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- PDB-4zsf: Crystal structure of pre-specific restriction endonuclease BsaWI-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zsf
タイトルCrystal structure of pre-specific restriction endonuclease BsaWI-DNA complex
要素
  • BsaWI endonuclease
  • DNA
キーワードPROTEIN/DNA / restriction endonuclease / PD-(D/E)XK nuclease / protein-DNA complex
機能・相同性BsaWI restriction endonuclease type 2 / BsaWI restriction endonuclease type 2 / endonuclease activity / metal ion binding / SUCCINIC ACID / DNA / DNA (> 10) / BsaWI endonuclease
機能・相同性情報
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Tamulaitiene, G. / Rutkauskas, M. / Grazulis, S. / Siksnys, V.
資金援助リトアニア, 1件
組織認可番号国
Research Council of LithuaniaMIP-41/2013リトアニア
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2015
タイトル: Functional significance of protein assemblies predicted by the crystal structure of the restriction endonuclease BsaWI.
著者: Tamulaitis, G. / Rutkauskas, M. / Zaremba, M. / Grazulis, S. / Tamulaitiene, G. / Siksnys, V.
履歴
登録2015年5月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BsaWI endonuclease
B: DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,5616
ポリマ－36,2442
非ポリマー3164
水4,450247
1
A: BsaWI endonuclease
B: DNA
ヘテロ分子

A: BsaWI endonuclease
B: DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,12112
ポリマ－72,4884
非ポリマー6338
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area9650 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area28150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.562, 136.336, 73.482
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 BsaWI endonuclease


分子量: 31962.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
遺伝子: bsaWIR / プラスミド: pBAD24 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH10B / 参照: UniProt: Q6UQ65
#2: DNA鎖 DNA


分子量: 4281.780 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸


分子量: 118.088 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O4
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 247 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.25 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: Crystallization buffer was 0.02 M Calcium chloride, 0.1 M Na-succinate (pH 5.0), 30% (v/v) (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X12 / 波長: 0.9887, 0.97622
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月15日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.98871
20.976221
反射解像度: 1.8→29.163 Å / Num. all: 41718 / Num. obs: 41718 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 14.4 % / Biso Wilson estimate: 25.21 Å2 / Rpim(I) all: 0.019 / Rrim(I) all: 0.071 / Rsym value: 0.067 / Net I/av σ(I): 6.27 / Net I/σ(I): 24.3 / Num. measured all: 600277
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.8-1.912.10.5411.46992157820.1650.5414.295.9
1.9-2.0114.90.3452.28480857100.0950.3457.999.9
2.01-2.1514.80.1953.98087854530.0540.19513.6100
2.15-2.3214.90.1315.87452650180.0360.13119.3100
2.32-2.5514.80.0898.16912446560.0240.08926.3100
2.55-2.8514.80.06410.56248742190.0180.06433.7100
2.85-3.2914.80.05211.45554437500.0140.05241.5100
3.29-4.0214.70.069.34692831890.0160.0648100
4.02-5.6914.50.04412.43638225070.0120.04451100
5.69-29.16313.70.04210.91967914340.0120.04249.799

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位相決定

位相決定手法: 単一同系置換・異常分散
Phasing dmFOM : 0.67 / FOM acentric: 0.67 / FOM centric: 0.64 / 反射: 12653 / Reflection acentric: 11145 / Reflection centric: 1508
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
7.7-19.8890.880.890.87557404153
4.8-7.70.810.830.7517291434295
3.9-4.80.840.850.7721411869272
3.4-3.90.770.790.6621361902234
2.9-3.40.590.60.5237593402357
2.7-2.90.390.40.3223312134197

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
MOSFLM7.0.6データ削減
SCALA3.3.16データスケーリング
SHELX位相決定
Cootモデル構築
PHENIX1.8.3精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.8→28.404 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 17.25 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1879 8024 10.03 %Random selection
Rwork0.1524 72004 --
obs0.1559 41703 99.34 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 99.77 Å2 / Biso mean: 30.4588 Å2 / Biso min: 13.78 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→28.404 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2186 284 18 247 2735
Biso mean--62.1 38.11 -
残基数----286
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0192698
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6593728
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.096388
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01446
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.0851017
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8-1.82050.27162590.26322098235788
1.8205-1.84190.22872740.24742275254994
1.8419-1.86440.27132480.22462443269199
1.8644-1.8880.25552510.20923952646100
1.888-1.91280.22292860.196523592645100
1.9128-1.9390.21332560.180324382694100
1.939-1.96670.21882690.170524202689100
1.9667-1.9960.18863100.174624172727100
1.996-2.02720.20862830.165623832666100
2.0272-2.06040.21792900.165823532643100
2.0604-2.0960.19192610.15424772738100
2.096-2.13410.21182450.151623952640100
2.1341-2.17510.17792700.156824172687100
2.1751-2.21950.18182610.144124192680100
2.2195-2.26770.18862480.152524652713100
2.2677-2.32040.19612770.151123972674100
2.3204-2.37840.17772520.141324102662100
2.3784-2.44270.18712920.140124172709100
2.4427-2.51460.20242770.15724022679100
2.5146-2.59570.18412470.151424142661100
2.5957-2.68840.21592740.157224342708100
2.6884-2.79590.19272660.158724322698100
2.7959-2.9230.20442510.15124182669100
2.923-3.0770.21012920.169723852677100
3.077-3.26950.1832740.154224172691100
3.2695-3.52150.20672700.145824252695100
3.5215-3.87510.17312360.136224682704100
3.8751-4.4340.13542720.123123902662100
4.434-5.57940.15322460.128124502696100
5.5794-28.40780.18042870.161723912678100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)詳細Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.22880.3425-0.68550.5005-0.38440.7744-0.1194-0.1244-0.3005-0.02550.0147-0.0110.14640.0191-0.00010.1832-0.00080.01490.14360.0180.1838N domain and helix H4-10.5723-42.266724.3115
20.7592-1.00790.0472.3954-0.71371.0568-0.0635-0.0567-0.07330.4184-0.0441-0.2105-0.14040.1054-0.00080.224-0.004-0.01340.1890.02480.1875part2 of C domain21.5731-16.32929.5681
30.65990.01350.20972.1030.52742.26850.00890.1710.0048-0.0257-0.07920.25620.0367-0.2038-0.0020.14090.02380.01460.19490.00790.1837part2 of C domain11.9666-17.2967-3.3925
40.2067-0.28480.32330.391-0.42271.0696-0.42890.7115-0.3514-0.56910.57570.0569-0.54410.33130.58350.3693-0.2552-0.05250.5910.05430.31565'-end of DNA-10.2413-26.11334.2822
50.5701-0.1857-0.4490.6258-0.44210.9531-0.3224-0.46640.20920.07440.1628-0.1042-0.30760.1352-0.00430.21520.0055-0.03810.2432-0.02820.1972target site and 3'-end of DNA6.2603-29.716223.5578
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain B and resid 5:14)B5 - 14
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 95:172)A95 - 172
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 173:272)A173 - 272
4X-RAY DIFFRACTION4(chain B and resid 1:4)B1 - 4
5X-RAY DIFFRACTION5(chain B and resid 5:14)B5 - 14

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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