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万見
- PDB-4zxa: Crystal Structure of hydroquinone 1,2-dioxygenase PnpCD in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zxa
タイトルCrystal Structure of hydroquinone 1,2-dioxygenase PnpCD in complex with Cd2+ and 4-hydroxybenzonitrile
要素
  • Hydroquinone dioxygenase large subunit
  • Hydroquinone dioxygenase small subunit
キーワードOXIDOREDUCTASE / dioxygenase / hydroquinone pathway / cupin
機能・相同性
機能・相同性情報


dioxygenase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Hydroquinone 1,2-dioxygenase large subunit, N-terminal / Hydroquinone 1,2-dioxygenase large subunit N-terminal / RmlC-like cupin domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold
類似検索 - ドメイン・相同性
: / 4-hydroxybenzonitrile / Hydroquinone dioxygenase large subunit / Hydroquinone dioxygenase small subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.488 Å
データ登録者Liu, S. / Su, T. / Zhang, C. / Gu, L.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31070655 中国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Crystal Structure of PnpCD, a Two-subunit Hydroquinone 1,2-Dioxygenase, Reveals a Novel Structural Class of Fe2+-dependent Dioxygenases.
著者: Liu, S. / Su, T. / Zhang, C. / Zhang, W.M. / Zhu, D. / Su, J. / Wei, T. / Wang, K. / Huang, Y. / Guo, L. / Xu, S. / Zhou, N.Y. / Gu, L.
履歴
登録2015年5月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月14日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hydroquinone dioxygenase small subunit
B: Hydroquinone dioxygenase small subunit
C: Hydroquinone dioxygenase small subunit
D: Hydroquinone dioxygenase small subunit
W: Hydroquinone dioxygenase large subunit
X: Hydroquinone dioxygenase large subunit
Y: Hydroquinone dioxygenase large subunit
Z: Hydroquinone dioxygenase large subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)227,67416
ポリマ－226,7488
非ポリマー9268
水12,953719
1
A: Hydroquinone dioxygenase small subunit
B: Hydroquinone dioxygenase small subunit
W: Hydroquinone dioxygenase large subunit
X: Hydroquinone dioxygenase large subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,8378
ポリマ－113,3744
非ポリマー4634
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15020 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area36600 Å2
手法PISA
2
C: Hydroquinone dioxygenase small subunit
D: Hydroquinone dioxygenase small subunit
Y: Hydroquinone dioxygenase large subunit
Z: Hydroquinone dioxygenase large subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,8378
ポリマ－113,3744
非ポリマー4634
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14960 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area36700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.023, 181.048, 186.813
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Hydroquinone dioxygenase small subunit


分子量: 18308.932 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas sp. (strain WBC-3) (バクテリア)
株: WBC-3 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C1I210
#2: タンパク質
Hydroquinone dioxygenase large subunit


分子量: 38377.953 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas sp. (strain WBC-3) (バクテリア)
株: WBC-3 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C1I209
#3: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#4: 化合物
ChemComp-H8N / 4-hydroxybenzonitrile / 4-ヒドロキシベンゾニトリル


分子量: 119.121 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H5NO
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 719 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Sodium thiocyanate, 20% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月1日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.488→50 Å / Num. obs: 92003 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.2 % / Rsym value: 0.102 / Net I/σ(I): 29.3
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 7.1 % / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.6.4_486精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.488→40.732 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.36 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2373 4435 5.01 %Random
Rwork0.1865 ---
obs0.189 88538 95.83 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 20.296 Å2 / ksol: 0.311 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.6618 Å20 Å2-0 Å2
2--9.2656 Å20 Å2
3----3.6038 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.488→40.732 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15448 0 40 719 16207
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00815997
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.06721734
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.1525781
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0722284
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052869
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4883-2.51650.3271200.23942194X-RAY DIFFRACTION76
2.5165-2.54610.2961410.23082583X-RAY DIFFRACTION91
2.5461-2.57720.28871210.22572656X-RAY DIFFRACTION90
2.5772-2.60980.28041450.2372598X-RAY DIFFRACTION91
2.6098-2.64410.3011360.23172667X-RAY DIFFRACTION92
2.6441-2.68040.27961490.23112657X-RAY DIFFRACTION93
2.6804-2.71860.34481260.22842704X-RAY DIFFRACTION93
2.7186-2.75920.31891530.21872716X-RAY DIFFRACTION93
2.7592-2.80230.24891370.20582751X-RAY DIFFRACTION95
2.8023-2.84820.27911420.22172742X-RAY DIFFRACTION94
2.8482-2.89730.28041660.22262674X-RAY DIFFRACTION94
2.8973-2.950.28391600.21832771X-RAY DIFFRACTION95
2.95-3.00670.27231410.21462782X-RAY DIFFRACTION96
3.0067-3.06810.30251530.21432786X-RAY DIFFRACTION96
3.0681-3.13480.28731640.20342792X-RAY DIFFRACTION97
3.1348-3.20770.25741450.20982861X-RAY DIFFRACTION97
3.2077-3.28790.26631410.20122840X-RAY DIFFRACTION99
3.2879-3.37670.24711480.20542906X-RAY DIFFRACTION99
3.3767-3.4760.26491620.19662865X-RAY DIFFRACTION99
3.476-3.58820.26711320.19582892X-RAY DIFFRACTION99
3.5882-3.71630.24031390.18352956X-RAY DIFFRACTION99
3.7163-3.8650.22621680.18642895X-RAY DIFFRACTION99
3.865-4.04080.22641280.16892919X-RAY DIFFRACTION99
4.0408-4.25360.18971690.14942907X-RAY DIFFRACTION99
4.2536-4.51980.15491360.13262950X-RAY DIFFRACTION100
4.5198-4.86820.1851730.13422927X-RAY DIFFRACTION100
4.8682-5.35720.20131760.1512933X-RAY DIFFRACTION100
5.3572-6.13010.20071430.1743000X-RAY DIFFRACTION100
6.1301-7.71470.21471470.18223048X-RAY DIFFRACTION100
7.7147-40.73730.19191740.17813131X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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