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- PDB-4zqy: Ringhalexin from hemachatus haemachatus: A novel inhibitor of ext... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zqy
タイトルRinghalexin from hemachatus haemachatus: A novel inhibitor of extrinsic tenase complex
要素Ringhalexin
キーワードTOXIN / Ringhalexin / three finger toxin / Anticoagulant
機能・相同性
機能・相同性情報


envenomation resulting in negative regulation of blood coagulation in another organism / : / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Snake toxin/toxin-like / Snake toxin and toxin-like protein / Snake three-finger toxin / Snake toxins signature. / Snake toxin, conserved site / CD59 / CD59 / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Hemachatus haemachatus (コブラ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.9515 Å
データ登録者Jobichen, C. / Sivaraman, J.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Ringhalexin from Hemachatus haemachatus: A novel inhibitor of extrinsic tenase complex.
著者: Barnwal, B. / Jobichen, C. / Girish, V.M. / Foo, C.S. / Sivaraman, J. / Kini, R.M.
履歴
登録2015年5月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月25日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ringhalexin
B: Ringhalexin
C: Ringhalexin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3703
ポリマ－22,3703
非ポリマー00
水00
1
A: Ringhalexin

A: Ringhalexin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9132
ポリマ－14,9132
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-y+1/2,x+1/2,z+1/41
2
B: Ringhalexin
C: Ringhalexin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9132
ポリマ－14,9132
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)82.160, 82.160, 82.610
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Ringhalexin


分子量: 7456.717 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Hemachatus haemachatus (コブラ) / 参照: UniProt: C0HJT5*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.53 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 29% MPD, 0.1M HEPES

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9515→15 Å / Num. obs: 6253 / % possible obs: 99.36 % / 冗長度: 8.5 % / Rsym value: 0.122 / Net I/σ(I): 14.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.7.3_928精密化
MOSFLMデータ削減
MOSFLMデータスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2H8U

2h8u


解像度: 2.9515→15 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.32 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 286 4.57 %
Rwork0.2174 --
obs0.2197 6253 99.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.987 Å2 / ksol: 0.337 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.8172 Å20 Å2-0 Å2
2--0.8172 Å2-0 Å2
3----9.8348 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9515→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1550 0 0 0 1550
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091601
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5992146
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.043600
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062228
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007276
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9501-3.70810.35531500.25472888X-RAY DIFFRACTION99
3.7081-15.32890.22341360.19973079X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 12.6536 Å / Origin y: 20.794 Å / Origin z: 17.345 Å
111213212223313233
T0.2397 Å20.0122 Å2-0.0371 Å2-0.1549 Å20.048 Å2--0.2518 Å2
L0.7932 °2-1.3624 °2-0.8609 °2-4.2103 °22.8189 °2--2.2127 °2
S-0.0022 Å °-0.0543 Å °-0.3058 Å °0.1494 Å °-0.0409 Å °0.1608 Å °0.3533 Å °-0.022 Å °0.0229 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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