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万見
- PDB-4zs9: Raffinose and panose binding protein from Bifidobacterium animali... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zs9
タイトルRaffinose and panose binding protein from Bifidobacterium animalis subsp. lactis Bl-04, bound with raffinose
要素Sugar binding protein of ABC transporter system
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Raffinose / ABC transporter / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


transmembrane transport / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
raffinose / Sugar binding protein of ABC transporter system / :
類似検索 - 構成要素
生物種Bifidobacterium animalis subsp. lactis Bl-04 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.37 Å
データ登録者Fredslund, F. / Ejby, M. / Andersen, J.M. / Slotboom, D.J. / Abou Hachem, M.
資金援助 デンマーク, 1件
組織認可番号国
デンマーク
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2016
タイトル: An ATP Binding Cassette Transporter Mediates the Uptake of alpha-(1,6)-Linked Dietary Oligosaccharides in Bifidobacterium and Correlates with Competitive Growth on These Substrates.
著者: Ejby, M. / Fredslund, F. / Andersen, J.M. / Vujicic Zagar, A. / Henriksen, J.R. / Andersen, T.L. / Svensson, B. / Slotboom, D.J. / Abou Hachem, M.
履歴
登録2015年5月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sugar binding protein of ABC transporter system
B: Sugar binding protein of ABC transporter system
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,72223
ポリマ－92,2072
非ポリマー1,51521
水20,0691114
1
A: Sugar binding protein of ABC transporter system
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,84911
ポリマ－46,1041
非ポリマー74510
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Sugar binding protein of ABC transporter system
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,87312
ポリマ－46,1041
非ポリマー77011
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.540, 90.820, 146.750
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Sugar binding protein of ABC transporter system


分子量: 46103.555 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bifidobacterium animalis subsp. lactis Bl-04 (バクテリア)
遺伝子: Balac_1599 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: C6A9Y6, UniProt: A0A1A9TA69*PLUS
#2: 多糖 alpha-D-galactopyranose-(1-6)-alpha-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-fructofuranose / raffinose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: raffinose
記述子タイププログラム
DGalpa1-6DGlcpa1-2DFrufbGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5][a2112h-1a_1-5]/1-2-3/a2-b1_b6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{[(6+1)][a-D-Galp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.78 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 25% PEG 4000, 0.8 M magnesium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.9797 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月24日
放射モノクロメーター: Bartels monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.37→57 Å / Num. obs: 151108 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 1.37→1.41 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.775 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 94.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
xia2データ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ZZA

4zza


解像度: 1.37→57 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 17.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1666 7579 5.02 %Random selection
Rwork0.1324 143271 --
obs0.1341 150850 96.55 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 72.31 Å2 / Biso mean: 19.1672 Å2 / Biso min: 5.61 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.37→57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5958 0 150 1114 7222
Biso mean--14.59 29.97 -
残基数----755
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0136253
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4228505
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.21937
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091112
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3922294
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.37-1.38560.29722530.24124601485494
1.3856-1.40190.29542420.22654543478594
1.4019-1.4190.2632400.20674629486994
1.419-1.43690.25852390.1994595483494
1.4369-1.45580.23362260.18664466469291
1.4558-1.47580.21582300.16974651488195
1.4758-1.49690.23912700.15834654492495
1.4969-1.51920.19432510.14274638488995
1.5192-1.5430.2062430.13124742498596
1.543-1.56830.19272300.13264697492796
1.5683-1.59530.1792570.12354702495996
1.5953-1.62430.18152590.12054706496596
1.6243-1.65560.17062330.12034776500997
1.6556-1.68940.17922260.11864815504197
1.6894-1.72610.17962300.11814782501297
1.7261-1.76620.16182580.11514720497897
1.7662-1.81040.1682320.11584815504797
1.8104-1.85940.15142880.11764785507397
1.8594-1.91410.16172660.1144791505797
1.9141-1.97590.16792660.11344793505998
1.9759-2.04650.14772430.11324832507598
2.0465-2.12840.14832480.11164853510198
2.1284-2.22530.15522470.11574841508897
2.2253-2.34260.14392760.11584834511098
2.3426-2.48940.14722790.12114899517899
2.4894-2.68160.15722540.13354911516598
2.6816-2.95150.17222580.14034968522699
2.9515-3.37850.1582620.13864976523899
3.3785-4.25630.14842880.12235031531999
4.2563-57.12470.16312850.1555225551099

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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