[日本語] English
万見
- PDB-4zu4: X-ray structure of the 3,4-ketoisomerase domain of FdtD from Shew... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zu4
タイトルX-ray structure of the 3,4-ketoisomerase domain of FdtD from Shewanella denitrificans
要素WxcM-like protein
キーワードISOMERASE / Cupin / ketoisomerase / lipopolysaccharide
機能・相同性
機能・相同性情報


acyltransferase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Sugar 3,4-ketoisomerase QdtA, cupin domain / WxcM-like, C-terminal / : / Hexapeptide transferase, conserved site / Hexapeptide-repeat containing-transferases signature. / Hexapeptide repeat / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Trimeric LpxA-like superfamily / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls ...Sugar 3,4-ketoisomerase QdtA, cupin domain / WxcM-like, C-terminal / : / Hexapeptide transferase, conserved site / Hexapeptide-repeat containing-transferases signature. / Hexapeptide repeat / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Trimeric LpxA-like superfamily / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
dTDP-4,6-dideoxy-4-formamido-glucose / PHOSPHATE ION / WxcM-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Shewanella denitrificans (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Thoden, J.B. / Vinogradov, E. / Gilbert, M. / Salinger, A.J. / Holden, H.M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Bacterial Sugar 3,4-Ketoisomerases: Structural Insight into Product Stereochemistry.
著者: Thoden, J.B. / Vinogradov, E. / Gilbert, M. / Salinger, A.J. / Holden, H.M.
履歴
登録2015年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月22日Group: Database references
改定 1.22015年8月5日Group: Database references
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: WxcM-like protein
B: WxcM-like protein
C: WxcM-like protein
D: WxcM-like protein
E: WxcM-like protein
F: WxcM-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,69724
ポリマ－103,2456
非ポリマー2,45218
水13,493749
1
A: WxcM-like protein
B: WxcM-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,84610
ポリマ－34,4152
非ポリマー1,4318
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3530 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area13120 Å2
手法PISA
2
C: WxcM-like protein
D: WxcM-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0846
ポリマ－34,4152
非ポリマー6694
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3450 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area13700 Å2
手法PISA
3
E: WxcM-like protein
F: WxcM-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7678
ポリマ－34,4152
非ポリマー3526
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2940 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area13670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.405, 64.579, 112.968
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.39, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
WxcM-like protein


分子量: 17207.523 Da / 分子数: 6 / 断片: Ketosiomerase domain (UNP residue 160-304) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shewanella denitrificans (strain OS217 / ATCC BAA-1090 / DSM 15013) (バクテリア)
株: OS217 / ATCC BAA-1090 / DSM 15013 / 遺伝子: Sden_2659 / プラスミド: pET28t / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12KT8

-
非ポリマー , 6種, 767分子

#2: 化合物 ChemComp-4TG / dTDP-4,6-dideoxy-4-formamido-glucose / チミジン5′-二りん酸P2-(4,6-ジデオキシ-4-ホルミルアミノ-α-D-グルコピラノシル)


分子量: 575.355 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H27N3O15P2
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 749 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.22 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 16-18% PEG 8000, 200 mM NaCl, 100 mM MOPS

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→30 Å / Num. all: 115507 / Num. obs: 115507 / % possible obs: 91.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rsym value: 0.052 / Net I/av σ(I): 46.4 / Net I/σ(I): 46.4
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.132 / Mean I/σ(I) obs: 6.2 / % possible all: 82.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
SAINTデータ削減
SADABSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MZU

4mzu


解像度: 1.7→28.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 2.052 / SU ML: 0.067 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.1 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20733 5776 5 %RANDOM
Rwork0.17112 ---
obs0.17291 109726 91.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.133 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.25 Å20 Å2-1.37 Å2
2---0.59 Å20 Å2
3----0.1 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.7→28.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7043 0 148 749 7940
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0197454
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.026924
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9371.97810078
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.821316001
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3525877
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.22324.135370
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.304151293
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg26.2461536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1240.21061
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.028286
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021780
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.701→1.745 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 361 -
Rwork0.243 7158 -
obs--81.67 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る