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- PDB-4zuz: SidC 1-871 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zuz
タイトルSidC 1-871
要素SidC
キーワードPhosphate Binding Protein / SIDC / P4C / PI4P binding domain
機能・相同性: / : / SidC, C-terminal domain / SidC, lipid-binding domain / SidC, N-terminal / SidC N-terminal domain / Protein SdcA
機能・相同性情報
生物種Legionella pneumophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.86 Å
データ登録者Luo, X. / Wasilko, D.J. / Liu, Y. / Sun, J. / Wu, X. / Luo, Z.-Q. / Mao, Y.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM094347 米国
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2015
タイトル: Structure of the Legionella Virulence Factor, SidC Reveals a Unique PI(4)P-Specific Binding Domain Essential for Its Targeting to the Bacterial Phagosome.
著者: Luo, X. / Wasilko, D.J. / Liu, Y. / Sun, J. / Wu, X. / Luo, Z.Q. / Mao, Y.
履歴
登録2015年5月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月6日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SidC
B: SidC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)211,8022
ポリマ－211,8022
非ポリマー00
水2,324129
1
A: SidC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,9011
ポリマ－105,9011
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: SidC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,9011
ポリマ－105,9011
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)228.159, 83.934, 129.405
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.820, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1112A1 - 2000
2112B1 - 2000

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要素

#1: タンパク質 SidC


分子量: 105901.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア)
プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q6RCR4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.41 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG 8000, Hepes, NaCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.9759 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9759 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.86→50 Å / Num. obs: 53345 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5 % / Net I/σ(I): 46.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4IRH

4irh


解像度: 2.86→49.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / SU B: 39.05 / SU ML: 0.346 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.434 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2815 2708 5.1 %RANDOM
Rwork0.2245 ---
obs0.2274 50637 99.16 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 204.42 Å2 / Biso mean: 77.471 Å2 / Biso min: 25.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.47 Å20 Å2-1.28 Å2
2--2.91 Å20 Å2
3---0.81 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.86→49.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13965 0 0 129 14094
Biso mean---79.89 -
残基数----1715
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01914235
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0213641
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4751.96719211
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.965331589
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.18551714
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.35425.546723
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg23.51152728
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.2591570
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.22115
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0216018
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.023124
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
8710MEDIUM POSITIONAL0.040.5
5079TIGHT THERMAL7.230.5
8710MEDIUM THERMAL7.432
LS精密化 シェル解像度: 2.861→2.935 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.382 160 -
Rwork0.333 3365 -
all-3525 -
obs--89.08 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0943-0.12850.48970.1345-0.01360.2734-0.0596-0.06190.07590.04130.0443-0.006-0.0326-0.01570.01540.08380.01580.07340.0146-0.00030.1194-39.6614-1.9263-42.876
21.17270.05680.07370.19040.11510.1265-0.0073-0.0468-0.00260.0350.0485-0.00240.02630.0114-0.04120.1435-0.0290.01720.03080.00490.031-48.343-35.5563-16.7411
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-10 - 9999
2X-RAY DIFFRACTION2B-10 - 9999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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