.0039	0.0832	0.0023	0.0695	-48.6351	-4.273	255.4074
5	2.1849	0.8506	3.3834	0.9488	-0.0427	8.3079	0.0906	-0.103	-0.083	-0.0704	-0.0608	-0.0787	0.4092	-0.1811	-0.0566	0.1541	0.0097	0.0231	0.0711	-0.0017	0.1045	-47.2046	-23.7222	255.9894
6	3.5126	0.5038	-1.2716	2.4097	-0.2116	3.6229	0.0089	-0.1751	-0.0132	0.2094	-0.0392	-0.099	0.0378	-0.033	0.0369	0.0915	0.0054	-0.0136	0.0872	0.0101	0.0967	-43.9029	-14.8621	260.7772
7	3.0075	1.128	0.5794	4.057	-0.6001	1.2639	-0.0596	-0.0027	-0.3318	-0.0464	-0.0075	-0.5089	0.17	0.2435	0.0432	0.0862	0.034	0.0384	0.1148	0.0179	0.1882	-34.197	-17.9199	254.4646
8	2.3444	2.1199	0.3631	5.7597	1.9578	2.5364	0.1158	-0.0766	0.0294	0.0871	-0.1405	-0.0983	0.0067	0.0139	0.0267	0.0678	0.0218	-0.022	0.1203	0.0281	0.1047	-28.9098	-18.555	293.9321
9	0.8842	-0.1014	-0.0909	3.9672	2.1908	2.3863	0.0292	-0.0354	-0.0157	0.0109	-0.0442	-0.0969	-0.0299	0.0826	0.0174	0.0564	-0.0011	-0.012	0.1132	0.0132	0.0801	-31.5729	-12.8923	291.533
10	8.8317	-5.0475	-1.477	7.1673	1.9896	2.9538	0.0686	-0.3973	-0.3885	0.1724	0.1119	0.2248	0.2899	-0.2635	-0.1626	0.1009	-0.0305	-0.0229	0.1425	0.0623	0.1923	-48.8537	-21.3849	290.3352
11	5.852	1.0294	2.3271	1.7934	1.557	3.5079	0.0398	0.2885	-0.0858	-0.1106	-0.0181	0.2378	-0.0956	-0.1066	-0.0171	0.1038	0.0138	-0.0017	0.112	0.0207	0.1273	-49.3095	-15.2209	282.7633
12	1.4132	0.3331	0.9166	3.5313	0.3108	1.9143	0.005	0.1066	-0.0513	-0.2358	-0.0044	-0.0397	-0.0766	0.1138	0.0002	0.0786	0.0025	0.0029	0.1094	0.0044	0.0754	-38.2141	-11.7572	282.2401
13	2.6793	-0.6275	0.9748	3.6178	-1.0664	7.9595	-0.062	0.0639	0.1908	0.0634	0.026	0.176	-0.4206	-0.2171	-0.0015	0.1527	-0.0019	-0.03	0.0868	-0.0073	0.1433	-42.0101	6.4708	283.9466
14	3.5965	0.4109	1.0478	1.3758	0.5151	2.3046	-0.1328	0.1627	0.0848	-0.2051	-0.0181	0.0374	-0.1162	0.0597	0.1482	0.1518	0.0009	-0.0019	0.12	0.0208	0.0999	-40.5928	-1.9201	277.4982
15	2.3361	-1.6886	-1.3605	6.5531	1.5505	3.5915	0.0046	0.0322	0.1046	-0.3289	0.1251	-0.4195	-0.3088	0.3108	-0.1228	0.1333	-0.0402	0.0124	0.1703	0.0242	0.1403	-29.4743	2.674	278.38
16	5.4882	-0.7105	4.5129	2.0757	-1.0243	3.8147	0.2019	-0.3975	0.2842	0.0257	0.0027	0.2477	0.0699	-0.6008	-0.1872	0.1502	0.0018	0.0134	0.2105	-0.008	0.1743	-54.6572	-9.0777	257.1555
17	9.0612	3.8719	-1.7761	9.7523	-4.432	2.0471	0.2129	-0.1841	-0.0147	0.1967	0.0322	0.2292	-0.3589	0.1401	-0.2311	0.3299	-0.0381	0.0361	0.2837	-0.0433	0.231	-47.2121	-9.4036	285.2446

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 29 THROUGH 82 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 83 THROUGH 95 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 96 THROUGH 109 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 110 THROUGH 151 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'A' AND (RESID 152 THROUGH 169 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'A' AND (RESID 170 THROUGH 195 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'A' AND (RESID 196 THROUGH 220 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'B' AND (RESID 30 THROUGH 50 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'B' AND (RESID 51 THROUGH 82 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'B' AND (RESID 83 THROUGH 95 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN 'B' AND (RESID 96 THROUGH 124 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN 'B' AND (RESID 125 THROUGH 151 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN 'B' AND (RESID 152 THROUGH 169 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN 'B' AND (RESID 170 THROUGH 195 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN 'B' AND (RESID 196 THROUGH 220 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN 'D' AND (RESID 2 THROUGH 5 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	CHAIN 'E' AND (RESID 2 THROUGH 5 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)