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- PDB-4zv9: 2.00 Angstrom resolution crystal structure of an uncharacterized ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zv9
タイトル2.00 Angstrom resolution crystal structure of an uncharacterized protein from Escherichia coli O157:H7 str. Sakai
要素Uncharacterized protein
キーワードStructural Genomics / Unknown Function / MCSG / Human Microbiome / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
: / : / Dienelactone hydrolase / Dienelactone hydrolase family / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / PHOSPHATE ION / Dienelactone hydrolase family protein / Enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Halavaty, A.S. / Wawrzak, Z. / Filippova, E.V. / Kiryukhina, O. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: 2.00 Angstrom resolution crystal structure of an uncharacterized protein from Escherichia coli O157:H7 str. Sakai
著者: Halavaty, A.S. / Wawrzak, Z. / Filippova, E.V. / Kiryukhina, O. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
履歴
登録2015年5月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein
C: Uncharacterized protein
D: Uncharacterized protein
E: Uncharacterized protein
F: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,69119
ポリマ－158,4196
非ポリマー1,27213
水23,6361312
1
A: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6794
ポリマ－26,4031
非ポリマー2763
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5903
ポリマ－26,4031
非ポリマー1872
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4031
ポリマ－26,4031
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4952
ポリマ－26,4031
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7384
ポリマ－26,4031
非ポリマー3343
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7865
ポリマ－26,4031
非ポリマー3824
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.615, 96.341, 129.617
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.22, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14A
24E
15A
25F
16B
26C
17B
27D
18B
28E
19B
29F
110C
210D
111C
211E
112C
212F
113D
213E
114D
214F
115E
215F

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010A57 - 294
2010B57 - 294
1020A57 - 294
2020C57 - 294
1030A57 - 294
2030D57 - 294
1040A57 - 294
2040E57 - 294
1050A57 - 294
2050F57 - 294
1060B57 - 294
2060C57 - 294
1070B57 - 294
2070D57 - 294
1080B57 - 294
2080E57 - 294
1090B57 - 294
2090F57 - 294
10100C57 - 294
20100D57 - 294
10110C57 - 294
20110E57 - 294
10120C57 - 294
20120F57 - 294
10130D57 - 294
20130E57 - 294
10140D57 - 294
20140F57 - 294
10150E57 - 294
20150F57 - 294

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Uncharacterized protein


分子量: 26403.164 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) / 株: Sakai / 遺伝子: ECs3884 / プラスミド: pMCSG73 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)/pMagic / 参照: UniProt: Q7AAT4, UniProt: Q8XBV0*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 1325分子

#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1312 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.35 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: Crystallization: The JCSG+ Suite (D12): 0.04 M Potasium phosphate, 16% (w/v) PEG 8000, 20% (v/v) glycerol Protein: 8.7 mg/ml in 10 mM Tris-HCl pH 8.3, 0.25 M NaCl, 5 mM BME Freezing: crystallization condition

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月14日
放射モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→39 Å / Num. obs: 115793 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 21.7
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→38.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 6.683 / SU ML: 0.099 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.177 / ESU R Free: 0.148 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.199 5263 4.9 %RANDOM
Rwork0.168 ---
obs0.169 101473 92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å20 Å20.29 Å2
2--0.58 Å20 Å2
3----0.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→38.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11136 0 82 1312 12530
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.01911795
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.0210881
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3621.96516062
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.123325050
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.45951475
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.96624.039567
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.978151665
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.6611567
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.21651
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02113780
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.022815
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A142490.07
12B142490.07
21A142270.07
22C142270.07
31A141380.07
32D141380.07
41A140810.07
42E140810.07
51A142550.07
52F142550.07
61B139580.08
62C139580.08
71B141650.07
72D141650.07
81B139670.08
82E139670.08
91B142760.06
92F142760.06
101C137660.09
102D137660.09
111C137970.09
112E137970.09
121C140320.08
122F140320.08
131D141230.08
132E141230.08
141D141770.08
142F141770.08
151E140840.08
152F140840.08
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.237 270 -
Rwork0.207 5024 -
obs--62.06 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.366-0.68820.18182.3821-1.09872.32020.226-0.00720.2235-0.2424-0.2063-0.1262-0.02330.1884-0.01970.0615-0.02560.0080.1287-0.01670.120763.988357.459385.7259
22.947-0.2241-0.14380.4235-0.21911.29760.0625-0.56850.16740.1123-0.0145-0.0339-0.06550.2843-0.0480.0371-0.0412-0.00350.2521-0.05210.071671.454458.239399.9434
31.2250.4480.30641.19860.88732.02680.1327-0.2597-0.13930.2138-0.1003-0.00940.33940.0607-0.03240.07180.0009-0.02110.0933-0.00310.099818.72218.580887.6796
41.5006-0.0630.2270.18570.06091.23360.0393-0.0546-0.04760.0123-0.0442-0.00230.1203-0.0810.00490.017-0.0023-0.01890.029-0.02830.07469.738412.10774.7709
52.75271.7792-0.07735.4563-0.86932.35840.09150.2344-0.52760.0209-0.2559-1.58710.39380.46250.16440.33870.1871-0.1110.17080.02710.613971.523619.2725126.2282
63.73981.3194-0.51975.0708-0.60132.57510.4012-0.1789-0.40111.0936-0.6548-2.0608-0.06970.68820.25360.53940.0048-0.50320.3390.22110.96380.398427.9845136.5857
72.80580.4054-1.07224.88472.03572.92660.4117-0.3086-0.29460.6181-0.3187-0.40270.3810.1251-0.0930.57620.0921-0.21060.15750.07090.187956.44525.8638130.5288
82.00610.29920.30492.201-0.33630.76790.26940.0275-0.17880.285-0.0543-0.04130.2803-0.0737-0.21520.44050.1105-0.0970.10270.02840.069544.21738.402119.6988
93.8032-1.7390.94533.4653-1.49782.75190.09740.27570.0725-0.169-0.07490.02620.1779-0.0285-0.02250.0196-0.0084-0.01330.1078-0.01630.048138.824213.107476.2319
101.4785-0.0511-0.07670.64030.22391.2132-0.02280.03740.01330.10940.1143-0.09040.00910.1995-0.09150.03010.0119-0.03120.0668-0.00730.051346.756218.163289.7741
111.42460.0996-0.42662.42462.10392.23610.0618-0.41080.05180.1623-0.07410.11760.08360.01810.01220.0506-0.01170.01290.15850.01830.065643.489350.186395.5994
121.652-0.0109-0.07940.4374-0.06740.81260.0678-0.1320.1302-0.0065-0.01960.0164-0.0524-0.1017-0.04820.01780.00750.02630.03240.00030.04634.608756.652983.6926
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A57 - 94
2X-RAY DIFFRACTION2A95 - 294
3X-RAY DIFFRACTION3B57 - 94
4X-RAY DIFFRACTION4B95 - 294
5X-RAY DIFFRACTION5C57 - 157
6X-RAY DIFFRACTION6C158 - 294
7X-RAY DIFFRACTION7D57 - 95
8X-RAY DIFFRACTION8D96 - 294
9X-RAY DIFFRACTION9E57 - 95
10X-RAY DIFFRACTION10E96 - 294
11X-RAY DIFFRACTION11F57 - 95
12X-RAY DIFFRACTION12F96 - 294

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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