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- PDB-4zqb: Crystal structure of NADP-dependent dehydrogenase from Rhodobacte... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zqb
タイトルCrystal structure of NADP-dependent dehydrogenase from Rhodobactersphaeroides in complex with NADP and sulfate
要素NADP-dependent dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / 2-hydroxyacid dehydrogenase / NADP / Structural Genomics / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium / NYSGRC
機能・相同性
機能・相同性情報


hydroxypyruvate reductase / glyoxylate reductase (NADP+) / hydroxypyruvate reductase [NAD(P)H] activity / glyoxylate reductase (NADPH) activity / NAD binding
類似検索 - 分子機能
D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD binding domain / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / 2-hydroxyacid dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Kowiel, M. / Gasiorowska, O.A. / Shabalin, I.G. / Handing, K.B. / Porebski, P.J. / Bonanno, J. / Almo, S.C. / Minor, W. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of NADP-dependent dehydrogenase from Rhodobactersphaeroides in complex with NADP and sulfate
著者: Kowiel, M. / Gasiorowska, O.A. / Shabalin, I.G. / Handing, K.B. / Porebski, P.J. / Bonanno, J. / Almo, S.C. / Minor, W.
履歴
登録2015年5月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description ...Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_struct_assembly ...entity_src_gen / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / software / struct_keywords
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text
改定 1.22019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32022年4月13日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / database_2
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NADP-dependent dehydrogenase
B: NADP-dependent dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,78411
ポリマ－68,5642
非ポリマー2,2199
水12,502694
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: NADP-dependent dehydrogenase
ヘテロ分子

A: NADP-dependent dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,78411
ポリマ－68,5642
非ポリマー2,2199
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_554y,-x+y,z-1/61
Buried area8240 Å2
ΔGint-92 kcal/mol
Surface area26080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.489, 71.489, 244.364
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 312 / Label seq-ID: 4 - 315

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 NADP-dependent dehydrogenase


分子量: 34282.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (strain ATCC 17023 / 2.4.1 / NCIB 8253 / DSM 158) (バクテリア)
株: ATCC 17023 / 2.4.1 / NCIB 8253 / DSM 158 / 遺伝子: RSP_3442 / プラスミド: pSGC-His / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIL
参照: UniProt: Q3IWN8, glyoxylate reductase (NADP+), hydroxypyruvate reductase

-
非ポリマー , 6種, 703分子

#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 694 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.21 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 ul of 10.5 mg/ml protein in 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% Glycerol, 0.1% Sodium Azide and 0.5 mM TCEP were mixed with 0.2 ul of the MCSG Suite 2 condition # 23 (0.1M Bis-Tris, ...詳細: 0.2 ul of 10.5 mg/ml protein in 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% Glycerol, 0.1% Sodium Azide and 0.5 mM TCEP were mixed with 0.2 ul of the MCSG Suite 2 condition # 23 (0.1M Bis-Tris, 25%w/v PEG 3350, 0.2M Li sulfate pH=6.5 ) and equilibrated against 1.5 M NaCl solution in 96 Well 3 drop Crystallization Plate (Swissci). Before crystallization protein was incubated with 1/50 v/v of 2 mg/ml chymotrypsin and 10 mM NADP solution at 289 K for 3 hours.
PH範囲: 6.5-7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月23日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. all: 60347 / Num. obs: 59896 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 23.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.161 / Rpim(I) all: 0.073 / Rrim(I) all: 0.171 / Rsym value: 0.161 / Χ2: 1.422 / Net I/av σ(I): 15.323 / Net I/σ(I): 4.7 / Num. measured all: 368480
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allΧ2% possible allRmerge(I) obsRrim(I) all
1.85-1.886.2229550.6490.4280.88497.1
1.88-1.926.328990.7070.3990.93397.50.943
1.92-1.956.429890.7760.3370.98198.60.8010.87
1.95-1.996.430110.7880.2981.03599.80.7050.767
1.99-2.046.530130.8340.2751.0741000.6510.708
2.04-2.086.529740.8360.2551.0721000.6030.656
2.08-2.146.530010.8780.2211.1821000.5210.567
2.14-2.196.530240.8830.1931.18399.90.4530.494
2.19-2.266.530320.9210.1671.28799.90.3930.428
2.26-2.336.429650.9330.151.34499.90.3530.385
2.33-2.416.430190.9390.1351.35199.90.3140.342
2.41-2.516.330110.9490.1171.46599.90.2720.297
2.51-2.636.330110.9630.1021.599.80.2360.258
2.63-2.766.230140.9710.0861.6499.70.1980.216
2.76-2.94629800.9770.0741.74699.70.1660.182
2.94-3.165.930140.9830.0631.90399.60.1410.155
3.16-3.485.729940.9880.0481.98599.40.1050.116
3.48-3.995.430200.990.0392.146990.080.089
3.99-5.025.129650.9940.0322.0298.40.0640.071
5.02-505.530050.9950.032.26997.30.0650.072

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
Cootモデル構築
REFMAC5.8.0107精密化
HKL-3000位相決定
MOLREP位相決定
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000データ削減
BLU-MAXデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3PP8

3pp8


解像度: 1.85→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / WRfactor Rfree: 0.1819 / WRfactor Rwork: 0.1493 / FOM work R set: 0.8401 / SU B: 6.073 / SU ML: 0.1 / SU R Cruickshank DPI: 0.1266 / SU Rfree: 0.1189 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.119 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.119 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1997 2948 4.9 %RANDOM
Rwork0.1649 56677 --
obs0.1665 59625 99.41 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 66.24 Å2 / Biso mean: 27.931 Å2 / Biso min: 11.53 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.35 Å2-0.18 Å2-0 Å2
2---0.35 Å20 Å2
3---1.15 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4762 0 139 694 5595
Biso mean--25.48 35.5 -
残基数----629
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0195089
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.024868
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5651.9966983
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.263311165
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4395647
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.83621.98202
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.20515752
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.481551
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2797
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0215663
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.021134
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5841.512534
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5851.512533
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.9382.2623169
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 36980 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.07 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 228 -
Rwork0.275 4047 -
all-4275 -
obs--97.29 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.2367-0.5755-1.80852.2388-0.87674.1427-0.16950.1514-0.6202-0.1382-0.10710.42110.4894-0.310.27670.0625-0.03370.00740.0392-0.05840.2584-34.489-15.30820.511
23.3479-0.67773.83631.4194-0.012510.28780.0182-0.2586-0.31790.0690.09240.23410.172-0.3091-0.11070.0188-0.00680.03180.02540.01660.1817-38.066-11.83525.616
31.0147-0.0020.40322.1908-0.40160.8559-0.0392-0.02980.0149-0.01370.04790.20930.1148-0.1185-0.00880.0550.0076-0.02820.0439-0.02760.1958-36.537-6.08615.892
40.2946-0.49910.07180.8744-0.05940.16760.01070.01170.0389-0.0322-0.0201-0.0444-0.02870.01080.00930.05360.0247-0.03030.0258-0.02350.2094-13.861-16.42314.5
52.46941.66230.90797.93932.02551.1646-0.01460.1651-0.095-0.32520.1658-0.5105-0.04040.2867-0.15120.0320.02470.02280.124-0.02270.08486.535-34.46211.511
61.874-1.54720.37791.7642-0.47260.8109-0.0455-0.09840.1460.0020.0632-0.1458-0.13680.0604-0.01770.0513-0.0058-0.04440.0161-0.02340.2348-0.897-13.01917.149
71.549-1.9764-1.55396.4455-1.52085.0090.02490.05830.26110.32330.0456-0.3149-0.4571-0.0611-0.07060.0817-0.039-0.03940.06250.030.28010.623-3.33312.497
82.996-1.758-0.43422.276-0.20271.0723-0.0227-0.00020.1771-0.05570.0608-0.1673-0.10990.1248-0.03820.0421-0.0184-0.02590.0355-0.01640.2368-2.843-12.1217.749
94.7575-2.135-3.27392.7110.61723.13010.2170.16280.4273-0.1617-0.0536-0.2699-0.39590.0538-0.16350.1817-0.096-0.01720.0820.04250.1999-3.756-10.487-0.683
100.7284-0.14050.20960.6070.11570.792-0.01250.12840.064-0.05030.04240.0099-0.0050.1057-0.02980.05270.0131-0.03210.0431-0.00790.1947-10.712-22.4043.117
111.4499-0.6879-0.67910.69540.58010.7134-0.0526-0.14940.12340.04740.0559-0.0505-0.0150.0449-0.00330.04890.021-0.03150.0222-0.02060.1953-24.908-2.59223.188
126.3132-6.90665.907315.3494-5.05415.78330.31240.2194-0.1537-0.3835-0.1128-0.10180.30140.2367-0.19950.30940.07580.03210.2084-0.00270.4991-16.294-60.276-11.382
134.4191-1.5268-2.11763.97341.17361.98850.26570.751-0.3083-0.436-0.19950.0898-0.1335-0.1152-0.06620.12260.0535-0.04910.1923-0.09420.1785-24.461-43.407-22.892
1411.54674.0442-0.66123.42671.45933.5048-0.3820.2143-0.3701-0.54950.339-0.30850.0560.4880.0430.19870.02060.03040.1102-0.04870.2502-16.85-48.398-18.415
150.8822-0.0013-0.13774.14491.13690.72580.01320.2023-0.34790.0722-0.0890.12870.10510.0240.07580.12850.0025-0.0390.0689-0.06380.3037-27.917-49.9-14.042
160.1574-0.10540.0850.9884-0.69010.48670.02790.0469-0.0212-0.0616-0.01010.04970.0480.0142-0.01790.0846-0.0127-0.0380.02930.0080.1904-31.308-21.728-17.857
170.3165-0.3182-0.12462.3032-1.35031.18290.00090.00480.01660.1223-0.0043-0.002-0.0622-0.00650.00340.0611-0.017-0.04880.01690.01010.1923-30.184-8.211-11.653
183.03022.6366-2.40373.52-3.48395.01-0.0893-0.02220.04750.0243-0.0178-0.10.0529-0.00290.10720.05560.0022-0.03780.0022-0.01480.1336-29.909-13.738-4.173
194.6609-0.49160.46431.6002-0.42790.688-0.0013-0.1356-0.15120.1283-0.0208-0.01770.1056-0.06730.0220.0792-0.0145-0.00910.0145-0.01050.1711-35.401-14.4790.695
201.8157-0.3803-0.18123.4843-0.01150.89250.00310.01890.02370.0974-0.04310.1236-0.0109-0.08110.040.0418-0.0043-0.03320.02760.00560.122-42.407-17.446-8.377
210.7263-0.16390.13630.95040.00350.5118-0.0309-0.03040.0249-0.05440.01980.03730.0445-0.10350.01120.0534-0.0266-0.03970.03720.02220.1768-41.909-19.466-20.93
222.2706-1.99430.78383.0602-0.86091.38430.0685-0.1618-0.06410.04990.0172-0.09560.17360.2585-0.08580.11870.0167-0.08420.1074-0.00510.2246-21.722-39.355-6.889
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 23
2X-RAY DIFFRACTION2A24 - 36
3X-RAY DIFFRACTION3A37 - 71
4X-RAY DIFFRACTION4A72 - 122
5X-RAY DIFFRACTION5A123 - 137
6X-RAY DIFFRACTION6A138 - 167
7X-RAY DIFFRACTION7A168 - 186
8X-RAY DIFFRACTION8A187 - 203
9X-RAY DIFFRACTION9A204 - 218
10X-RAY DIFFRACTION10A219 - 282
11X-RAY DIFFRACTION11A283 - 313
12X-RAY DIFFRACTION12B-2 - 3
13X-RAY DIFFRACTION13B4 - 23
14X-RAY DIFFRACTION14B24 - 34
15X-RAY DIFFRACTION15B35 - 73
16X-RAY DIFFRACTION16B74 - 127
17X-RAY DIFFRACTION17B128 - 155
18X-RAY DIFFRACTION18B156 - 170
19X-RAY DIFFRACTION19B171 - 190
20X-RAY DIFFRACTION20B191 - 219
21X-RAY DIFFRACTION21B220 - 281
22X-RAY DIFFRACTION22B282 - 313

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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