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- PDB-4zp3: AKAP18:PKA-RIIalpha structure reveals crucial anchor points for r... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zp3
タイトルAKAP18:PKA-RIIalpha structure reveals crucial anchor points for recognition of regulatory subunits of PKA
要素
  • A-kinase anchor protein 7 isoforms alpha and beta
  • cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit
キーワードSIGNALING PROTEIN / anchor points / amphiphathic helix / AKAP / DD-domain
機能・相同性
機能・相同性情報


: / cAMP-dependent protein kinase regulator activity / ROBO receptors bind AKAP5 / regulation of membrane repolarization / nucleotide-activated protein kinase complex / positive regulation of potassium ion transmembrane transport / negative regulation of cAMP/PKA signal transduction / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / cAMP-dependent protein kinase complex ...: / cAMP-dependent protein kinase regulator activity / ROBO receptors bind AKAP5 / regulation of membrane repolarization / nucleotide-activated protein kinase complex / positive regulation of potassium ion transmembrane transport / negative regulation of cAMP/PKA signal transduction / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / cAMP-dependent protein kinase complex / PKA activation / protein kinase A binding / ciliary base / protein kinase A regulatory subunit binding / protein kinase A catalytic subunit binding / action potential / plasma membrane raft / PKA activation in glucagon signalling / DARPP-32 events / lateral plasma membrane / Hedgehog 'off' state / cAMP binding / monoatomic ion transport / cellular response to cAMP / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / modulation of chemical synaptic transmission / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / intracellular protein localization / GPER1 signaling / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / intracellular signal transduction / apical plasma membrane / protein domain specific binding / focal adhesion / nucleotide binding / centrosome / ubiquitin protein ligase binding / protein kinase binding / protein-containing complex / extracellular exosome / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
A-kinase anchor protein 7, RI-RII subunit-binding domain / PKA-RI-RII subunit binding domain of A-kinase anchor protein / : / Protein kinase A anchor protein, nuclear localisation signal domain / AKAP7 2'5' RNA ligase-like domain / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit, dimerization-anchoring domain / cAMP-dependent Protein Kinase, Chain A / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit, dimerization-anchoring domain / Regulatory subunit of type II PKA R-subunit ...A-kinase anchor protein 7, RI-RII subunit-binding domain / PKA-RI-RII subunit binding domain of A-kinase anchor protein / : / Protein kinase A anchor protein, nuclear localisation signal domain / AKAP7 2'5' RNA ligase-like domain / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit, dimerization-anchoring domain / cAMP-dependent Protein Kinase, Chain A / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit, dimerization-anchoring domain / Regulatory subunit of type II PKA R-subunit / RIIalpha, Regulatory subunit portion of type II PKA R-subunit / : / Cyclic phosphodiesterase / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / A-kinase anchor protein 7 isoforms alpha and beta / cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit / A-kinase anchor protein 7 isoform gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.63 Å
データ登録者Goetz, F. / Roske, Y. / Faelber, K. / Zuehlke, K. / Autenrieth, K. / Kreuchwig, A. / Krause, G. / Herberg, F.W. / Daumke, O. / Heinemann, U. / Klussmann, E.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2016
タイトル: AKAP18:PKA-RII alpha structure reveals crucial anchor points for recognition of regulatory subunits of PKA.
著者: Gotz, F. / Roske, Y. / Schulz, M.S. / Autenrieth, K. / Bertinetti, D. / Faelber, K. / Zuhlke, K. / Kreuchwig, A. / Kennedy, E.J. / Krause, G. / Daumke, O. / Herberg, F.W. / Heinemann, U. / Klussmann, E.
履歴
登録2015年5月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月11日Group: Structure summary
改定 1.22016年7月6日Group: Database references
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit
B: cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit
C: cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit
D: cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit
E: cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit
F: cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit
G: cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit
H: cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit
I: cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit
J: cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit
K: cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit
L: cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit
M: A-kinase anchor protein 7 isoforms alpha and beta
N: A-kinase anchor protein 7 isoforms alpha and beta
O: A-kinase anchor protein 7 isoforms alpha and beta
P: A-kinase anchor protein 7 isoforms alpha and beta
Q: A-kinase anchor protein 7 isoforms alpha and beta
R: A-kinase anchor protein 7 isoforms alpha and beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,38622
ポリマ－86,93618
非ポリマー4504
水1,13563
1
A: cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit
B: cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit
M: A-kinase anchor protein 7 isoforms alpha and beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7145
ポリマ－14,4893
非ポリマー2252
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
C: cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit
D: cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit
N: A-kinase anchor protein 7 isoforms alpha and beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4893
ポリマ－14,4893
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
E: cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit
F: cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit
O: A-kinase anchor protein 7 isoforms alpha and beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6024
ポリマ－14,4893
非ポリマー1121
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
G: cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit
H: cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit
P: A-kinase anchor protein 7 isoforms alpha and beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6024
ポリマ－14,4893
非ポリマー1121
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
I: cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit
J: cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit
Q: A-kinase anchor protein 7 isoforms alpha and beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4893
ポリマ－14,4893
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
K: cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit
L: cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit
R: A-kinase anchor protein 7 isoforms alpha and beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4893
ポリマ－14,4893
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.922, 120.988, 57.123
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.01, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21D
31F
41H
51J
61L
12A
22C
32E
42G
52I
62K

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114B5 - 43
2114D5 - 43
3114F5 - 43
4114H5 - 43
5114J5 - 43
6114L5 - 43
1124A5 - 43
2124C5 - 43
3124E5 - 43
4124G5 - 43
5124I5 - 43
6124K5 - 43

NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.474423, -0.4421, 0.76123), (-0.395007, -0.879709, -0.264728), (0.786697, -0.175098, -0.591987)-20.85781, -5.36927, 36.78175
3given(0.795355, -0.411552, -0.445012), (-0.262521, -0.895622, 0.359087), (-0.546345, -0.168777, -0.820379)27.75875, 2.91862, 44.63747
4given(0.033976, 0.026741, -0.999065), (0.048523, 0.998419, 0.028373), (0.998244, -0.049442, 0.032625)25.81005, -29.81089, 31.83716
5given(-0.493303, -0.272346, 0.826123), (0.3496, 0.807569, 0.474986), (-0.796512, 0.523125, -0.303164)-3.8568, -23.80486, 63.05707
6given(0.784672, -0.295407, 0.545), (0.518995, 0.793847, -0.316941), (-0.33902, 0.531547, 0.776224)-11.39641, -4.0029, -28.21012

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド
cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit


分子量: 5015.697 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRKAR2A, PKR2, PRKAR2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13861
#2: タンパク質・ペプチド
A-kinase anchor protein 7 isoforms alpha and beta / AKAP-7 isoforms alpha and beta / A-kinase anchor protein 18 kDa / AKAP 18 / Protein kinase A- ...AKAP-7 isoforms alpha and beta / A-kinase anchor protein 18 kDa / AKAP 18 / Protein kinase A-anchoring protein 7 isoforms alpha/beta / PRKA7 isoforms alpha/beta


分子量: 4457.950 Da / 分子数: 6 / Fragment: UNP residues 43-82 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AKAP7, AKAP15, AKAP18 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O43687, UniProt: Q9P0M2*PLUS
#3: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG3350, Cadmium chloride, Sodium acetate / PH範囲: 4.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.914
11L, K, -H20.086
反射解像度: 2.63→41.5 Å / Num. obs: 22903 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.25 % / Net I/σ(I): 10.61

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.63→41.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.906 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.872 / SU B: 10.616 / SU ML: 0.238 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.861 / ESU R Free: 0.076 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2677 1142 5 %RANDOM
Rwork0.22233 ---
obs0.22452 21760 85.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.886 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.22 Å20 Å21.4 Å2
2---13.82 Å2-0 Å2
3---3.61 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.63→41.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5351 0 4 63 5418
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0195430
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025382
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9712.0027372
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.735312322
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7335634
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.26823.833287
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.60415949
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.1731560
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0460.2858
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0216020
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021210
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5043.6192590
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5043.6192589
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.695.3943206
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.695.3953207
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.0873.7392840
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.0843.7382838
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.9715.5554166
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.93827.7576271
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.92127.7596268
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11B636medium positional0.570.5
11D636medium positional0.480.5
11F636medium positional0.450.5
11H636medium positional0.560.5
11J636medium positional0.820.5
11L636medium positional0.80.5
22B618medium positional1.310.5
22D618medium positional0.750.5
22F618medium positional0.720.5
22H618medium positional1.040.5
22J618medium positional0.670.5
22L618medium positional0.620.5
11A636medium thermal3.462
11C636medium thermal7.492
11E636medium thermal3.162
11G636medium thermal4.062
11I636medium thermal4.622
11K636medium thermal5.632
22A618medium thermal5.472
22C618medium thermal6.812
22E618medium thermal4.222
22G618medium thermal5.322
22I618medium thermal7.452
22K618medium thermal6.042
LS精密化 シェル解像度: 2.499→2.564 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数%反射
Rfree0 0 -
Rwork0 0 -
obs--0 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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