PDB-4zwm: 2.3 A resolution crystal structure of the ornithine aminotransfer...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zwm

タイトル

2.3 A resolution crystal structure of the ornithine aminotransferase from Toxoplasma gondii ME49

要素

Ornithine aminotransferase, mitochondrial, putative

キーワード

TRANSFERASE / Structural Genomics / pyridoxal 5'-phosphate (PLP)-independent aminotransferase / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

L-arginine catabolic process to proline via ornithine / ornithine aminotransferase activity / ornithine aminotransferase / L-arginine catabolic process to L-glutamate / L-proline biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Toxoplasma gondii ME49 (トキソプラズマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.31 Å

データ登録者

Filippova, E.V. / Minasov, G. / Flores, K. / Van Le, H. / Silverman, R.B. / McLeod, R. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: 2.3 A resolution crystal structure of the ornithine aminotransferase from Toxoplasma gondii ME49
著者: Filippova, E.V. / Minasov, G. / Flores, K. / Van Le, H. / Silverman, R.B. / McLeod, R. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2015年5月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年6月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list / software Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4zwm.cif.gz	333 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4zwm.ent.gz	272.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4zwm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zw/4zwm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zw/4zwm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4nogS 4zlv S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5dj9-d 5eav-d 5e3k-d 6oia-1 5e5i-d 4adb-1 6v8c-2 6ssg-d 4br7-1 4e3r-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-idp92102

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Ornithine aminotransferase, mitochondrial, putative

B: Ornithine aminotransferase, mitochondrial, putative

ヘテロ分子

98.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.418, 60.804, 63.379
Angle α, β, γ (deg.)	100.70, 92.63, 107.68
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Ornithine aminotransferase, mitochondrial, putative 分子量: 48394.223 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Toxoplasma gondii ME49 (トキソプラズマ) 遺伝子: TGME49_269110 / プラスミド: pMCSG28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)/pMagic / 参照: UniProt: S8EY38, ornithine aminotransferase
#2: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.16 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.2 M AmmSO4, 0.1 M Bis-Tris, 25% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.9788 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月23日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9788 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→30 Å / Num. all: 33287 / Num. obs: 33287 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 15.7
反射シェル	解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BLU-MAX		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.8.0107	精密化
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4NOG

4nog

解像度: 2.31→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.908 / SU B: 17.568 / SU ML: 0.212 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.554 / ESU R Free: 0.285 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25848	1595	4.8 %	RANDOM
R_work	0.18639	-	-	-
obs	0.1899	31691	96.27 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.965 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.8 Å²	-1.02 Å²	-0.77 Å²
2-	-	0.16 Å²	-1.28 Å²
3-	-	-	0.48 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.31→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6546	0	90	171	6807

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	6779
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	6487
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.561	1.982	9190
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.98	3	14909
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.669	5	848
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.704	23.443	305
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.212	15	1151
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.032	15	61
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	1026
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	7637
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1516
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.821	2.182	3392
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.82	2.182	3391
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.406	3.269	4240
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.406	3.27	4241
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.255	2.389	3387
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.898	2.368	3340
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.518	3.493	4879
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	3.253	17.581	7589
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	3.193	17.528	7557
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.306→2.366 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.295	115	-
R_work	0.253	2181	-
obs	-	-	89.69 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2124	-0.1299	0.4462	0.4783	-0.2849	0.9212	0.014	0.2424	0.0889	-0.1751	-0.0022	-0.0712	0.0296	0.0765	-0.0118	0.0783	0.008	0.0465	0.1155	0.0285	0.0637	38.4568	15.5051	47.4865
2	0.6522	0.2054	-0.0061	0.8249	-0.055	0.3856	-0.027	-0.0009	-0.0165	-0.0064	0.0283	0.0571	0.0069	-0.0388	-0.0013	0.0485	0.0408	0.0113	0.1104	0.007	0.1037	19.3413	0.8441	65.2901
3	1.2288	-0.4913	-0.3842	5.5599	1.3066	1.8286	-0.1483	0.2438	-0.0402	-0.5054	0.1226	0.3516	0.1526	-0.2932	0.0256	0.1998	-0.0623	-0.0548	0.1208	0.0136	0.029	16.7422	0.9322	37.591
4	2.2486	0.164	-0.2022	1.6265	-0.5146	2.0625	-0.1475	0.1398	-0.1381	-0.4547	0.118	0.0001	0.3011	0.0339	0.0294	0.2434	-0.044	0.0274	0.1228	0.0029	0.0141	27.4856	-0.2089	36.6878
5	3.0033	0.4841	-1.4519	1.8112	0.5135	1.025	0.227	0.0533	0.5303	0.2705	-0.0795	0.3492	-0.008	-0.0646	-0.1476	0.0777	0.0438	0.0641	0.1066	-0.0073	0.1714	16.1067	25.4566	71.8277
6	0.6469	-0.0181	-0.3828	0.9028	0.0448	0.7531	0.0411	0.1008	0.1541	0.0725	-0.0853	0.0217	-0.0477	0.0117	0.0442	0.0719	0.0262	0.0148	0.099	0.0157	0.117	37.2721	23.1729	64.2687
7	0.5003	0.1216	-0.0025	0.6032	-0.3187	0.5434	-0.0034	-0.0152	-0.0208	0.0307	-0.0013	-0.0458	-0.0163	0.0478	0.0047	0.0678	0.0239	0.0106	0.1065	-0.001	0.1075	45.4854	2.8495	73.1618
8	1.6114	0.2119	-0.4724	1.958	0.1469	3.006	0.0081	-0.1363	-0.0221	0.4896	-0.0529	-0.0097	-0.2633	0.1499	0.0449	0.2473	-0.0197	0.0217	0.0212	-0.0066	0.0361	40.7532	25.5204	89.597

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	18 - 101
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	102 - 334
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	335 - 370
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	371 - 439
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	17 - 53
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	54 - 124
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	125 - 334
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	335 - 440

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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