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- PDB-4zs7: Structural mimicry of receptor interaction by antagonistic IL-6 a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zs7
タイトルStructural mimicry of receptor interaction by antagonistic IL-6 antibodies
要素
  • Interleukin-6
  • Llama Fab fragment 68F2 heavy chain
  • Llama Fab fragment 68F2 light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Interleukine 6 Complex / Fab fragment / Dromedery
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of astrocyte activation / glucagon secretion / positive regulation of interleukin-21 production / regulation of glucagon secretion / hepatic immune response / negative regulation of interleukin-1-mediated signaling pathway / regulation of vascular endothelial growth factor production / negative regulation of primary miRNA processing / germinal center B cell differentiation / interleukin-6 receptor complex ...regulation of astrocyte activation / glucagon secretion / positive regulation of interleukin-21 production / regulation of glucagon secretion / hepatic immune response / negative regulation of interleukin-1-mediated signaling pathway / regulation of vascular endothelial growth factor production / negative regulation of primary miRNA processing / germinal center B cell differentiation / interleukin-6 receptor complex / positive regulation of type B pancreatic cell apoptotic process / positive regulation of apoptotic DNA fragmentation / hepatocyte proliferation / positive regulation of extracellular matrix disassembly / regulation of microglial cell activation / response to peptidoglycan / neutrophil apoptotic process / interleukin-6 receptor binding / positive regulation of B cell activation / positive regulation of receptor signaling pathway via STAT / T-helper 17 cell lineage commitment / inflammatory response to wounding / positive regulation of T-helper 2 cell cytokine production / negative regulation of collagen biosynthetic process / endocrine pancreas development / positive regulation of acute inflammatory response / regulation of neuroinflammatory response / vascular endothelial growth factor production / positive regulation of neuroinflammatory response / T follicular helper cell differentiation / negative regulation of chemokine production / positive regulation of leukocyte chemotaxis / neutrophil mediated immunity / positive regulation of platelet aggregation / cell surface receptor signaling pathway via STAT / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / negative regulation of bone resorption / positive regulation of leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / CD163 mediating an anti-inflammatory response / Interleukin-6 signaling / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of immunoglobulin production / MAPK3 (ERK1) activation / interleukin-6-mediated signaling pathway / negative regulation of fat cell differentiation / maintenance of blood-brain barrier / MAPK1 (ERK2) activation / Interleukin-10 signaling / positive regulation of interleukin-17 production / monocyte chemotaxis / humoral immune response / positive regulation of interleukin-10 production / Transcriptional Regulation by VENTX / negative regulation of lipid storage / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / regulation of angiogenesis / positive regulation of osteoblast differentiation / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / response to glucocorticoid / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of chemokine production / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / positive regulation of glial cell proliferation / regulation of insulin secretion / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / liver regeneration / positive regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of translation / cytokine activity / acute-phase response / response to activity / positive regulation of interleukin-8 production / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / Post-translational protein phosphorylation / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / growth factor activity / cytokine-mediated signaling pathway / cellular response to virus / positive regulation of miRNA transcription / platelet activation / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of interleukin-6 production / cellular response to hydrogen peroxide / neuron cellular homeostasis / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / neuron projection development / positive regulation of tumor necrosis factor production / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / glucose homeostasis / cellular response to lipopolysaccharide / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / defense response to Gram-negative bacterium / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / defense response to virus / positive regulation of MAPK cascade / defense response to Gram-positive bacterium / positive regulation of apoptotic process / inflammatory response / endoplasmic reticulum lumen
類似検索 - 分子機能
Interleukin-6 / Interleukin-6/G-CSF/MGF family / Interleukin-6/GCSF/MGF, conserved site / Interleukin-6 / G-CSF / MGF signature. / Interleukin-6/GCSF/MGF / Interleukin-6 homologues / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Immunoglobulins ...Interleukin-6 / Interleukin-6/G-CSF/MGF family / Interleukin-6/GCSF/MGF, conserved site / Interleukin-6 / G-CSF / MGF signature. / Interleukin-6/GCSF/MGF / Interleukin-6 homologues / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.93 Å
データ登録者Blanchetot, C. / De Jonge, N. / Desmyter, A. / Ongenae, N. / Hofman, E. / Klarenbeek, A. / Sadi, A. / Hultberg, A. / Kretz-Rommel, A. / Spinelli, S. ...Blanchetot, C. / De Jonge, N. / Desmyter, A. / Ongenae, N. / Hofman, E. / Klarenbeek, A. / Sadi, A. / Hultberg, A. / Kretz-Rommel, A. / Spinelli, S. / Loris, R. / Cambillau, C. / de Haard, H.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Structural Mimicry of Receptor Interaction by Antagonistic Interleukin-6 (IL-6) Antibodies.
著者: Blanchetot, C. / De Jonge, N. / Desmyter, A. / Ongenae, N. / Hofman, E. / Klarenbeek, A. / Sadi, A. / Hultberg, A. / Kretz-Rommel, A. / Spinelli, S. / Loris, R. / Cambillau, C. / de Haard, H.
履歴
登録2015年5月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月11日Group: Database references
改定 1.22016年7月6日Group: Database references
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-6
H: Llama Fab fragment 68F2 heavy chain
L: Llama Fab fragment 68F2 light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,4423
ポリマ－66,4423
非ポリマー00
水1,44180
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5850 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area25930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.550, 92.860, 84.630
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.93, 90.00
Int Tables number3
Space group name H-MP121

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要素

#1: タンパク質 Interleukin-6 / IL-6 / B-cell stimulatory factor 2 / BSF-2 / CTL differentiation factor / CDF / Hybridoma growth ...IL-6 / B-cell stimulatory factor 2 / BSF-2 / CTL differentiation factor / CDF / Hybridoma growth factor / Interferon beta-2 / IFN-beta-2


分子量: 19670.518 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 14-184 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL6, IFNB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05231
#2: 抗体 Llama Fab fragment 68F2 heavy chain


分子量: 23822.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Lama glama (ラマ)
#3: 抗体 Llama Fab fragment 68F2 light chain


分子量: 22949.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Lama glama (ラマ)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.97 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 25% PEG 4K, 0.15 M (NH4)2SO4, 0.1 M MES pH 5.5. Took 9 month

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.971 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.971 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.93→45 Å / Num. obs: 14778 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 45.64 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.18 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル解像度: 2.93→3 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.8 / % possible all: 88.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.2精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化解像度: 2.93→44.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.7636 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.7153 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.46
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.293 1490 10.08 %RANDOM
Rwork0.2613 ---
obs0.2645 14778 97.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 30.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-12.8 Å20 Å2-1.5455 Å2
2--7.1439 Å20 Å2
3----19.9439 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.503 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.93→44.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4374 0 0 80 4454
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0084476HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.326095HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1487SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes96HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes642HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4476HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.37
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion23.9
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion605SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4975SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.93→3.17 Å / Total num. of bins used: 7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3422 289 9.99 %
Rwork0.2721 2604 -
all0.279 2893 -
obs--97.6 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.09270.02680.04880.1392-0.04140.16330.00060.0006-0.0001-0.001-0.00030.00110.0003-0.0008-0.00030.00440.0004-0.00150.0052-0.00110.002216.609734.593416.4177
20.08940.024-0.05680.06550.1081-0.0337-0.0006-0.0002-0.00170.00050.0010.00120.0023-0.0003-0.00040.0003-0.0002-0.00010.003-0.00010.00012.27049.604821.5744
30.1317-0.0819-0.02850.05340.00710.0589-0.00040.0005-0.0006-0.00030.0004-0.00010.00010.001200.0008-0.0009-0.0010.00370.0013-0.000729.822725.805231.004
40.0921-0.009-0.05470.1247-0.01550.0949-0.00030.0009-0.001-0.00190.00050.00080.0026-0.0012-0.00020.0037-0.0001-0.00320.0007-0.00320.00129.6701-6.151421.2035
5-0.0094-0.0240.01790-0.07020.009400.00060.0021-0.001500.0009-0.0027-0.0010-0.0071-0.00040.0021-0.0071-0.0003-0.002630.095558.525220.1803
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{H|1 - H|109}
2X-RAY DIFFRACTION2{H|110 - H|222}
3X-RAY DIFFRACTION3{L|3 - L|109}
4X-RAY DIFFRACTION4{L|110 - L|212}
5X-RAY DIFFRACTION5{A|23 - A|184}

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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