PDB-4zqf: Crystal structure of DOX-P Reductoisomerase fosmidomycin and magnesium

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zqf

タイトル

Crystal structure of DOX-P Reductoisomerase fosmidomycin and magnesium

要素

1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Fosmidomycin / MEP pathway / reductoisomerase

機能・相同性

機能・相同性情報

1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomerase / 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomerase activity / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / terpenoid biosynthetic process / NADPH binding / isomerase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Moraxella catarrhalis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Birkinshaw, R.W. / Brady, R.L.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structures of the Moraxella catarrhalis DOX-P Reductoisomerase
著者: Birkinshaw, R.W. / Brady, R.L.

履歴

登録	2015年5月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年6月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4zqf.cif.gz	312.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4zqf.ent.gz	252.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4zqf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zq/4zqf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zq/4zqf	HTTPS FTP

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関連構造データ

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類似構造データ	3au9-d 4zqh-d 1jvs-d 5jmp-d 4zn6-d 1q0h-1 1r0l-1 2egh-d 3wqr-d 1onp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase

B: 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase

ヘテロ分子

93.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.550, 66.550, 389.479
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Refine code: _ / Auth seq-ID: 5 - 412 / Label seq-ID: 23 - 430

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase / DXP reductoisomerase / 1-deoxyxylulose-5-phosphate reductoisomerase / 2-C-methyl-D-erythritol 4- ...DXP reductoisomerase / 1-deoxyxylulose-5-phosphate reductoisomerase / 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate synthase 分子量: 46485.605 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Moraxella catarrhalis (バクテリア) 遺伝子: dxr, DR90_1378 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A076U3E6, UniProt: D5VAW2*PLUS, 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomerase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-FOM / 3-[FORMYL(HYDROXY)AMINO]PROPYLPHOSPHONIC ACID / FOSMIDOMYCIN / 3-ホスホノ1-(N-ホルミルヒドロキシアミノ)プロパン分子量: 183.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀NO₅P / コメント: 抗生剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.41 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M CHES pH 10, 16% (w/v) PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→77.9 Å / Num. obs: 49315 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.4 % / Net I/σ(I): 14.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0073	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→64.91 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.93 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.905 / SU B: 17.376 / SU ML: 0.206 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.268 / ESU R Free: 0.214 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26256	2490	5.1 %	RANDOM
R_work	0.22438	-	-	-
obs	0.22632	46676	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.475 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.26 Å²	0.63 Å²	0 Å²
2-	-	1.26 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→64.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5996	0	24	176	6196

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.019	6132
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	6113
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.61	1.978	8290
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.877	3	14067
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.068	5	804
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.902	25.273	220
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.115	15	1088
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.528	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	1010
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	6850
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1248
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.356	3.467	3222
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.353	3.466	3221
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.467	5.192	4024
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.467	5.193	4025
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.54	3.716	2910
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.538	3.716	2910
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.823	5.466	4267
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.649	27.74	7016
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.634	27.659	6990
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 25708 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.04 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.393	180	-
R_work	0.339	3430	-
obs	-	-	99.97 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0492	0.2605	-0.0191	3.7085	-0.2488	1.9018	0.0125	0.0621	0.0043	-0.0358	-0.0358	0.4605	-0.0795	-0.3789	0.0232	0.1806	-0.0028	-0.0041	0.1867	0.0015	0.1393	4.1198	9.7027	6.8957
2	2.1803	1.4508	-0.3208	1.3722	-0.7573	2.2366	0.0077	0.0789	-0.0098	0.0212	-0.0003	0.1824	-0.0518	-0.2137	-0.0074	0.1595	-0.008	-0.0228	0.1497	-0.0146	0.1631	7.8966	11.4537	-0.5595
3	7.8391	-1.4987	3.9651	2.4049	-2.1565	4.195	0.0124	-0.0098	0.1359	-0.0394	0.0441	0.1718	-0.1315	-0.1483	-0.0566	0.1933	-0.0182	0.0165	0.177	0.0023	0.1757	12.9186	11.875	-11.9481
4	0.7626	0.1036	-0.059	0.8266	-0.5439	1.4961	-0.0086	-0.0294	0.1257	0.0337	-0.0012	-0.0712	-0.1304	0.0722	0.0099	0.1187	0.001	-0.001	0.1229	-0.0075	0.1332	17.0697	14.9421	13.0113
5	1.4632	-0.0051	-0.0979	0.6186	-0.3276	1.2881	-0.0097	0.117	-0.1456	-0.0755	0.0372	-0.1263	0.1486	0.1419	-0.0275	0.1036	-0.0104	-0.0106	0.1414	0.0249	0.115	13.0927	-0.4754	28.1845
6	2.1555	1.1835	-0.8799	2.3698	-1.2412	2.2485	-0.0537	0.0357	-0.0262	-0.1157	0.0347	0.1199	0.086	-0.1028	0.0191	0.117	0.0164	-0.0142	0.1509	-0.0069	0.1236	-2.7223	3.9255	19.1148
7	1.2006	0.7415	-0.9766	2.459	-0.3361	1.0948	-0.0587	0.0627	-0.3279	-0.0275	-0.0245	-0.265	0.098	0.0738	0.0833	0.2038	0.0121	-0.0159	0.1941	-0.0383	0.2087	17.1182	-9.7625	29.9964
8	2.914	0.7992	0.6792	4.5365	1.7856	3.508	-0.0042	0.1566	-0.1705	-0.0961	-0.0171	0.074	0.2195	-0.1071	0.0213	0.1425	0.0119	0.0065	0.1805	0.0425	0.1813	28.2071	-3.9369	17.1465
9	2.4316	-0.6405	-0.0086	0.9539	-0.7755	1.1328	-0.0635	0.0619	-0.0768	-0.0849	0.0446	-0.2293	0.0293	0.0047	0.0189	0.2063	0.0024	0.0336	0.2401	-0.0204	0.2329	34.6389	-1.2387	21.1542
10	3.6678	-2.3765	-0.1159	12.8587	0.6688	3.0972	-0.0386	-0.0679	0	0.0202	0.088	-0.3198	0.0569	0.0934	-0.0493	0.1208	-0.0377	0.0068	0.2764	0.013	0.1095	36.0279	0.6556	13.8674
11	3.5482	-0.5113	-0.4251	3.3619	-0.0618	2.2583	0.0372	-0.1407	0.0862	0.099	-0.0641	-0.5426	-0.2121	0.4722	0.027	0.1748	0.0066	-0.0089	0.1742	-0.0037	0.1221	-2.7279	10.4778	57.9449
12	3.5503	-0.5597	-0.595	2.6238	0.257	2.5991	-0.0329	-0.0454	-0.091	-0.0034	0.0052	-0.1639	0.0236	0.1262	0.0278	0.1805	0.0092	-0.0255	0.1609	-0.0093	0.1418	-9.9863	11.0665	66.81
13	3.128	-2.8473	3.0117	3.1995	-2.1399	4.7592	-0.0048	0.0177	0.0393	0.0734	-0.0406	-0.2841	-0.1164	0.2603	0.0454	0.1731	-0.0076	-0.0112	0.1769	0.0124	0.2032	-11.6275	12.7112	77.1137
14	0.9335	-0.127	-0.0428	0.9452	0.3845	1.4864	-0.0062	0.0384	0.1297	-0.0419	-0.0007	0.0802	-0.1329	-0.0745	0.007	0.1353	-0.0006	-0.0009	0.1391	0.0053	0.1479	-17.2587	15.1188	51.8531
15	1.2234	-0.606	0.4111	1.7457	-0.2716	1.7608	-0.031	0.02	0.0716	-0.0338	0.0718	0.1681	-0.0654	-0.0925	-0.0408	0.0857	0.0033	0.0092	0.1431	-0.0178	0.11	-10.6158	7.1091	33.2709
16	0.3068	-0.4935	-0.2412	1.493	0.7781	0.5333	0.0117	0.0448	-0.1872	0.1033	0.0124	-0.0505	0.2489	-0.0235	-0.0241	0.3103	-0.0029	-0.0227	0.2728	-0.0025	0.3122	-18.4532	-17.8316	47.7869
17	0.7065	0.0821	-0.0521	0.5158	0.1884	0.8403	-0.0036	-0.0661	-0.0207	0.0544	0.0017	0.0094	0.0144	-0.0224	0.0019	0.1067	0.0007	0.0028	0.093	0.0042	0.1042	-7.3367	1.515	39.2363
18	2.0018	-0.8745	-1.2191	0.8682	0.6128	0.8205	-0.0076	0.0675	-0.1499	-0.0512	-0.0599	0.0764	0.0911	-0.0261	0.0675	0.1653	-0.0098	-0.0175	0.1403	0.001	0.1419	-22.4562	-5.6167	39.7985
19	1.853	0.2632	0.458	0.4434	0.6465	1.3195	-0.0136	-0.0686	-0.0756	0.0165	0.0408	0.1305	0.0195	0.0031	-0.0272	0.1689	-0.0107	0.0296	0.2271	0.0038	0.1809	-33.0862	-0.7248	46.1673
20	4.2636	2.4609	-0.2021	13.5015	-0.4882	3.8008	0.0092	0.0098	-0.1764	0.0752	0.0092	0.3016	0.2133	-0.1711	-0.0185	0.1091	0.0319	0.0057	0.2466	-0.0045	0.1044	-36.8463	-2.7046	51.5413

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	5 - 27
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	28 - 63
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	64 - 79
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	80 - 155
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	156 - 274
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	275 - 304
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	305 - 326
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	327 - 353
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	354 - 382
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	383 - 412
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	5 - 30
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	31 - 65
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	66 - 80
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	81 - 154
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	155 - 194
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	195 - 221
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	222 - 304
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	305 - 348
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	349 - 387
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	388 - 412

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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