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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4zsc | ||||||
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タイトル | Human Cyclophilin D Complexed with an Inhibitor at room temperature | ||||||
要素 | Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase F, mitochondrial | ||||||
キーワード | ISOMERASE (異性化酵素) / isomerase inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / negative regulation of oxidative phosphorylation uncoupler activity / mitochondrial outer membrane permeabilization involved in programmed cell death / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in programmed necrotic cell death / skeletal muscle fiber differentiation / mitochondrial permeability transition pore complex / mitochondrial depolarization / cellular response to arsenic-containing substance / negative regulation of ATP-dependent activity / negative regulation of oxidative phosphorylation ...regulation of proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / negative regulation of oxidative phosphorylation uncoupler activity / mitochondrial outer membrane permeabilization involved in programmed cell death / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in programmed necrotic cell death / skeletal muscle fiber differentiation / mitochondrial permeability transition pore complex / mitochondrial depolarization / cellular response to arsenic-containing substance / negative regulation of ATP-dependent activity / negative regulation of oxidative phosphorylation / regulation of mitochondrial membrane permeability / cyclosporin A binding / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / necroptotic process / apoptotic mitochondrial changes / protein peptidyl-prolyl isomerization / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / cellular response to calcium ion / プロリルイソメラーゼ / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / response to ischemia / cellular response to hydrogen peroxide / フォールディング / ミトコンドリア内膜 / ミトコンドリアマトリックス / negative regulation of apoptotic process / ミトコンドリア / 生体膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Gelin, M. / Delfosse, V. / Allemand, F. / Hoh, F. / Sallaz-Damaz, Y. / Pirocchi, M. / Bourguet, W. / Ferrer, J.-L. / Labesse, G. / Guichou, J.-F. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015 タイトル: Combining `dry' co-crystallization and in situ diffraction to facilitate ligand screening by X-ray crystallography. 著者: Gelin, M. / Delfosse, V. / Allemand, F. / Hoh, F. / Sallaz-Damaz, Y. / Pirocchi, M. / Bourguet, W. / Ferrer, J.L. / Labesse, G. / Guichou, J.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4zsc.cif.gz | 77.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4zsc.ent.gz | 57.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4zsc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zs/4zsc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zs/4zsc | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17652.125 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 44-207 / 変異: K133I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPIF, CYP3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P30405, プロリルイソメラーゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-EA4 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.36 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.3 / 詳細: 30% PEG4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.9797 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9797 Å / 相対比: 1 |
Reflection | Limit h max: 25 / Limit h min: 1 / Limit k max: 18 / Limit k min: 0 / Limit l max: 38 / Limit l min: 0 / 数: 53929 / D res high: 2.233 Å / D res low: 29 Å / Num. obs: 53901 |
反射 | 解像度: 1.5→48.4 Å / Num. obs: 16982 / % possible obs: 73.1 % / 冗長度: 2.8 % / Net I/σ(I): 12.1 |
Reflection scale | Group code: 1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.5→48.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 2.223 / SU ML: 0.037 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.079 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 35.33 Å2 / Biso mean: 9.817 Å2 / Biso min: 4.47 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.5→48.43 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
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