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- PDB-4zwp: Crystal structure of organophosphate anhydrolase/prolidase mutant... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zwp
タイトルCrystal structure of organophosphate anhydrolase/prolidase mutant Y212F
要素OPAA organophosphate prolidase anhydrolase
キーワードHYDROLASE / OPAA organophosphate prolidase anhydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


diisopropyl-fluorophosphatase / diisopropyl-fluorophosphatase activity / Xaa-Pro dipeptidase / proline dipeptidase activity / aryldialkylphosphatase / aryldialkylphosphatase activity / metalloexopeptidase activity / aminopeptidase activity / response to toxic substance / proteolysis ...diisopropyl-fluorophosphatase / diisopropyl-fluorophosphatase activity / Xaa-Pro dipeptidase / proline dipeptidase activity / aryldialkylphosphatase / aryldialkylphosphatase activity / metalloexopeptidase activity / aminopeptidase activity / response to toxic substance / proteolysis / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Xaa-Pro dipeptidase / : / Xaa-Pro dipeptidase, N-terminal domain / : / Peptidase M24B, X-Pro dipeptidase/aminopeptidase P, conserved site / Aminopeptidase P and proline dipeptidase signature. / Creatine Amidinohydrolase; Chain A, domain 1 / Creatinase/prolidase N-terminal domain / Creatinase/Aminopeptidase P/Spt16, N-terminal / Creatine Amidinohydrolase ...Xaa-Pro dipeptidase / : / Xaa-Pro dipeptidase, N-terminal domain / : / Peptidase M24B, X-Pro dipeptidase/aminopeptidase P, conserved site / Aminopeptidase P and proline dipeptidase signature. / Creatine Amidinohydrolase; Chain A, domain 1 / Creatinase/prolidase N-terminal domain / Creatinase/Aminopeptidase P/Spt16, N-terminal / Creatine Amidinohydrolase / Creatinase/methionine aminopeptidase superfamily / Peptidase M24 / Metallopeptidase family M24 / Creatinase/aminopeptidase-like / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / N,N'-bis(1-methylethyl)phosphorodiamidic acid / : / Xaa-Pro dipeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Alteromonas sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.397 Å
データ登録者Daczkowski, C.M. / Pegan, S.D. / Harvey, S.P.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Engineering the Organophosphorus Acid Anhydrolase Enzyme for Increased Catalytic Efficiency and Broadened Stereospecificity on Russian VX.
著者: Daczkowski, C.M. / Pegan, S.D. / Harvey, S.P.
履歴
登録2015年5月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月28日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: citation / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: OPAA organophosphate prolidase anhydrolase
B: OPAA organophosphate prolidase anhydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,02815
ポリマ－100,7792
非ポリマー1,24913
水6,792377
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5200 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area34010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.493, 68.179, 142.479
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.500, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-503-

BA

21A-781-

HOH

31B-632-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 OPAA organophosphate prolidase anhydrolase / X-Pro dipeptidase / DFPase / Imidodipeptidase / Organophosphorus acid anhydrolase 2 / OPAA-2 / ...X-Pro dipeptidase / DFPase / Imidodipeptidase / Organophosphorus acid anhydrolase 2 / OPAA-2 / Paraoxon hydrolase / Phosphotriesterase / Proline dipeptidase / Prolidase


分子量: 50389.578 Da / 分子数: 2 / 変異: Y212F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Alteromonas sp. (バクテリア) / 遺伝子: pepQ, opaA / プラスミド: pSE420 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q44238, Xaa-Pro dipeptidase

-
非ポリマー , 5種, 390分子

#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-BA / BARIUM ION / バリウムジカチオン


分子量: 137.327 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ba
#4: 化合物 ChemComp-M44 / N,N'-bis(1-methylethyl)phosphorodiamidic acid / N,N′-ジイソプロピルホスホロジアミド酸


分子量: 180.185 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H17N2O2P
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 377 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.85 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 4% PEG 4,000, 20% Isopropanol, 11 mM BaCl2, 790 uM mipafox

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.397→50 Å / Num. obs: 37080 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 10.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX精密化
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ZWO

4zwo


解像度: 2.397→48.936 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.49 / 位相誤差: 23.7 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2259 1990 5.67 %
Rwork0.1726 33100 -
obs0.1756 35090 94.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 163.2 Å2 / Biso mean: 39.1694 Å2 / Biso min: 13.13 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.397→48.936 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6876 0 46 377 7299
Biso mean--59.48 40.34 -
残基数----850
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0077127
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9569677
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0371020
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041277
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2212574
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3972-2.45710.2875880.22451572166064
2.4571-2.52360.25331400.21932205234589
2.5236-2.59780.28881490.21132416256596
2.5978-2.68170.2711410.21262439258099
2.6817-2.77750.26821510.20942454260599
2.7775-2.88870.32141490.209624652614100
2.8887-3.02020.25811450.20812487263299
3.0202-3.17940.27571530.203824862639100
3.1794-3.37850.25741470.18472474262199
3.3785-3.63930.21331410.16692439258097
3.6393-4.00540.21571420.16242300244292
4.0054-4.58460.19841420.13182379252195
4.5846-5.77460.16491520.13012450260297
5.7746-48.94640.18091500.15772534268498
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.45830.54830.43983.74990.8961.6843-0.031-0.05430.02330.08950.0815-0.3818-0.07750.3072-0.06780.20910.0144-0.02630.29210.03160.284673.4061-18.6387179.8991
21.238-2.0216-3.29553.26745.35358.78470.09070.0072-0.2696-0.5508-0.1714-0.0657-1.07190.2710.00380.8683-0.1287-0.02450.49440.13490.716177.4121-15.3861163.2555
35.1124-0.5612-0.93643.5971-0.52733.31420.11890.1122-0.22430.2508-0.2033-0.73610.19320.88370.08490.33230.0286-0.10920.48310.0110.458581.2361-23.2413179.6467
47.4707-4.5002-5.78029.15635.877.4621-0.2199-0.2956-0.93680.5941-0.0738-0.16040.83710.12190.28850.323-0.0275-0.09950.43060.10550.387275.4598-30.5944188.1556
55.50840.88943.54621.6105-0.09074.14-0.2349-0.11790.44020.16990.01760.0348-0.6209-0.26390.22190.28430.09560.03790.2493-0.01850.270455.2758-8.9849178.082
65.52460.96460.24872.44350.78183.0855-0.0860.2231-0.1772-0.03840.00680.1461-0.1289-0.23860.08910.26630.0660.01060.2750.01380.258444.3016-17.7671166.2295
74.66090.8148-0.27241.01090.20051.2855-0.0139-0.34970.22350.2194-0.02720.2362-0.1361-0.3650.03890.37080.10030.01720.3345-0.01590.271538.2654-12.6374185.2695
87.43513.303-0.41322.57531.33236.1733-0.28190.68430.27290.8060.20950.62010.29480.87990.05650.66-0.00310.03810.61870.13790.509854.8479-19.0729195.8191
98.68155.70181.78876.01980.95920.94770.2993-0.34530.03420.3069-0.17780.2520.0051-0.2721-0.15440.37470.0929-0.00420.3582-0.01630.201336.743-20.2517186.2784
109.10725.0390.64945.630.2320.8226-0.01530.18010.41830.02130.07080.2217-0.1652-0.1489-0.03250.3290.133-0.00450.3146-0.0310.232238.7411-9.8716181.0085
112.00671.49221.052.09441.77792.2424-0.0529-0.049-0.22360.2216-0.06570.05520.4073-0.25670.12270.3261-0.04030.03370.26670.05250.283952.5814-45.4927163.5582
124.9538-1.2627-2.28449.55583.88498.4955-0.231-0.50610.4374-0.50730.65070.3319-0.4118-0.2082-0.42440.66130.1694-0.04520.57410.02990.693339.4149-33.9237172.7625
137.6896-1.7733-4.30585.25584.07966.78870.07420.3955-0.78060.5669-0.02460.48741.0896-1.4982-0.15260.4237-0.17530.08450.5087-00.4541.4156-47.5593161.5413
147.0921-2.2042-0.96545.4859-0.76893.33-0.2916-0.9078-0.58641.09910.28550.40640.4775-0.1083-0.02440.65-0.0826-0.01150.45250.07520.328753.9928-50.2943175.1207
151.50480.985-0.10942.0850.26571.1121-0.01140.1409-0.07190.08560.0334-0.03630.027-0.1107-0.03920.20820.01990.01690.2906-0.0130.175657.6391-32.317154.0232
166.5139-3.0094-4.95811.8152.39483.8832-0.2618-0.02020.07370.27630.1224-0.12520.2180.460.0810.3127-0.0087-0.03820.33810.03920.297669.8205-16.1179153.7535
171.91910.203-1.07880.8735-0.10821.5196-0.0460.227-0.0351-0.09790.0427-0.1913-0.08570.01190.01960.2605-0.0346-0.01140.3107-0.00270.22871.7404-26.6528140.6195
188.62465.9699-4.1795.7917-6.19778.67440.5414-1.0949-0.17780.3074-1.2871-0.9813-0.57910.65950.90230.69970.09790.00540.72910.05510.492174.0942-47.7674149.6081
195.25543.7743-0.51546.12770.52642.02620.10710.0396-0.09050.3357-0.0511-0.1551-0.05960.085-0.11860.2478-0.0093-0.01340.30650.01410.17775.2727-30.735144.608
202.46041.5137-0.35534.39940.17992.0064-0.11880.3920.1133-0.07290.185-0.0831-0.15870.0141-0.06790.2290.01440.00630.30840.03670.190470.7554-25.574138.9223
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 3:86)A3 - 86
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 87:99)A87 - 99
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 100:134)A100 - 134
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 135:149)A135 - 149
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 150:190)A150 - 190
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 191:247)A191 - 247
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 248:345)A248 - 345
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 346:371)A346 - 371
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 372:401)A372 - 401
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 402:440)A402 - 440
11X-RAY DIFFRACTION11(chain B and resid 2:85)B2 - 85
12X-RAY DIFFRACTION12(chain B and resid 86:98)B86 - 98
13X-RAY DIFFRACTION13(chain B and resid 99:108)B99 - 108
14X-RAY DIFFRACTION14(chain B and resid 109:134)B109 - 134
15X-RAY DIFFRACTION15(chain B and resid 135:216)B135 - 216
16X-RAY DIFFRACTION16(chain B and resid 217:231)B217 - 231
17X-RAY DIFFRACTION17(chain B and resid 232:347)B232 - 347
18X-RAY DIFFRACTION18(chain B and resid 348:369)B348 - 369
19X-RAY DIFFRACTION19(chain B and resid 370:397)B370 - 397
20X-RAY DIFFRACTION20(chain B and resid 398:440)B398 - 440

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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