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- PDB-4zsi: Crystal structure of the effector-binding domain of DasR (DasR-EB... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zsi
タイトルCrystal structure of the effector-binding domain of DasR (DasR-EBD) in complex with glucosamine-6-phosphate
要素HTH-type transcriptional repressor DasR
キーワードTRANSCRIPTION / Repressor / Bacterial transcription regulation / Transcription factor / GntR/HutC family / Effector-binding domain / N-acetylglucosamine utilization / Master regulator / Glucosamine-6-phosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / UTRA / UbiC transcription regulator-associated / UTRA domain / Chorismate lyase / Chorismate lyase-like / Chorismate pyruvate-lyase/UbiC transcription regulator-associated domain superfamily / GntR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix gluconate operon transcriptional repressor / Transcription regulator HTH, GntR ...: / UTRA / UbiC transcription regulator-associated / UTRA domain / Chorismate lyase / Chorismate lyase-like / Chorismate pyruvate-lyase/UbiC transcription regulator-associated domain superfamily / GntR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix gluconate operon transcriptional repressor / Transcription regulator HTH, GntR / Bacterial regulatory proteins, gntR family / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4R1 / Chem-GLP / HTH-type transcriptional repressor DasR
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces coelicolor A3
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.652 Å
データ登録者Fillenberg, S.B. / Koerner, S. / Muller, Y.A.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation ドイツ
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2016
タイトル: Crystal Structures of the Global Regulator DasR from Streptomyces coelicolor: Implications for the Allosteric Regulation of GntR/HutC Repressors.
著者: Fillenberg, S.B. / Friess, M.D. / Korner, S. / Bockmann, R.A. / Muller, Y.A.
履歴
登録2015年5月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月13日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_audit_support / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HTH-type transcriptional repressor DasR
B: HTH-type transcriptional repressor DasR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9586
ポリマ－38,3162
非ポリマー6424
水5,026279
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3940 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area14880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.267, 54.267, 220.913
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-479-

HOH

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要素

#1: タンパク質 HTH-type transcriptional repressor DasR


分子量: 19157.867 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 88-254 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: DasR-EBD comprises residues 88-254 of full-length DasR
由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア)
遺伝子: dasR, SCO5231, SC7E4.28c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9K492
#2: 糖 ChemComp-GLP / 2-amino-2-deoxy-6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose / GLUCOSAMINE 6-PHOSPHATE / 6-O-phosphono-alpha-D-glucosamine / 2-amino-2-deoxy-6-O-phosphono-alpha-D-glucose / 2-amino-2-deoxy-6-O-phosphono-D-glucose / 2-amino-2-deoxy-6-O-phosphono-glucose / α-D-グルコサミン6-りん酸


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 259.151 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H14NO8P
識別子タイププログラム
a-D-GlcpN6PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 糖 ChemComp-4R1 / 2-amino-2-deoxy-6-O-phosphono-beta-D-glucopyranose / beta-glucosamine-6-phosphate / 6-O-phosphono-beta-D-glucosamine / 2-amino-2-deoxy-6-O-phosphono-beta-D-glucose / 2-amino-2-deoxy-6-O-phosphono-D-glucose / 2-amino-2-deoxy-6-O-phosphono-glucose / β-D-グルコサミン6-りん酸


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 259.151 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14NO8P
識別子タイププログラム
b-D-GlcpN6PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 279 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.81 %
結晶化温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M potassium thiocyanate and 30 % (w/v) PEG monomethyl ether 2,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月2日
放射モノクロメーター: Si-111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→35 Å / Num. obs: 46439 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 21
反射 シェル解像度: 1.65→1.71 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.812 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
PHASER位相決定
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Effector-binding domain of entry 2wv0

2wv0


解像度: 1.652→27.133 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.16 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2319 2310 4.97 %Random selection
Rwork0.1896 ---
obs0.1917 46436 99.81 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.652→27.133 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2592 0 40 279 2911
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072691
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0963645
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7931033
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04428
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004462
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6524-1.68610.31571350.28372549X-RAY DIFFRACTION100
1.6861-1.72270.30061320.25552509X-RAY DIFFRACTION100
1.7227-1.76280.27531350.24742564X-RAY DIFFRACTION100
1.7628-1.80690.29051360.23122590X-RAY DIFFRACTION100
1.8069-1.85570.27491320.21862520X-RAY DIFFRACTION100
1.8557-1.91030.2411350.20122568X-RAY DIFFRACTION100
1.9103-1.9720.2411310.1982545X-RAY DIFFRACTION100
1.972-2.04240.21491360.19442580X-RAY DIFFRACTION100
2.0424-2.12420.24411330.19362571X-RAY DIFFRACTION100
2.1242-2.22080.20041350.19332569X-RAY DIFFRACTION100
2.2208-2.33780.2481370.1882614X-RAY DIFFRACTION100
2.3378-2.48420.24781370.19132603X-RAY DIFFRACTION100
2.4842-2.67580.25771360.2072596X-RAY DIFFRACTION100
2.6758-2.94480.21531370.20882609X-RAY DIFFRACTION100
2.9448-3.37030.25731390.1872657X-RAY DIFFRACTION100
3.3703-4.24360.20441380.16762649X-RAY DIFFRACTION99
4.2436-27.13710.20871460.16652833X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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