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- PDB-4zp0: Crystal structure of E. coli multidrug transporter MdfA in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zp0
タイトルCrystal structure of E. coli multidrug transporter MdfA in complex with deoxycholate
要素Multidrug transporter MdfA
キーワードTRANSPORT PROTEIN / MFS family / Multi-drug antiporter / MDFA / Cm
機能・相同性
機能・相同性情報


potassium:proton antiporter activity / sodium:proton antiporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / regulation of cellular pH / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Sugar transporter, conserved site / Major facilitator superfamily / Major Facilitator Superfamily / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Multidrug transporter MdfA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Zhang, X.C. / Heng, J. / Zhao, Y. / Wang, X.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology2011CB910301 中国
引用ジャーナル: Cell Res. / 年: 2015
タイトル: Substrate-bound structure of the E. coli multidrug resistance transporter MdfA
著者: Heng, J. / Zhao, Y. / Liu, M. / Liu, Y. / Fan, J. / Wang, X. / Zhao, Y. / Zhang, X.C.
履歴
登録2015年5月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月16日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Multidrug transporter MdfA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,3134
ポリマ－42,4621
非ポリマー8513
水32418
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1080 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area16990 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)94.652, 64.235, 101.350
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.020, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Multidrug transporter MdfA / Chloramphenicol resistance pump Cmr


分子量: 42461.629 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 9-400 / 変異: Q123R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: mdfA, cmlA, cmr, b0842, JW0826
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P0AEY8
#2: 化合物 ChemComp-DXC / (3ALPHA,5BETA,12ALPHA)-3,12-DIHYDROXYCHOLAN-24-OIC ACID / DEOXYCHOLIC ACID / デオキシコ-ル酸


分子量: 392.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H40O4 / コメント: 可溶化剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / ドデシルジメチルアミンオキシド


分子量: 229.402 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H31NO / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.92 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 400, 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 11.7 % / 数: 135599 / Rmerge(I) obs: 0.142 / Χ2: 1.03 / D res high: 3 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 11581 / % possible obs: 99.1
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
6.465010.0991.02912.3
5.136.4610.1191.03813.7
4.485.1310.1061.01412.3
4.074.4810.1341.01512.2
3.784.0710.1891.01112.9
3.563.7810.2741.06213.1
3.383.5610.4141.06212.8
3.233.3810.5791.05210.7
3.113.2310.6411.0099.3
33.1110.7380.9777.2
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 38240 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 31.62 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.172 / Χ2: 1.067 / Net I/av σ(I): 12.133 / Net I/σ(I): 9.6 / Num. measured all: 131212
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2-2.072.80.65636740.99795.4
2.07-2.152.90.54837281.05697.1
2.15-2.253.10.43737711.09498.3
2.25-2.373.20.34338131.09699
2.37-2.523.30.31338321.11599.5
2.52-2.713.50.29238591.08799.8
2.71-2.993.70.29838591.05699.9
2.99-3.423.90.32138691.08799.9
3.42-4.313.90.17838871.024100
4.31-5040.0939481.05899.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIXphenix.refine: 1.8_1069精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
DENZOデータ削減
SHELXDE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→44.466 Å / FOM work R set: 0.8195 / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2297 1891 4.95 %
Rwork0.2096 36324 -
obs0.2106 38215 96.34 %
溶媒の処理減衰半径: 0 Å / VDWプローブ半径: 0.7 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 130.11 Å2 / Biso mean: 58.49 Å2 / Biso min: 38.25 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→44.466 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2959 0 54 18 3031
Biso mean--74.82 53.08 -
残基数----392
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053084
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0394200
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078505
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005504
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1261072
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.985-2.03460.3183780.27971679175762
2.0346-2.08960.28131320.25762548268096
2.0896-2.15110.29531360.24882595273197
2.1511-2.22050.2721400.23082617275798
2.2205-2.29990.26971380.22362675281399
2.2999-2.3920.24741430.20552636277999
2.392-2.50080.24291370.201526832820100
2.5008-2.63270.22241620.203626202782100
2.6327-2.79760.23451520.203626792831100
2.7976-3.01350.22411300.201827132843100
3.0135-3.31670.24711160.214927042820100
3.3167-3.79640.25471310.217227202851100
3.7964-4.78220.20411410.196527202861100
4.7822-44.47680.19651550.20012735289099

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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