PDB-4zv0: Structure of Tse6 in complex with Tsi6

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zv0

タイトル

Structure of Tse6 in complex with Tsi6

要素

Tse6-binding/Tse6 immunity protein
antibacterial effector secreted protein (type VI secretion system)

キーワード

PROTEIN BINDING / T6SS effector-immunity pair

機能・相同性

機能・相同性情報

protein secretion by the type VI secretion system / NAD+ glycohydrolase / toxin sequestering activity / NADP+ nucleosidase activity / NAD+ nucleosidase activity / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.401 Å

データ登録者

Whitney, J.C. / Sawai, S. / Ralston, C. / Mougous, J.D.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Cell / 年: 2015
タイトル: An interbacterial NAD(P)(+) glycohydrolase toxin requires elongation factor Tu for delivery to target cells.
著者: John C Whitney / Dennis Quentin / Shin Sawai / Michele LeRoux / Brittany N Harding / Hannah E Ledvina / Bao Q Tran / Howard Robinson / Young Ah Goo / David R Goodlett / Stefan Raunser / Joseph D Mougous /

要旨: Type VI secretion (T6S) influences the composition of microbial communities by catalyzing the delivery of toxins between adjacent bacterial cells. Here, we demonstrate that a T6S integral membrane ...

履歴

登録	2015年5月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年11月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2019年4月24日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection / Database references カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.1	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4zv0.cif.gz	154.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4zv0.ent.gz	122.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4zv0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4zv0_validation.pdf.gz	438.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4zv0_full_validation.pdf.gz	438.7 KB	表示
XML形式データ	4zv0_validation.xml.gz	15.2 KB	表示
CIF形式データ	4zv0_validation.cif.gz	23.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zv/4zv0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zv/4zv0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3112C 3113C 4zuyC 4zv4C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1sv6-2 4l5n-2 2c8g-3 3q1f-2 5zjk-10 2qpl-d 6uam-2 1xq3-d 6c78-d 4lt4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: antibacterial effector secreted protein (type VI secretion system)

B: Tse6-binding/Tse6 immunity protein

ヘテロ分子

30.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.209, 83.209, 83.758
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

#1: タンパク質	antibacterial effector secreted protein (type VI secretion system) 分子量: 18282.662 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228) (緑膿菌) 株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: PA0093 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 pLysS / 参照: UniProt: Q9I739
#2: タンパク質	Tse6-binding/Tse6 immunity protein 分子量: 10740.220 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228) (緑膿菌) 株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: PA0092 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 pLysS / 参照: UniProt: Q9I740
#3: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 366 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.63 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% (w/v) PEG 3350, 0.2M ammonium iodide

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.37→50 Å / Num. obs: 69121 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 15.2 % / R_merge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 33.5
反射シェル	解像度: 1.37→1.42 Å / R_merge(I) obs: 0.617 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.401→37.261 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.11 / 位相誤差: 15.13 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1643	2022	3.13 %
R_work	0.1465	-	-
obs	0.1471	64549	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.401→37.261 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1825	0	10	366	2201

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.022	1885
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.713	2561
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.567	712
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.103	279
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	339

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4008-1.4359	0.2245	143	0.1992	4443	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4359-1.4747	0.1858	140	0.1807	4453	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4747-1.5181	0.1939	146	0.1669	4443	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5181-1.5671	0.1651	147	0.1555	4439	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5671-1.6231	0.1945	143	0.1538	4456	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6231-1.6881	0.1637	143	0.1421	4456	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6881-1.7649	0.1635	142	0.1415	4470	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7649-1.8579	0.1846	147	0.14	4445	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8579-1.9743	0.1651	144	0.1337	4482	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9743-2.1268	0.1367	140	0.1318	4446	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1268-2.3408	0.1383	145	0.1336	4482	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3408-2.6794	0.1803	146	0.1402	4492	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6794-3.3754	0.1572	149	0.1527	4480	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3754-37.2741	0.1612	147	0.1486	4540	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3154	0.3656	-0.3269	6.2154	-3.7412	4.3369	-0.1428	-0.1464	0.1121	0.4426	0.196	0.1567	-0.271	-0.1404	-0.0691	0.0905	0.0534	-0.0113	0.1315	-0.0078	0.1016	21.8959	35.1727	55.7475
2	0.8768	-0.1657	0.3546	0.638	-0.7413	1.2083	0.0359	0.0908	-0.0258	-0.0885	-0.0725	-0.0585	0.2041	0.2656	0.0015	0.0925	0.0508	0.0026	0.1123	0.0002	0.1062	19.7595	32.676	37.8521
3	0.6843	-0.5602	-0.1097	0.4943	-0.1367	2.2004	0.0535	0.1766	0.113	-0.0308	-0.1113	-0.1836	-0.1065	0.6238	0.0424	0.0905	0.0216	0.0121	0.2643	0.0437	0.1499	29.8235	34.8066	37.205
4	3.5451	-2.3055	-0.9785	1.6228	0.6002	0.4979	0.0572	0.6758	-1.5591	0.1416	-0.1057	0.7015	0.4633	-0.2436	-0.0333	0.3206	0.0011	-0.0182	0.2752	-0.0201	0.4108	9.3736	23.2013	43.7197
5	1.2045	0.1865	-1.3285	1.8137	-1.4026	2.5467	0.0931	0.2943	0.0051	-0.1965	-0.1672	-0.191	0.1475	0.2547	0.0538	0.0702	0.042	-0.0014	0.1978	0.0249	0.1181	27.2473	36.5947	35.0809
6	0.991	-0.1382	-0.7012	1.1396	1.1368	4.6409	0.0187	0.054	0.1224	-0.0093	0.0113	0.1278	-0.2085	-0.1921	-0.0206	0.0721	0.0103	-0.0056	0.1142	0.0271	0.1315	-1.6994	41.9596	38.9628
7	1.4633	-0.2162	-2.9977	0.6388	0.3715	6.7592	-0.0526	-0.0018	-0.0626	0.0518	0.0119	0.0513	0.2027	-0.1568	0.0539	0.0561	-0.0133	-0.0115	0.0994	0.0028	0.0922	-1.2058	32.6354	41.5639
8	5.3018	0.1846	-2.3147	1.9556	-1.4391	3.514	-0.3092	-0.8371	-0.7251	0.4371	0.0282	0.0895	0.2007	0.5693	0.1942	0.1777	0.0231	0.0219	0.1833	0.0523	0.1822	-0.3135	30.0152	54.8058
9	1.1349	0.0619	-0.6023	0.9224	-0.127	2.4633	0.0055	-0.0071	0.0116	0.0714	0.0198	-0.0348	-0.0065	0.0555	-0.0224	0.0439	0.0165	-0.0079	0.0543	0.002	0.0736	8.4339	39.391	43.0303
10	3.908	0.8097	0.4827	7.2298	-6.4621	7.8593	0.1272	-0.2902	0.4724	0.662	-0.3095	-0.0656	-0.7581	0.2211	0.1256	0.2853	0.0208	-0.0117	0.1712	-0.0219	0.1648	4.8187	44.3756	56.6951

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 282 through 300 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 301 through 373 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 374 through 390 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 391 through 411 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 412 through 427 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 1 through 20 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 21 through 42 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 43 through 55 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 56 through 86 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 87 through 94 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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