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万見
- PDB-4zzl: MexR R21W derepressor mutant causing multidrug resistance in P. a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zzl
タイトルMexR R21W derepressor mutant causing multidrug resistance in P. aeruginosa by mexAB-oprM efflux pump expression
要素MULTIDRUG RESISTANCE OPERON REPRESSOR
キーワードTRANSCRIPTION / MEXR / MEXAB-OPRM EFFLUX PUMP / MD SIMULATION
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of transmembrane transport / DNA-binding transcription repressor activity / negative regulation of protein secretion / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / negative regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / MarR family / MarR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix multiple antibiotic resistance protein / MarR-type HTH domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Multidrug resistance operon repressor
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Anandapadamanaban, M. / Pilstal, R. / Ziauddin, J.M.E. / Moche, M. / Wallner, B. / Sunnerhagen, M.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Mutation-Induced Population Shift in the Mexr Conformational Ensemble Disengages DNA Binding: A Novel Mechanism for Marr Family Derepression.
著者: Anandapadamanaban, M. / Pilstal, R. / Andresen, C. / Trewhella, J. / Moche, M. / Wallner, B. / Sunnerhagen, M.
履歴
登録2015年4月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月24日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MULTIDRUG RESISTANCE OPERON REPRESSOR
B: MULTIDRUG RESISTANCE OPERON REPRESSOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9104
ポリマ－36,7262
非ポリマー1842
水2,270126
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5400 Å2
ΔGint-54.2 kcal/mol
Surface area15100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.880, 84.880, 114.187
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 MULTIDRUG RESISTANCE OPERON REPRESSOR / MEXR


分子量: 18363.008 Da / 分子数: 2 / 断片: HTH MARR-TYPE, RESIDUES 5-139 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / プラスミド: PNIC28-BSA4 VECTOR / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA 2 / 参照: UniProt: P52003
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細OUR CONSTRUCT STARTS FROM VAL 5 IN THE UNIPROT SEQUENCE, EXTRA SEQUENCE IN N-TERMINAL ...OUR CONSTRUCT STARTS FROM VAL 5 IN THE UNIPROT SEQUENCE, EXTRA SEQUENCE IN N-TERMINAL (MHHHHHHSSGVDLGTENLYFQSM)IS TEV PROTEASE CLEAVABLE 6X-HIS TAG, AND ITS LEFT UNCLEAVED PRIOR TO CRYSTALLIZATION.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.96 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.95
検出器タイプ: DECTRIS PIXEL / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年10月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→57.09 Å / Num. obs: 24956 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 21.2 % / Biso Wilson estimate: 45.09 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 24.9
反射 シェル解像度: 2.19→2.31 Å / 冗長度: 21.2 % / Rmerge(I) obs: 0.9 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.4精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1LNW

1lnw


解像度: 2.19→45.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9445 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9391 / SU R Cruickshank DPI: 0.168 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.171 / SU Rfree Blow DPI: 0.142 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.141
詳細: RESIDUES 30-32 ARE DISORDERED DEPOSITED MODEL SIDE-CHAINS FOR THE FOLLOWING RESIDUES ARE REMOVED DUE TO LACK OF ELECTRON DENSITY MAP. CHAIN A, ASP29, ASP34, ASP64, ASP99 AND CHAINB LEU139
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2062 1268 5.09 %RANDOM
Rwork0.1913 ---
obs0.192 24921 99.62 %-
原子変位パラメータBiso mean: 52.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.4456 Å20 Å20 Å2
2---5.4456 Å20 Å2
3---10.8912 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.268 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.19→45.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2260 0 12 126 2398
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012349HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.983182HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1139SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes70HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes337HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2349HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.62
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.87
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion300SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2864SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.19→2.28 Å / Total num. of bins used: 13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2696 135 5.11 %
Rwork0.2173 2505 -
all0.22 2640 -
obs--99.62 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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