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- PDB-4zx2: Co-crystal structures of PP5 in complex with 5-methyl-7-oxabicycl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zx2
タイトルCo-crystal structures of PP5 in complex with 5-methyl-7-oxabicyclo[2.2.1]heptane-2,3-dicarboxylic acid
要素Serine/threonine-protein phosphatase 5
キーワードHydrolase/Hydrolase Inhibitor / Protein phosphatase 5 / Hydrolase-Hydrolase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


response to arachidonate / peptidyl-serine dephosphorylation / peptidyl-threonine dephosphorylation / protein folding chaperone complex / response to morphine / protein serine/threonine phosphatase activity / myosin phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / phosphatase activity / phosphoprotein phosphatase activity ...response to arachidonate / peptidyl-serine dephosphorylation / peptidyl-threonine dephosphorylation / protein folding chaperone complex / response to morphine / protein serine/threonine phosphatase activity / myosin phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / phosphatase activity / phosphoprotein phosphatase activity / protein dephosphorylation / ESR-mediated signaling / response to lead ion / ADP binding / Hsp90 protein binding / tau protein binding / Negative regulation of MAPK pathway / MAPK cascade / double-strand break repair / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / mitotic cell cycle / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / intracellular membrane-bounded organelle / DNA-templated transcription / lipid binding / protein-containing complex / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
PPP domain / PP5, C-terminal metallophosphatase domain / : / PPP5 TPR repeat region / Serine/threonine specific protein phosphatases signature. / Protein phosphatase 2A homologues, catalytic domain. / Serine/threonine-specific protein phosphatase/bis(5-nucleosyl)-tetraphosphatase / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / Tetratricopeptide repeat ...PPP domain / PP5, C-terminal metallophosphatase domain / : / PPP5 TPR repeat region / Serine/threonine specific protein phosphatases signature. / Protein phosphatase 2A homologues, catalytic domain. / Serine/threonine-specific protein phosphatase/bis(5-nucleosyl)-tetraphosphatase / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / Tetratricopeptide repeat / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / 4-Layer Sandwich / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4TE / : / Serine/threonine-protein phosphatase 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.23 Å
データ登録者Chattopadhyay, D. / Swingle, M.R. / Salter, E.A. / Wierzbicki, A. / Honkanen, R.E.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)5U54MH084512 米国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)1RO3MH05702 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R21NS071553 米国
引用
ジャーナル: Biochem. Pharmacol. / 年: 2016
タイトル: Crystal structures and mutagenesis of PPP-family ser/thr protein phosphatases elucidate the selectivity of cantharidin and novel norcantharidin-based inhibitors of PP5C.
著者: Chattopadhyay, D. / Swingle, M.R. / Salter, E.A. / Wood, E. / D'Arcy, B. / Zivanov, C. / Abney, K. / Musiyenko, A. / Rusin, S.F. / Kettenbach, A. / Yet, L. / Schroeder, C.E. / Golden, J.E. / ...著者: Chattopadhyay, D. / Swingle, M.R. / Salter, E.A. / Wood, E. / D'Arcy, B. / Zivanov, C. / Abney, K. / Musiyenko, A. / Rusin, S.F. / Kettenbach, A. / Yet, L. / Schroeder, C.E. / Golden, J.E. / Dunham, W.H. / Gingras, A.C. / Banerjee, S. / Forbes, D. / Wierzbicki, A. / Honkanen, R.E.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Structural basis for the catalytic activity of human serine/threonine protein phosphatase-5.
著者: Swingle, M.R. / Honkanen, R.E. / Ciszak, E.M.
履歴
登録2015年5月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年2月8日Group: Database references
改定 1.22017年9月6日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein phosphatase 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4336
ポリマ－37,8871
非ポリマー5465
水6,197344
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.600, 90.831, 94.827
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein phosphatase 5 / PP5 / Protein phosphatase T / PPT


分子量: 37887.020 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 169-499 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPP5C, PPP5 / プラスミド: pMal2cE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P53041, protein-serine/threonine phosphatase

-
非ポリマー , 5種, 349分子

#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-4TE / (1S,2R,3S,4R,5S)-5-methyl-7-oxabicyclo[2.2.1]heptane-2,3-dicarboxylic acid


分子量: 200.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H12O5
#4: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 344 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.95 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 25% MPD, 6% PEG, 10 mM Tris, pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.19→94.83 Å / Num. obs: 107757 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 18.3
反射 シェル解像度: 1.19→1.25 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.594 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 72.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1S95

1s95


解像度: 1.23→40.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 0.518 / SU ML: 0.023 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.039 / ESU R Free: 0.04 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.175 4984 5 %RANDOM
Rwork0.16277 ---
obs0.16339 95453 97.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.248 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.21 Å20 Å20 Å2
2---0.43 Å20 Å2
3---0.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.23→40.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2600 0 32 344 2976
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.022816
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2531.9743842
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0565360
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.46324.963135
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.25715499
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.1281511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2417
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212165
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.23→1.262 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.272 333 -
Rwork0.244 6121 -
obs--90.05 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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