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- PDB-4zsz: Structure of a fusion protein with a helix linker, 2ARH-3-3KAW-3.0 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zsz
タイトルStructure of a fusion protein with a helix linker, 2ARH-3-3KAW-3.0
要素Uncharacterized Fusion Protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / protein design (タンパク質設計) / bionanotechnology / protein assembly (タンパク質) / symmetry (対称性) / biomaterials (生体材料)
機能・相同性Uncharacterised conserved protein UCP017998 / Protein of unknown function (DUF1122) / Protein of unknown function DUF326 / Domain of Unknown Function (DUF326) / Uncharacterized cysteine-rich protein YhjQ-like / Acyl-CoA N-acyltransferase / DUF1122 domain-containing protein / Four-helix bundle copper-binding protein
機能・相同性情報
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 4.251 Å
データ登録者Lai, Y.-T. / Yeates, T.O.
引用ジャーナル: Protein Eng.Des.Sel. / 年: 2015
タイトル: On the predictability of the orientation of protein domains joined by a spanning alpha-helical linker.
著者: Lai, Y.T. / Jiang, L. / Chen, W. / Yeates, T.O.
履歴
登録2015年5月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月4日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software / Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32018年3月14日Group: Database references / カテゴリ: struct_ref_seq_dif / Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42018年4月25日Group: Data collection / Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / struct_ref_seq_dif
Item: _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name ..._entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized Fusion Protein
B: Uncharacterized Fusion Protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,6792
ポリマ－68,6792
非ポリマー00
水0
1
A: Uncharacterized Fusion Protein
B: Uncharacterized Fusion Protein

A: Uncharacterized Fusion Protein
B: Uncharacterized Fusion Protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,3584
ポリマ－137,3584
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_554-x,-x+y,-z-2/31
Buried area7970 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area54050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.930, 112.930, 150.010
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Auth seq-ID: 2 - 295 / Label seq-ID: 2 - 295

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain AAA
2chain BBB

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized Fusion Protein


分子量: 34339.402 Da / 分子数: 2
変異: Y138F, E158A, K162A, E166A, Q208H, A209H, R212H, E124A, R293H
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (strain VF5) (バクテリア), (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
株: VF5, ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: aq_1966, PA2107 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O67778, UniProt: Q9I208

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.41 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1M Bis-Tris (pH=5.5) and 1.5M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.542 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年7月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.25→81.927 Å / Num. obs: 8061 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.38 % / Biso Wilson estimate: 163.84 Å2 / Rmerge F obs: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rrim(I) all: 0.128 / Χ2: 0.903 / Net I/σ(I): 12.66 / Num. measured all: 43354
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
4.25-4.360.6510.8082.0327375885560.90594.6
4.36-4.480.7830.5723.0731135715690.63499.6
4.48-4.610.8530.583.1530245505490.64299.8
4.61-4.750.890.4733.7430685565540.52399.6
4.75-4.910.9170.4014.3729295295290.444100
4.91-5.080.9130.4034.4427715065060.446100
5.08-5.270.9380.3055.4926844924910.33899.8
5.27-5.490.9480.2746.1926764844840.303100
5.49-5.730.9530.2955.8825384644620.32699.6
5.73-6.010.9480.2576.7223964414410.285100
6.01-6.340.9720.1759.4522964184170.19499.8
6.34-6.720.9910.12612.321493993990.14100
6.72-7.190.9940.09516.0719993763730.10599.2
7.19-7.760.9960.07819.5219003513500.08699.7
7.76-8.50.9980.04729.3718213383340.05298.8
8.5-9.510.9990.03338.6815522962940.03799.3
9.51-10.980.9990.02646.8613852652610.02998.5
10.98-13.4410.02350.0111452262220.02698.2
13.44-19.010.9990.02652.719211931880.02997.4
19.010.9990.02340.89250111820.02873.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ARH, 3KAW

2arh

3kaw


解像度: 4.251→46.492 Å / SU ML: 0.76 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 36.2 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2862 402 4.99 %
Rwork0.2645 7654 -
obs0.2658 8056 98.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 50 Å2 / Biso mean: 49.2866 Å2 / Biso min: 20 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 4.251→46.492 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4794 0 0 0 4794
残基数----588
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0054906
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8596598
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.033676
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005866
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.0681866
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2793X-RAY DIFFRACTION10.023TORSIONAL
12B2793X-RAY DIFFRACTION10.023TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 3

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
4.251-4.8660.4011300.35792485261599
4.866-6.12840.37481340.343125442678100
6.1284-46.4950.221380.20372625276398

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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