[日本語] English
万見
- PDB-4zua: Crystal structure of the ExsA regulatory domain -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zua
タイトルCrystal structure of the ExsA regulatory domain
要素Exoenzyme S synthesis regulatory protein ExsA
キーワードTRANSCRIPTION / ExsA / type three secretion / transcription factor / AraC
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of DNA-templated transcription initiation / DNA-binding transcription activator activity / negative regulation of protein secretion / protein-DNA complex / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
: / ExsA N-terminal regulatory domain / Transcription regulator HTH, AraC- type / HTH domain AraC-type, conserved site / Bacterial regulatory proteins, araC family signature. / Helix-turn-helix domain / DNA binding HTH domain, AraC-type / Bacterial regulatory proteins, araC family DNA-binding domain profile. / helix_turn_helix, arabinose operon control protein / RmlC-like jelly roll fold / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
HTH-type transcriptional regulator ExsA
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Schubot, F.D.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2015
タイトル: Structural Analysis of the Regulatory Domain of ExsA, a Key Transcriptional Regulator of the Type Three Secretion System in Pseudomonas aeruginosa.
著者: Shrestha, M. / Xiao, Y. / Robinson, H. / Schubot, F.D.
履歴
登録2015年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月20日Group: Data collection
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Exoenzyme S synthesis regulatory protein ExsA
B: Exoenzyme S synthesis regulatory protein ExsA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8992
ポリマ－39,8992
非ポリマー00
水19811
1
A: Exoenzyme S synthesis regulatory protein ExsA

A: Exoenzyme S synthesis regulatory protein ExsA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8992
ポリマ－39,8992
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z+1/21
Buried area2120 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area15170 Å2
手法PISA
2
B: Exoenzyme S synthesis regulatory protein ExsA

B: Exoenzyme S synthesis regulatory protein ExsA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8992
ポリマ－39,8992
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area1370 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area16220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.949, 69.949, 191.802
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

-
要素

#1: タンパク質 Exoenzyme S synthesis regulatory protein ExsA


分子量: 19949.344 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 2-178 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: exsA, PA1713 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P26993
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.17 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.6M MgSO4, 0.1M MES pH 6.5 and 0.1M EGTA

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月15日
放射モノクロメーター: Se / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→56.21 Å / Num. obs: 17161 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 20 % / Rmerge(I) obs: 0.86 / Net I/σ(I): 91

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
MOSFLMデータ削減
PHENIX位相決定
精密化解像度: 2.5→56 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.87 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2675 826 4.83 %random
Rwork0.2392 ---
obs0.2406 17118 99.11 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2390 0 0 11 2401
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012445
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.133319
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.784899
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045386
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007419
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.65680.40731300.38412551X-RAY DIFFRACTION96
2.6568-2.86190.39271340.36342653X-RAY DIFFRACTION100
2.8619-3.14990.36091370.28772698X-RAY DIFFRACTION100
3.1499-3.60560.31331410.2652706X-RAY DIFFRACTION99
3.6056-4.54240.22381530.21312739X-RAY DIFFRACTION100
4.5424-560.21931310.19612945X-RAY DIFFRACTION99

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る