PDB-4zr8: Structure of uroporphyrinogen decarboxylase from Acinetobacter ba...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zr8

タイトル

Structure of uroporphyrinogen decarboxylase from Acinetobacter baumannii

要素

Uroporphyrinogen decarboxylase

キーワード

LYASE / SSGCID / Acinetobacter baumannii / uroporphyrinogen decarboxylase / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

uroporphyrinogen decarboxylase / uroporphyrinogen decarboxylase activity / protoporphyrinogen IX biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Acinetobacter baumannii AB5075 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of uroporphyrinogen decarboxylase from Acinetobacter baumannii
著者: Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2015年5月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年6月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_struct_assembly ...entity_src_gen / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / software Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.2	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4zr8.cif.gz	305.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4zr8.ent.gz	245.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4zr8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4zr8_validation.pdf.gz	439.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4zr8_full_validation.pdf.gz	442.2 KB	表示
XML形式データ	4zr8_validation.xml.gz	33.8 KB	表示
CIF形式データ	4zr8_validation.cif.gz	52.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zr/4zr8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zr/4zr8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4yau-2 3qfc-2 4wsh-d 4hcl-d 4qts-1 1e5n-d 4lal-1 2p3q-2 4qts-2 3cyv-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-AcbaC.01152.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uroporphyrinogen decarboxylase

B: Uroporphyrinogen decarboxylase

ヘテロ分子

81.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.540, 83.380, 68.460
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 106.970, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Uroporphyrinogen decarboxylase / URO-D 分子量: 40482.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii AB5075 (バクテリア) 遺伝子: hemE, A591_A1129 / プラスミド: AcbaC.01152.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0A2T261, UniProt: A0A0M3KL37*PLUS, uroporphyrinogen decarboxylase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 798 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

ID	マシュー密度 (Å³/Da)	溶媒含有率 (%)
1	2.21	44
2	2.21	44

結晶化

温度 (K)	Crystal-ID	手法	pH	詳細
290	1	蒸気拡散法, シッティングドロップ法	7.65	native: Microlytics MGSC1 screen, B11: 18% PEG8000, 200 mM magnesium chloride, 100 mM Tris-HCl, pH 7.65, 11 mg/mL AcbaC.001152.a.B1.PW3767 + 2 mM NAD, cryoprotectant: 20% ethylene glycol, tray 262775, puck kzo2-10
290	2	蒸気拡散法, シッティングドロップ法	6.5	iodide: Microlytics MGSC1 screen, A12: 20% PEG4000, 200 mM calcium chloride, 100 mM Tris-HCl, pH 8.5, 11 mg/mL AcbaC.001152.a.B1.PW3767 + 2 mM NAD, cryoprotectant: 10% ethylene glycol + 250 mM sodium iodide, then 20% ethylene glycol + 500 mM sodium iodide, tray 262775, puck hml1-17

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	2

放射光源

由来	サイト	ビームライン	タイプ	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	APS	21-ID-G		1	0.97856
回転陽極			RIGAKU MICROMAX-007 HF	2	1.5418

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
RAYONIX MX-300	1	CCD	2015年4月16日
RIGAKU SATURN 944+	2	CCD	2015年4月17日

放射

モノクロメーター: Diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97856	1
2	1.5418	1

Reflection

数: 483071 / R_merge(I) obs: 0.026 / Χ²: 1.88 / D res high: 2 Å / Num. obs: 91083 / % possible obs: 97.6

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	Num. obs	ID	R_merge(I) obs
8.94	50	967	1	0.016
6.32	8.94	1802	1	0.016
5.16	6.32	2372	1	0.017
4.47	5.16	2847	1	0.016
4	4.47	3258	1	0.016
3.65	4	3664	1	0.017
3.38	3.65	3985	1	0.019
3.16	3.38	4258	1	0.022
2.98	3.16	4530	1	0.024
2.83	2.98	4793	1	0.028
2.7	2.83	5061	1	0.03
2.58	2.7	5312	1	0.034
2.48	2.58	5530	1	0.039
2.39	2.48	5717	1	0.044
2.31	2.39	5955	1	0.047
2.24	2.31	6189	1	0.055
2.17	2.24	6345	1	0.062
2.11	2.17	6461	1	0.064
2.05	2.11	6332	1	0.071
2	2.05	5705	1	0.085

反射

解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 112341 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 15.13 Å² / R_merge F obs: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.038 / R_rim(I) all: 0.044 / Χ²: 0.998 / Net I/σ(I): 20.9 / Num. measured all: 424436

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.5-1.54	3.73	0.86	0.448	2.89	30961	8314	8301	0.524	99.8
1.54-1.58		0.917	0.346	3.71	30195	8074	8069	0.405	99.9
1.58-1.63		0.933	0.284	4.53	29449	7861	7848	0.332	99.8
1.63-1.68		0.952	0.233	5.5	28578	7632	7615	0.272	99.8
1.68-1.73		0.969	0.189	6.83	27940	7424	7412	0.22	99.8
1.73-1.79		0.98	0.144	8.86	26977	7159	7148	0.168	99.8
1.79-1.86		0.987	0.118	10.96	26240	6950	6938	0.138	99.8
1.86-1.94		0.992	0.088	14.22	25039	6621	6607	0.103	99.8
1.94-2.02		0.995	0.068	18.1	24253	6396	6388	0.079	99.9
2.02-2.12		0.997	0.053	22.67	23180	6122	6104	0.061	99.7
2.12-2.24		0.998	0.044	27.04	21953	5773	5766	0.051	99.9
2.24-2.37		0.998	0.039	30.34	21097	5553	5541	0.045	99.8
2.37-2.54		0.998	0.033	34.32	19690	5186	5168	0.039	99.7
2.54-2.74		0.999	0.029	39.13	18348	4820	4818	0.034	100
2.74-3		0.999	0.025	44.44	16935	4439	4426	0.029	99.7
3-3.35		0.999	0.022	50.07	15284	4009	4000	0.026	99.8
3.35-3.87		0.999	0.019	56.22	13573	3574	3561	0.022	99.6
3.87-4.74		0.999	0.018	59.42	11428	3017	3009	0.021	99.7
4.74-6.71		0.999	0.018	58.6	8826	2356	2343	0.021	99.4
6.71-50		0.999	0.019	58.66	4490	1314	1279	0.022	97.3

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
XDS	データスケーリング
XDS	データ削減
XSCALE	データスケーリング
PHASER	位相決定
ARP	モデル構築
Coot	モデル構築
PHENIX	精密化

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.5→28.805 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 15.31 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1609	5705	5.08 %	Random selection
R_work	0.129	106613	-	-
obs	0.1306	112318	99.85 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 70.58 Å² / B_iso mean: 22.1475 Å² / B_iso min: 9.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.5→28.805 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5422	0	27	805	6254
B_iso mean	-	-	39.68	33.12	-
残基数	-	-	-	-	707

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	5730
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.037	7819
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	885
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1009
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.768	2114

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.5-1.5171	0.235	190	0.1744	3554	3744	100
1.5171-1.5349	0.2327	186	0.1655	3516	3702	100
1.5349-1.5536	0.2412	188	0.1491	3564	3752	100
1.5536-1.5733	0.1979	188	0.1508	3514	3702	100
1.5733-1.594	0.2069	196	0.1475	3550	3746	100
1.594-1.6158	0.1946	185	0.1336	3488	3673	100
1.6158-1.6389	0.1989	188	0.1291	3614	3802	100
1.6389-1.6634	0.1606	180	0.1251	3552	3732	100
1.6634-1.6894	0.1821	170	0.1255	3534	3704	100
1.6894-1.7171	0.1935	187	0.1264	3553	3740	100
1.7171-1.7467	0.1514	179	0.1184	3564	3743	100
1.7467-1.7784	0.1759	181	0.1177	3546	3727	100
1.7784-1.8126	0.1661	200	0.121	3527	3727	100
1.8126-1.8496	0.1728	177	0.121	3578	3755	100
1.8496-1.8898	0.1604	198	0.1184	3555	3753	100
1.8898-1.9338	0.1784	167	0.1118	3541	3708	100
1.9338-1.9821	0.131	186	0.1179	3558	3744	100
1.9821-2.0357	0.1649	216	0.1234	3546	3762	100
2.0357-2.0956	0.1601	223	0.1228	3498	3721	100
2.0956-2.1632	0.1666	199	0.1212	3537	3736	100
2.1632-2.2405	0.16	174	0.1192	3564	3738	100
2.2405-2.3302	0.1543	184	0.1221	3541	3725	100
2.3302-2.4362	0.1593	185	0.1252	3593	3778	100
2.4362-2.5645	0.1641	208	0.1289	3541	3749	100
2.5645-2.7251	0.1464	204	0.1301	3568	3772	100
2.7251-2.9353	0.1634	197	0.1414	3538	3735	100
2.9353-3.2303	0.1756	176	0.1405	3590	3766	100
3.2303-3.6969	0.1362	188	0.1312	3583	3771	100
3.6969-4.6546	0.1393	205	0.1176	3590	3795	100
4.6546-28.8103	0.1552	200	0.1403	3616	3816	99

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